PDB-4doj: Crystal structure of BetP in outward-facing conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4doj

タイトル

Crystal structure of BetP in outward-facing conformation

要素

Glycine betaine transporter BetP

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

symporter activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Perez, C. / Ziegler, C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Alternating-access mechanism in conformationally asymmetric trimers of the betaine transporter BetP.
著者: Perez, C. / Koshy, C. / Yildiz, O. / Ziegler, C.

履歴

登録	2012年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月5日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4doj.cif.gz	603.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4doj.ent.gz	500.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4doj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4doj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4doj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ainC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wit-d 4llh-d 4ain-d 4we3-d 21876 5oju-1 3p03-d 6zrx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycine betaine transporter BetP

B: Glycine betaine transporter BetP

C: Glycine betaine transporter BetP

ヘテロ分子

185 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.440, 129.320, 184.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycine betaine transporter BetP 分子量: 61234.609 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 30-595 / 変異: G153D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: betP, Cgl0892, cg1016 / プラスミド: pASK-IBA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alfa / 参照: UniProt: P54582
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT) 分子量: 751.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₉O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン分子量: 104.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 400, NaCl, NaCitrate, Choline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K PH範囲: 5.3-5.6

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月17日

放射

モノクロメーター: AL3 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.21→29.802 Å / Num. obs: 38765 / % possible obs: 82.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 89.291 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 14.77

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
3.21-3.29		0.201	11.63	3249	258	7.5
3.29-3.38		0.234	9.23	9128	781	23.4
3.38-3.48		0.373	5.99	17453	1518	46.7
3.48-3.58		0.446	4.84	30856	2700	85.3
3.58-3.7		0.429	4.97	35638	3054	100
3.7-3.83		0.332	6.25	34733	2953	99.9
3.83-3.98		0.266	7.66	33974	2868	99.9
3.98-4.14		0.199	9.69	32447	2733	99.9
4.14-4.32		0.163	11.81	31539	2651	99.8
4.32-4.53		0.144	14.16	30244	2546	99.9
4.53-4.78		0.122	16.83	28494	2409	99.9
4.78-5.07		0.115	18.39	27325	2303	100
5.07-5.42		0.108	19.33	25575	2164	100
5.42-5.85		0.104	21.54	23695	2025	100
5.85-6.41		0.096	23.42	21534	1858	99.9
6.41-7.17		0.088	27.05	19244	1709	100
7.17-8.28		0.079	30.05	16297	1513	100
8.28-10.14		0.074	32.94	14345	1295	100
10.14-14.34		0.067	32.32	10658	1004	97.7
	14.34	0.066	28.93	3787	423	69.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 33.61 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.21 Å	29.8 Å
Translation	3.21 Å	29.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.25→29.802 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2969	3841	9.93 %
R_work	0.2494	-	-
obs	0.2542	38678	86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 88.989 Å² / k_sol: 0.295 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 499.43 Å² / B_iso mean: 118.5717 Å² / B_iso min: 8.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6595 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.9216 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2622 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→29.802 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11671	0	60	32	11763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.704	16399
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1902
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2017
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.889	4048

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.2501-3.2911	0.3549	10	0.3159	174	184	11
3.2911-3.3344	0.3773	25	0.2731	289	314	20
3.3344-3.38	0.3013	49	0.3147	415	464	28
3.38-3.4282	0.3395	59	0.3398	584	643	39
3.4282-3.4793	0.3456	82	0.3177	828	910	55
3.4793-3.5336	0.3576	126	0.3028	1153	1279	78
3.5336-3.5915	0.3578	158	0.2874	1396	1554	95
3.5915-3.6533	0.3549	165	0.2958	1491	1656	100
3.6533-3.7196	0.2897	164	0.2828	1473	1637	100
3.7196-3.791	0.316	167	0.258	1502	1669	100
3.791-3.8682	0.3363	162	0.2498	1455	1617	100
3.8682-3.9521	0.2866	166	0.2518	1496	1662	100
3.9521-4.0439	0.2812	165	0.2469	1492	1657	100
4.0439-4.1447	0.3002	164	0.2553	1467	1631	100
4.1447-4.2565	0.2766	167	0.2306	1505	1672	100
4.2565-4.3814	0.2908	164	0.2337	1480	1644	100
4.3814-4.5223	0.2875	167	0.2339	1505	1672	100
4.5223-4.6833	0.2765	165	0.2311	1481	1646	100
4.6833-4.8701	0.2718	168	0.2356	1517	1685	100
4.8701-5.0907	0.2855	167	0.2619	1495	1662	100
5.0907-5.3576	0.3727	167	0.2737	1510	1677	100
5.3576-5.6911	0.3405	166	0.2733	1491	1657	100
5.6911-6.127	0.3192	169	0.2624	1523	1692	100
6.127-6.7372	0.3239	169	0.2572	1516	1685	100
6.7372-7.6973	0.3115	170	0.2234	1540	1710	100
7.6973-9.643	0.1943	173	0.1708	1555	1728	100
9.643-29.8027	0.2934	167	0.265	1504	1671	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1374	0.0222	0.0786	0.0107	0.0088	0.0389	-0.0362	0.2008	0.0399	-0.3495	0.0012	0.1592	-0.0478	-0.0967	-0.1469	0.588	0.0413	-0.6272	0.1269	-0.0274	0.1319	-17.422	-9.2198	13.1332
2	0.0597	-0.0242	0.0001	0.0078	-0.0017	0.0548	0.019	0.1544	-0.0114	-0.1399	-0.0851	0.0713	0.0063	-0.0736	-0.1313	0.9021	0.1112	-0.9179	0.3958	-0.187	0.5026	-17.5028	-12.8175	16.3873
3	0.1408	-0.1217	0.1071	0.3496	-0.0928	0.0781	0.0993	-0.1639	-0.0393	0.0063	-0.1139	-0.0076	-0.0146	-0.1195	-0.0071	0.8727	-0.0274	-0.4296	0.8714	-0.1213	1.0557	-37.7013	-20.8822	9.017
4	0.1772	0.0725	-0.0264	0.0282	-0.021	0.1465	-0.0148	0.3605	-0.1284	-0.4182	0.0611	0.284	0.196	-0.2236	0.014	0.9414	0.0613	-0.8384	0.4068	-0.168	0.531	-22.4023	-17.0707	16.939
5	0.0552	0.0071	-0.0167	0.0901	0.0013	0.122	-0.0353	-0.0688	0.0044	0.0804	-0.0257	0.0218	0.0348	0.0257	0.0127	0.6619	-0.018	-0.0479	0.4163	0.1788	0.3647	-0.0852	19.0534	55.9501
6	0.1729	-0.0405	0.0219	0.1936	0.0375	0.0373	-0.022	0.0573	0.1595	0.1482	-0.0112	-0.0638	-0.015	0.0202	-0.0777	0.0567	0.2244	0.123	0.5314	-0.1898	0.8337	-31.1046	-24.9617	59.2762
7	0.0535	-0.0018	-0.0835	0.0066	0.001	0.0643	0.0696	-0.0527	0.0866	0.1557	0.0723	0.1494	0.0115	-0.1523	0.1687	0.3308	0.1088	0.2579	0.0914	-0.1396	0.4623	-25.6591	-28.5465	58.8421
8	0.0257	0.0116	0.0191	0.0032	0.0072	0.0336	-0.0235	-0.0134	-0.0019	-0.0346	-0.0772	0.0586	-0.1208	-0.0848	-0.0083	1.102	-0.0501	0.5456	0.8763	-0.0358	0.8635	-24.5651	-34.7748	78.9085
9	0.0758	0.0958	0.0701	0.3666	-0.0137	0.2066	-0.1612	-0.3232	0.0898	0.4581	-0.0253	0.5771	-0.0529	-0.2951	-0.1921	0.3343	0.1593	0.4619	0.2214	-0.2981	0.1149	-20.7641	-31.0202	61.2268
10	0.0089	0.0064	-0.0053	0.006	-0.004	0.0029	-0.0111	-0.0024	0.0031	-0.0044	0.0223	-0.0101	-0.0132	0.037	-0.008	1.3015	0.2064	0.012	1.281	-0.0595	1.1047	-31.9429	6.4559	48.7604
11	0.1465	-0.0777	0.0082	0.069	-0.0699	0.1088	-0.0645	0.09	-0.0028	0.0756	-0.2204	-0.4145	0.0017	0.2866	-0.1848	0.0223	-0.0603	0.0246	0.4297	0.1236	0.3941	24.49	-22.8441	55.61
12	0.245	0.1252	0.0844	0.6598	-0.016	0.2321	-0.0719	-0.0742	-0.0314	-0.2033	-0.2831	-0.4088	0.1081	0.3032	-0.3078	0.3065	0.0184	0.1097	0.1151	0.0682	0.2618	8.9432	-10.9355	41.73
13	0.0149	0.0508	-0.0661	0.2088	-0.2204	0.3516	-0.1118	0.1875	-0.1037	-0.3656	-0.3991	-0.5826	0.0537	0.3147	-0.7081	0.1395	0.2473	0.4058	0.439	0.1843	0.5947	19.3569	-18.4776	38.6556
14	0.2333	-0.0291	0.1114	0.3256	-0.1114	0.1937	-0.0301	0.332	-0.2745	-0.4854	-0.157	-0.8852	0.2619	0.5071	-0.2767	-0.0842	-0.1087	0.33	0.2547	0.1083	0.6468	19.2453	-14.725	39.8761
15	0.0565	-0.0265	0.0052	0.0159	0.008	0.1196	-0.0482	0.0227	-0.0008	-0.0016	-0.1174	-0.1407	0.004	0.2073	0.0839	0.3466	-0.1461	0.1745	0.634	-0.0894	0.898	-15.3849	9.7465	57.8998
16	0.0321	-0.0156	0.0297	0.025	-0.0053	-0.0002	0.0092	-0.1351	-0.0177	-0.0223	0.0107	-0.0579	0.0699	0.029	0.0175	0.0615	0.1481	-0.0969	0.211	0.0908	0.209	-3.0741	-27.4507	44.1857
17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1.3311	0.0356	-0.0594	1.3495	0.0723	1.3465	-17.7552	-35.1353	34.2713
18	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.7229	0.0366	0.0503	0.7116	-0.0019	0.7401	1.093	9.5561	49.3867
19	1.0637	-0.6162	-0.1309	1.092	0.9653	1.0908	-0.0287	0.0189	0.3658	-0.0217	-0.0343	-0.0249	-0.2786	0.0128	0.0277	0.5373	-0.1106	-0.1102	0.2471	-0.0483	0.3414	-9.0284	-2.9693	38.3912
20	6.998	7.0414	1.5318	7.2531	0.8897	2.863	0.1968	-2.9408	6.4941	2.284	-1.1469	1.401	-1.0074	-1.7645	0.9524	1.4233	0.1135	0.0096	1.4501	0.1278	1.089	18.6742	-11.8331	38.2868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 57:154 )	A	57 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 155:259 )	A	155 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 260:325 )	A	260 - 325
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 326:553 )	A	326 - 553
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 554:583 )	A	554 - 583
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 57:151 )	B	57 - 151
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 152:271 )	B	152 - 271
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 272:311 )	B	272 - 311
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 312:546 )	B	312 - 546
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 547:558 )	B	547 - 558
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 57:109 )	C	57 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 110:223 )	C	110 - 223
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 224:373 )	C	224 - 373
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 374:548 )	C	374 - 548
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 549:568 )	C	549 - 568
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 701:707 ) OR ( CHAIN C AND RESID 701:713 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:612 )	A	701 - 707
17	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 701:707 ) OR ( CHAIN C AND RESID 701:713 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:612 )	C	701 - 713
18	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 701:707 ) OR ( CHAIN C AND RESID 701:713 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:612 )	B	601 - 612
19	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN A AND RESID 601:601 )	A	601
20	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 602:602 )	C	602
21	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN A AND RESID 602:602 )	A	602
22	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 601:601 )	C	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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