PDB-4doy: Crystal structure of Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4doy

タイトル

Crystal structure of Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

要素

Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

キーワード

OXIDOREDUCTASE / monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.789 Å

データ登録者

Liu, S. / Zhang, C. / Zhu, D. / Gu, L.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of DszC from Rhodococcus sp. XP at 1.79 angstrom
著者: Liu, S. / Zhang, C. / Su, T. / Wei, T. / Zhu, D. / Wang, K. / Huang, Y. / Dong, Y. / Yin, K. / Xu, S. / Xu, P. / Gu, L.

履歴

登録	2012年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月24日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4doy.cif.gz	668 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4doy.ent.gz	547.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4doy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4doy_validation.pdf.gz	521.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4doy_full_validation.pdf.gz	555.3 KB	表示
XML形式データ	4doy_validation.xml.gz	135.1 KB	表示
CIF形式データ	4doy_validation.cif.gz	198.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4doy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4doy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6uug-d 21370 2w95-d 6gvb-1 2yk7-1 6i3q-1 5b2d-d 6jyv-d 5okq-d 4wvc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

B: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

C: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

D: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

E: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

F: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

G: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

H: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

ヘテロ分子

379 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

C: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

E: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

F: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

H: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.519, 98.824, 111.465
Angle α, β, γ (deg.)	98.46, 106.99, 107.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Dibenzothiophene desulfurization enzyme C / Monooxygenase / DBT sulfur dioxygenase 分子量: 47246.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus (バクテリア) / 株: XP / 遺伝子: dszC / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WNP1, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRF	BL17U	1	0.97623
シンクロトロン	SSRF	BL17U	2	0.97916

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-225	1	CCD	2009年7月10日
RAYONIX MX-225	2	CCD	2009年7月10日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97623	1
2	0.97916	1

反射

解像度: 1.789→50 Å / Num. all: 324571 / Num. obs: 324571 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.789→35.423 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 21.33 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1936	15296	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1683	289714	-	-
obs	0.1696	305010	89.7 %	-
all	-	305010	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.766 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.76 Å² / B_iso mean: 30.5102 Å² / B_iso min: 9.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8058 Å²	-6.0017 Å²	5.9746 Å²
2-	-	2.2009 Å²	-6.4489 Å²
3-	-	-	0.6049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.789→35.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24392	0	72	2720	27184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	25486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97	34807
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	3764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.927	8993

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7894-1.8097	0.3224	317	0.2725	6080	6397	56
1.8097-1.831	0.2892	443	0.251	8424	8867	78
1.831-1.8533	0.2792	453	0.245	8495	8948	79
1.8533-1.8768	0.2769	449	0.2327	8568	9017	79
1.8768-1.9015	0.2682	461	0.222	8588	9049	80
1.9015-1.9275	0.2462	502	0.2033	9469	9971	88
1.9275-1.955	0.2294	493	0.1965	8968	9461	83
1.955-1.9842	0.2231	484	0.1894	9096	9580	85
1.9842-2.0152	0.2172	482	0.1878	9311	9793	87
2.0152-2.0483	0.2171	510	0.1804	9455	9965	88
2.0483-2.0836	0.2167	509	0.1749	9587	10096	89
2.0836-2.1215	0.2086	502	0.1681	9658	10160	89
2.1215-2.1622	0.2153	507	0.1711	9670	10177	90
2.1622-2.2064	0.2	515	0.1716	9674	10189	90
2.2064-2.2543	0.2003	531	0.1689	10020	10551	93
2.2543-2.3068	0.1933	514	0.1691	9794	10308	91
2.3068-2.3645	0.2128	521	0.1686	9905	10426	92
2.3645-2.4284	0.1968	532	0.1644	10048	10580	93
2.4284-2.4998	0.1933	531	0.1671	10035	10566	93
2.4998-2.5805	0.2072	535	0.1698	10192	10727	94
2.5805-2.6727	0.1937	531	0.1646	10171	10702	95
2.6727-2.7796	0.1952	542	0.1698	10285	10827	96
2.7796-2.9061	0.1956	544	0.1701	10440	10984	97
2.9061-3.0592	0.1966	551	0.1739	10414	10965	97
3.0592-3.2508	0.1997	554	0.175	10506	11060	98
3.2508-3.5016	0.1945	559	0.1717	10594	11153	98
3.5016-3.8536	0.1648	558	0.1522	10623	11181	99
3.8536-4.4103	0.1544	557	0.1369	10587	11144	99
4.4103-5.553	0.1699	564	0.149	10692	11256	99
5.553-35.4302	0.164	545	0.1623	10365	10910	96

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)