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- PDB-4dox: Crystal Structure of Papaya mosaic virus capsid protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dox
タイトルCrystal Structure of Papaya mosaic virus capsid protein
要素Coat protein
キーワードVIRAL PROTEIN / all helix capsid protein / virus capsid structure
機能・相同性Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / helical viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / Coat protein / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Papaya mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, T. / Li, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the coat protein of the flexible filamentous papaya mosaic virus.
著者: Yang, S. / Wang, T. / Bohon, J. / Gagne, N. / Bolduc, M. / Leclerc, D. / Li, H.
履歴
登録2012年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7932
ポリマ－48,7932
非ポリマー00
水2,756153
1
A: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3961
ポリマ－24,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3961
ポリマ－24,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.943, 72.943, 133.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A7 - 170
2116B7 - 170

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要素

#1: タンパク質 Coat protein


分子量: 24396.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PapMV CP (6-215) was constructed into pET-3d vector and An Ala was used to accommodate cloning with NcoI site
由来: (組換発現) Papaya mosaic virus (ウイルス) / 遺伝子: PapMVgp5 / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: A2IAW7, UniProt: P16596*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE HAS BEEN VERIFIED AND THOSE INDICATED IN REMARK 999 APPEAR TO BE ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE HAS BEEN VERIFIED AND THOSE INDICATED IN REMARK 999 APPEAR TO BE NATURAL MUTATIONS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 100 mM Hepes, 9% PEG 6000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1
シンクロトロンNSLS X2521.0082
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2011年2月10日
ADSC QUANTUM 3152CCD2011年2月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.00821
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. all: 11087 / Num. obs: 11047 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym value
7.32-501,2100
5.81-7.321,2100
4.62-5.081,2100
3.52-3.661,2100
2.75-2.81,2100
2.7-2.758.31,2990.4464.20.414

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 21.929 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 5.578 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22848 529 4.8 %RANDOM
Rwork0.16838 ---
obs0.17117 10502 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20.4 Å2-0 Å2
2--0.81 Å2-0 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 0 153 2621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.9653444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5575326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64424.89494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.57915400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.661510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0221898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.51652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79122680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4113872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1124.5764
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1234 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.325
LOOSE THERMAL2.1510
LS精密化 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 33 -
Rwork0.229 749 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18890.03590.03740.85850.40430.9218-0.0468-0.00930.04250.0565-0.00660.04470.08170.08060.05340.0824-0.00020.03280.1187-0.01420.1057-21.6423.861-6.109
20.4162-0.20370.01111.3427-0.87010.9898-0.02760.00880.0937-0.0934-0.0078-0.0540.145-0.10880.03540.0924-0.01440.02840.0869-0.00010.1019-50.971-0.70610.2
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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