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万見
- PDB-4doo: Crystal structure of Arabidopsis thaliana fatty-acid binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4doo
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana fatty-acid binding protein At3g63170 (AtFAP1)
要素Chalcone-flavanone isomerase family protein
キーワードISOMERASE / chalcone-isomerase like fold / fatty-acid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular lyase activity / chloroplast envelope / plastid / chloroplast stroma / fatty acid binding / chloroplast / fatty acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty-acid-binding protein 1 / Chalcone isomerase like / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase ...Fatty-acid-binding protein 1 / Chalcone isomerase like / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / : / Fatty-acid-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Noel, J.P. / Pojer, F. / Louie, G.V. / Bowman, M.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Evolution of the chalcone-isomerase fold from fatty-acid binding to stereospecific catalysis.
著者: Ngaki, M.N. / Louie, G.V. / Philippe, R.N. / Manning, G. / Pojer, F. / Bowman, M.E. / Li, L. / Larsen, E. / Wurtele, E.S. / Noel, J.P.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone-flavanone isomerase family protein
B: Chalcone-flavanone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3958
ポリマ－45,5162
非ポリマー8796
水8,467470
1
A: Chalcone-flavanone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1984
ポリマ－22,7581
非ポリマー4403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chalcone-flavanone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1984
ポリマ－22,7581
非ポリマー4403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.489, 56.901, 139.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chalcone-flavanone isomerase family protein / Putative uncharacterized protein At3g63170 / Putative uncharacterized protein At3g63170 / F16M2_20 ...Putative uncharacterized protein At3g63170 / Putative uncharacterized protein At3g63170 / F16M2_20 / Putative uncharacterized protein F16M2_20


分子量: 22757.826 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 74-278 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g63170, At3g63170/F16M2_20, F16M2_20 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9M1X2
#2: 化合物
ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M sodium TAPS, 19% (w/v) PEG 3350, 0.3 M potassium chloride, 2 mM dithiothreitol, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 36084

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→100 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8399 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1799 5 %random
Rwork0.1996 ---
obs-36084 99.4 %-
溶媒の処理Bsol: 44.3444 Å2
原子変位パラメータBiso max: 66.85 Å2 / Biso mean: 24.8433 Å2 / Biso min: 7.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.198 Å20 Å20 Å2
2---0.116 Å20 Å2
3----0.082 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 58 470 3700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.0032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.2942.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8143
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.9934
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.205
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 35

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
1.9-1.920.2642450.2055933978933
1.92-1.940.2516430.20119741017974
1.94-1.960.2589460.21659901036990
1.96-1.980.261560.2101928984928
1.98-20.27550.2089631018963
2-2.020.2901520.21269821034982
2.02-2.050.3418500.22169631013963
2.05-2.070.2491430.21239721015972
2.07-2.10.2143410.20049871028987
2.1-2.130.233430.21179581001958
2.13-2.150.2568490.20069751024975
2.15-2.190.281570.20119831040983
2.19-2.220.2262540.19839671021967
2.22-2.250.2503420.18439731015973
2.25-2.290.2245440.20899841028984
2.29-2.330.2743480.19369531001953
2.33-2.370.2317380.208101510531015
2.37-2.420.2762450.20889561001956
2.42-2.470.2834480.2133100110491001
2.47-2.520.2472500.21779621012962
2.52-2.580.2864630.2139891052989
2.58-2.640.3391520.23219581010958
2.64-2.710.1988500.20139831033983
2.71-2.790.3012580.21959711029971
2.79-2.880.2861570.21929751032975
2.88-2.990.3411440.2251100910531009
2.99-3.110.2667540.22079681022968
3.11-3.250.2544550.22029811036981
3.25-3.420.2549540.20529961050996
3.42-3.630.2603680.18419791047979
3.63-3.920.221670.17959671034967
3.92-4.310.1859550.16959991054999
4.31-4.930.206660.16499981064998
4.93-6.220.2664670.2041103010971060
6.22-500.010.1917400.1786106311031063
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4C12.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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