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- PDB-4llh: Substrate bound outward-open state of the symporter BetP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4llh
タイトルSubstrate bound outward-open state of the symporter BetP
要素Glycine betaine transporter BetP
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Secondary transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen compound transport / symporter activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BCCT transporter family / BCCT transporter, conserved site / BCCT, betaine/carnitine/choline family transporter / BCCT family of transporters signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(trimethyl-lambda~5~-arsanyl)ethanol / Glycine betaine transporter BetP
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Perez, C. / Faust, B. / Ziegler, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Substrate-bound outward-open state of the betaine transporter BetP provides insights into Na(+) coupling.
著者: Perez, C. / Faust, B. / Mehdipour, A.R. / Francesconi, K.A. / Forrest, L.R. / Ziegler, C.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine betaine transporter BetP
B: Glycine betaine transporter BetP
C: Glycine betaine transporter BetP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,27011
ポリマ－183,7043
非ポリマー1,5668
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area53850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.470, 129.690, 164.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glycine betaine transporter BetP


分子量: 61234.609 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-595 / 変異: G153D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: betP, Cgl0892, cg1016 / プラスミド: pASK-IBA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54582

-
非ポリマー , 5種, 99分子

#2: 化合物 ChemComp-1Y8 / 2-(trimethyl-lambda~5~-arsanyl)ethanol


分子量: 165.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14AsO
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Na3citrate, 300 mM NaCl, 17-24% PEG400, 8 mM arseno-choline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 5.3-5.6

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.043
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.043 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→36.33 Å / Num. obs: 48865 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 12.47
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID
2.8-3.040.3015.43801
3.04-3.780.6223.8830571
3.78-5.120.2029.933101
5.12-6.270.05919.924311
6.27-8.870.0424.5219901
8.87-12.50.01837.3213151

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→36.3 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 2312 5.06 %
Rwork0.2405 --
obs0.243 45722 82.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.294 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3865 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.6489 Å20 Å2
3----3.0734 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11406 0 92 91 11589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7416076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7813890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.95930.4124530.3552996X-RAY DIFFRACTION32
2.9593-3.02360.4349780.31881271X-RAY DIFFRACTION42
3.0236-3.09390.2938590.30311573X-RAY DIFFRACTION51
3.0939-3.17130.3426880.28151816X-RAY DIFFRACTION59
3.1713-3.25690.33951180.28552015X-RAY DIFFRACTION67
3.2569-3.35270.35921140.28592325X-RAY DIFFRACTION75
3.3527-3.46090.36991270.27642574X-RAY DIFFRACTION84
3.4609-3.58440.31861670.25352828X-RAY DIFFRACTION92
3.5844-3.72780.31361700.24133037X-RAY DIFFRACTION99
3.7278-3.89730.29491910.22553012X-RAY DIFFRACTION99
3.8973-4.10250.2631590.21143099X-RAY DIFFRACTION100
4.1025-4.35910.25721640.20773086X-RAY DIFFRACTION100
4.3591-4.69510.25281660.20223082X-RAY DIFFRACTION100
4.6951-5.16640.26211580.19933116X-RAY DIFFRACTION100
5.1664-5.91120.25671560.23233142X-RAY DIFFRACTION100
5.9112-7.43690.27341680.25083164X-RAY DIFFRACTION100
7.4369-36.3330.28651760.26313274X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1262-0.0347-0.0960.03810.05560.0923-0.01010.1272-0.0502-0.2562-0.0445-0.15950.09920.0306-0.00950.46950.01010.29480.2097-0.03810.178711.78138.49855.9786
20.0175-0.0319-0.03230.11490.06330.083-0.07260.07580.021-0.1362-0.0548-0.09180.04360.048-0.25490.6401-0.03510.40060.12070.09730.194112.227512.21878.8494
30.03770.0088-0.03780.0007-0.00030.03840.008-0.0202-0.0248-0.0351-0.00040.008-0.01820.03860.01780.4406-0.04070.43090.14570.0480.284630.741519.315-0.6419
40.00620.0945-0.03490.2726-0.05990.14920.03940.2844-0.0843-0.5418-0.0214-0.3960.07460.22390.07550.32-0.05190.8491-0.02020.1446-0.492617.083816.27798.6081
50.1936-0.0339-0.04050.72160.02690.0129-0.01440.0012-0.03360.2752-0.04080.04920.03190.00210.02940.3899-0.1005-0.08310.2189-0.02550.34622.3694-20.047650.899
60.1455-0.0119-0.0813-0.00060.00430.0531-0.0622-0.0178-0.0320.1216-0.0711-0.1233-0.01580.0877-0.09970.18240.2752-0.22740.23530.01640.431833.051924.69548.7971
70.13140.02660.0480.0182-0.02510.0827-0.0114-0.0147-0.00320.1435-0.0919-0.26380.05970.23790.0480.10280.219-0.2050.27020.05640.308127.522528.591549.2209
80.0142-0.00820.01360.0154-0.01940.0193-0.0016-0.0263-0.0070.0218-0.0086-0.03130.04950.054-0.01110.67060.1149-0.38110.46720.01310.402429.460334.141968.5474
90.02420.0234-0.01610.50720.02360.1775-0.087-0.25460.03050.519-0.0145-0.5579-0.01630.2414-0.04420.2270.146-0.42430.16440.19920.009422.859730.773652.4092
103.33632.8077-1.01312.9278-0.75371.9743-0.04560.1210.54790.2029-0.010.008-0.37130.00020.05610.74510.0433-0.00510.61030.05360.700131.7344-2.004646.1023
110.0109-0.0007-0.01-0.00090.00390.01270.0084-0.0225-0.010.0765-0.00670.10710.0261-0.0083-0.01540.15510.07010.20650.176-0.00980.1653-22.399221.803753.8767
120.13720.0472-0.00870.07610.04730.1205-0.0392-0.1643-0.0319-0.0117-0.06550.0279-0.01340.0083-0.2632-0.07260.0589-0.1374-0.07450.1398-0.2747-9.319110.16738.1807
130.07550.11340.01140.26780.02750.0945-0.0037-0.19830.06320.0289-0.05930.4189-0.0524-0.0819-0.0580.02130.07610.01160.346-0.01320.2851-19.982217.474836.927
140.26530.03650.17830.52570.10120.4473-0.10110.02130.2174-0.1696-0.10230.5836-0.1647-0.4662-0.2886-0.04180.028-0.13540.1911-0.02350.2537-19.910613.720837.9476
150.22370.4450.20180.88560.40180.1823-0.0440.0383-0.0593-0.04470.1135-0.2178-0.00150.0888-0.07880.68020.00260.02570.7887-0.10590.78517.355-7.538249.8066
162.27850.9574-0.45871.98151.77212.53721.12651.02460.88761.6557-0.7164-0.4701-4.213-0.5396-0.41011.04320.0259-0.01570.8420.12791.269726.241531.785251.4382
1724.27673.938120.396920.83070.0635-5.14990.0327-0.5538-3.06311.5399-1.6187-0.27930.72440.2233-0.03310.4603-0.05740.799316.456717.35975.448
180.01410.00020.00150.0256-0.0071-0.0026-0.0166-0.02180.0185-0.0240.0028-0.04490.00660.00880.0117-0.14260.04320.07110.07160.0276-0.01614.575324.771532.6858
190000-0-0000-000-00-00.46790.09-0.06180.44610.03540.5004-0.113-10.122744.6843
200.0095-0.01930.0050.048-0.01540.0059-0.00140.0303-0.03210.03490.026-0.04030.01080.0113-0.01590.72330.1571-0.04760.3985-0.03590.51330.6244-5.229234.1665
210.4923-0.5886-0.18030.74480.45141.4242-1.03110.4208-1.2257-1.87420.82260.55570.61840.30450.21150.68770.0644-0.01290.61880.11350.6952-18.803411.68836.8598
220.00480.01310.00390.0360.01040.00290.0071-0.00110.0229-0.0214-0.01530.042-0.0196-0.01980.01271.26860.0718-0.02351.1662-0.04521.1821-13.751916.8347.4913
230-0-0000-0.0008-574465.74653259160.2261574465.74750.00031965136.1509-3259160.226-1965136.15250.00052.344-0.0125-0.00322.3443-0.00362.346123.229529.143560.4842
240000000000000000.7964-0.02610.00130.79110.01780.802823.467514.81264.2184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 57:154 )A57 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 155:259 )A155 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 260:325 )A260 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 326:553 )A326 - 553
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 554:583 )A554 - 583
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 57:151 )B57 - 151
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 152:271 )B152 - 271
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 272:311 )B272 - 311
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 312:546 )B312 - 546
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 547:548 )B547 - 548
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 57:109 )C57 - 109
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 110:223 )C110 - 223
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 224:373 )C224 - 373
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 374:548 )C374 - 548
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 549:553 )C549 - 553
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 601:601 )B601
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 601:601 )A601
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 701:725 ) OR ( CHAIN C AND RESID 701:740 ) OR ( CHAIN B AND RESID 701:726 )A701 - 725
19X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 701:725 ) OR ( CHAIN C AND RESID 701:740 ) OR ( CHAIN B AND RESID 701:726 )C701 - 740
20X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 701:725 ) OR ( CHAIN C AND RESID 701:740 ) OR ( CHAIN B AND RESID 701:726 )B701 - 726
21X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 601:601 )C601
22X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 602:602 )C602
23X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 603:603 )C603
24X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 604:604 )C604
25X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN B AND RESID 602:602 )B602
26X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN A AND RESID 602:602 )A602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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