PDB-4dok: Crystal structure of Arabidopsis thaliana chalcone-isomerase like...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dok

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana chalcone-isomerase like protein At5g05270 (AtCHIL)

要素

Similarity to chalcone-flavonone isomerase

キーワード

ISOMERASE / chalcone-isomerase like protein / chalcone-isomerase like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / response to karrikin / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Noel, J.P. / Louie, G.V. / Bowman, M.E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Evolution of the chalcone-isomerase fold from fatty-acid binding to stereospecific catalysis.
著者: Ngaki, M.N. / Louie, G.V. / Philippe, R.N. / Manning, G. / Pojer, F. / Bowman, M.E. / Li, L. / Larsen, E. / Wurtele, E.S. / Noel, J.P.

履歴

登録	2012年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dok.cif.gz	103.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dok.ent.gz	76.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4dok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4dok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4doiC 4dolC 4dooC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f34-2 5ep9-3 1txo-1 2cm1-d 3b26-2 6hzx-2 5d2u-d 2uwb-2 4xcl-d 4oa5-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Similarity to chalcone-flavonone isomerase

B: Similarity to chalcone-flavonone isomerase

ヘテロ分子

46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Similarity to chalcone-flavonone isomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Similarity to chalcone-flavonone isomerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.997, 65.869, 70.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.150, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-301- CA

#1: タンパク質	Similarity to chalcone-flavonone isomerase 分子量: 23184.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g05270 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FLC7, UniProt: Q8VZW3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M sodium TAPS, 28% (w/v) PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, 2 mM dithiothreitol, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC Quantum Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.9 % / Av σ(I) over netI: 4.3 / 数: 319107 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / D res high: 2.588 Å / D res low: 44.721 Å / Num. obs: 54349 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.22	44.72	99.3	1	0.046	0.046	7.5
5.81	8.22	100	1	0.076	0.076	8
4.75	5.81	100	1	0.085	0.085	8.1
4.11	4.75	100	1	0.089	0.089	8.2
3.68	4.11	100	1	0.164	0.164	8
3.36	3.68	100	1	0.26	0.26	6.9
3.11	3.36	99.2	1	0.366	0.366	6.3
2.91	3.11	98.5	1	0.572	0.572	4.3
2.74	2.91	98.7	1	0.761	0.761	3.2
2.6	2.74	98.6	1	1.265	1.265	3.1

反射

解像度: 1.65→37.222 Å / Num. all: 49989 / Num. obs: 49989 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.65-1.74	2.6	0.451	1.5	16373	6385	0.451	77.4
1.74-1.84	2.6	0.289	2.5	15589	6012	0.289	76.8
1.84-1.97	2.6	0.198	3.1	14611	5528	0.198	75.6
1.97-2.13	3	0.146	1.1	18971	6312	0.146	92
2.13-2.33	3.1	0.103	1.8	18635	6037	0.103	96.1
2.33-2.61	3.6	0.083	7.1	19910	5507	0.083	96.6
2.61-3.01	3.8	0.067	6.7	18609	4934	0.067	97.4
3.01-3.69	3.5	0.052	8	14772	4177	0.052	98.2
3.69-5.22	3.7	0.041	13	12190	3253	0.041	98.1
5.22-37.222	3.8	0.033	14.2	7073	1844	0.033	98.8

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.853	0.516	0.831	1.171
2	Se	60	0.83	0.517	0.81	0.823
3	Se	54.239	0.515	0.925	0.647	0.949
4	Se	60	0.546	0.926	0.638	1.062
5	Se	60	0.763	0.936	0.57	1.214
6	Se	60	0.618	0.834	0.823	0.93
7	Se	60	0.611	0.842	0.855	0.571
8	Se	1	0.693	0.728	0.787	0.284
9	Se	60	0.659	0.896	0.635	0.678
10	Se	28.445	0.653	0.85	0.99	0.398
11	Se	23.619	0.638	0.891	0.563	0.382
12	Se	60	0.938	0.591	0.544	0.942
13	Se	60	0.581	0.841	0.974	0.603
14	Se	60	0.799	0.776	0.853	0.758
15	Se	60	0.768	0.616	0.79	0.484
16	Se	60	0.789	0.716	0.59	0.685
17	Se	40.025	0.771	0.63	0.762	0.482
18	Se	60	0.843	0.658	0.681	0.542
19	Se	60	0.807	0.637	0.626	0.58
20	Se	56.887	0.787	0.509	0.684	0.524
21	Se	1	0.494	0.749	0.541	0.062
22	Se	1	0.604	0.684	0.856	0.061
23	Se	60	0.757	0.982	0.781	0.672

Phasing MR

R_factor: 0.5 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.396

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	37.22 Å
Translation	3 Å	37.22 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.21	データスケーリング
MOLREP		位相決定
SOLVE	2.11	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 1.7→37.222 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.877 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	2341	4.5 %	random
R_work	0.1919	-	-	-
obs	-	46244	89.1 %	-

溶媒の処理

B_sol: 37.33 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.93 Å² / B_iso mean: 18.6662 Å² / B_iso min: 3.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.856 Å²	0 Å²	-2.01 Å²
2-	-	0.159 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.697 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.222 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3258	0	7	356	3621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.737	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.001	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.541	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.554	4
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.232

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 46

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs
1.7-1.71	0.3505	40	0.2925	872	912	872
1.71-1.73	0.309	35	0.2793	761	796	761
1.73-1.74	0.3239	44	0.3121	843	887	843
1.74-1.75	0.2889	40	0.2687	858	898	858
1.75-1.77	0.2371	43	0.2643	795	838	795
1.77-1.78	0.2903	50	0.2661	828	878	828
1.78-1.8	0.2463	34	0.2417	817	851	817
1.8-1.81	0.2698	36	0.2557	822	858	822
1.81-1.83	0.3236	46	0.2359	800	846	800
1.83-1.84	0.2673	40	0.2265	847	887	847
1.84-1.86	0.2028	39	0.2176	773	812	773
1.86-1.88	0.3072	48	0.2174	826	874	826
1.88-1.9	0.1866	34	0.1911	806	840	806
1.9-1.92	0.2727	42	0.2186	788	830	788
1.92-1.94	0.2159	40	0.1972	838	878	838
1.94-1.96	0.2144	35	0.2014	809	844	809
1.96-1.98	0.2492	41	0.1988	789	830	789
1.98-2.01	0.2695	51	0.2014	850	901	850
2.01-2.03	0.232	49	0.1914	1036	1085	1036
2.03-2.06	0.3095	62	0.1962	1024	1086	1024
2.06-2.08	0.2084	55	0.2096	1044	1099	1044
2.08-2.11	0.1764	45	0.1748	1012	1057	1012
2.11-2.14	0.1723	66	0.163	1040	1106	1040
2.14-2.17	0.1741	54	0.1643	1010	1064	1010
2.17-2.21	0.2005	60	0.1761	1035	1095	1035
2.21-2.24	0.2028	46	0.1688	1034	1080	1034
2.24-2.28	0.1481	46	0.1737	1042	1088	1042
2.28-2.32	0.2497	47	0.1846	1008	1055	1008
2.32-2.37	0.2815	60	0.1871	1032	1092	1032
2.37-2.42	0.2131	50	0.1874	1035	1085	1035
2.42-2.47	0.2491	64	0.1941	1044	1108	1044
2.47-2.53	0.2228	74	0.2047	998	1072	998
2.53-2.59	0.1818	48	0.1948	1064	1112	1064
2.59-2.66	0.2786	65	0.2025	1036	1101	1036
2.66-2.74	0.1887	57	0.205	1014	1071	1014
2.74-2.83	0.2617	63	0.2056	1053	1116	1053
2.83-2.93	0.2386	49	0.2143	1071	1120	1071
2.93-3.05	0.2463	45	0.199	1045	1090	1045
3.05-3.18	0.2329	66	0.2012	1055	1121	1055
3.18-3.35	0.2055	58	0.1928	1050	1108	1050
3.35-3.56	0.2039	63	0.1773	1055	1118	1055
3.56-3.84	0.1875	60	0.1707	1026	1086	1026
3.84-4.22	0.1922	63	0.1521	1071	1134	1071
4.22-4.83	0.1898	69	0.1482	1062	1131	1062
4.83-6.09	0.2314	60	0.1941	1079	1139	1079
6.09-500.01	0.1672	59	0.1976	1106	1165	1106

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	act.par
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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