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- PDB-4ain: Crystal structure of BetP with asymmetric protomers. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ain
タイトルCrystal structure of BetP with asymmetric protomers.
要素GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CHEMOSENSOR AND OSMOSENSOR / SECONDARY TRANSPORTER / SODIUM COUPLED TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / HYPEROSMOTIC STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


symporter activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BCCT transporter, conserved site / BCCT family of transporters signature. / BCCT transporter family / BCCT, betaine/carnitine/choline family transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHYL GLYCINE / CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycine betaine transporter BetP
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Koshy, C. / Ziegler, C. / Yildiz, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Alternating-Access Mechanism in Conformationally Asymmetric Trimers of the Betaine Transporter Betp.
著者: Perez, C. / Koshy, C. / Yildiz, O. / Ziegler, C.
履歴
登録2012年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年9月12日Group: Database references
改定 1.32012年10月10日Group: Database references
改定 1.42013年3月27日Group: Other
改定 1.52015年3月25日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
B: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
C: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,46713
ポリマ－174,2763
非ポリマー1,19110
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-85.7 kcal/mol
Surface area54980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.810, 128.150, 159.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP


分子量: 58091.980 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 41-579 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
プラスミド: PASK IBA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL-X / 参照: UniProt: P54582

-
非ポリマー , 7種, 23分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイン


分子量: 118.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48 Å / Num. obs: 42200 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4.05 % / Biso Wilson estimate: 58.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 8.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→48.14 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 1809 5 %
Rwork0.2254 --
obs0.2285 36111 84.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.002 Å2 / ksol: 0.283 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--43.8306 Å20 Å20 Å2
2---23.3797 Å20 Å2
3----48.8588 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11551 0 75 13 11639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64316241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3163932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.18380.312490.2198879X-RAY DIFFRACTION29
3.1838-3.27750.3052950.2571458X-RAY DIFFRACTION48
3.2775-3.38330.34981050.26021891X-RAY DIFFRACTION62
3.3833-3.50420.30551070.24472309X-RAY DIFFRACTION75
3.5042-3.64440.3361310.2342724X-RAY DIFFRACTION88
3.6444-3.81020.27921610.22953069X-RAY DIFFRACTION99
3.8102-4.0110.28041470.21573109X-RAY DIFFRACTION100
4.011-4.26220.26791690.21053082X-RAY DIFFRACTION100
4.2622-4.5910.26681610.20913103X-RAY DIFFRACTION100
4.591-5.05260.27261740.21083093X-RAY DIFFRACTION100
5.0526-5.78260.26481810.2243120X-RAY DIFFRACTION100
5.7826-7.28150.34421600.23533188X-RAY DIFFRACTION100
7.2815-48.14580.24851690.22063277X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4424-0.11240.18270.7389-1.40772.65160.1135-0.137-0.44841.10380.24650.2152-0.5108-0.386-0.24551.0090.15270.34030.19310.1130.6402-5.8475-2.6303-12.8745
21.52210.0045-0.73812.0147-1.39791.3131-0.0588-0.12810.16351.96410.16890.4313-0.4932-0.1835-0.14681.9407-0.02320.79360.2602-0.10030.5706-17.002413.3942-6.3723
30.4641-0.375-0.04111.73060.52120.24380.0385-0.05020.12511.5405-0.24660.64380.3622-0.12970.17241.7474-0.08720.8580.36760.0220.7077-17.997513.509-4.2532
41.2362-0.1422-0.55732.03371.71841.612-0.56920.0492-0.56751.83030.38310.03530.9949-0.0340.34271.0037-0.02870.2572-0.02860.03440.7306-12.673724.7115-22.5568
50.3045-0.2166-0.09820.21180.04590.0933-0.28120.1139-0.2684-0.17270.26790.19570.058-0.0099-0.00330.1445-0.28340.11710.47150.06121.2618-35.433523.4142-41.574
60.77780.41110.13081.94730.57730.4884-0.15930.04990.3301-0.9232-0.11551.6792-0.1759-0.18550.2930.4739-0.0471-0.5790.1658-0.02841.1273-25.32626.1346-51.4573
70.9801-0.1647-0.08540.3864-0.46710.59920.05630.05970.0364-0.7879-0.07710.72720.443-0.1336-0.06280.8232-0.1156-0.50780.2429-0.07080.7548-26.32226.2527-53.8105
81.0830.5759-1.6050.3088-0.9024.09640.56650.05450.44710.2020.54920.37410.1402-0.2478-1.06120.3827-0.03930.1160.0150.09080.8889-13.366227.1924-34.342
90.3698-0.0378-0.12921.04870.49020.28140.16330.05660.0682-0.7383-0.1124-0.4579-0.256-0.0590.10220.37060.09170.24970.2650.00920.321315.424814.3669-51.3708
100.7054-0.82650.43743.89410.36332.0684-0.01850.079-0.08890.3467-0.0884-1.34630.06750.24820.12720.14330.0007-0.07220.05650.06440.55517.435811.3139-37.4224
110.82991.15010.84613.4239-0.15432.32830.09180.2981-0.61910.0747-0.1525-1.70250.08110.98360.0478-0.0038-0.1992-0.0342-0.44980.02270.667520.239510.8201-37.6003
120.1605-0.698-0.42693.05091.88141.1762-0.42170.0811-0.30390.8434-0.22160.2175-0.0745-0.27150.56180.6064-0.1371-0.01650.0713-0.07930.51463.608921.9849-28.7535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 41:120 OR RESID 549:579)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 121:210 OR RESID 427:548)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 211:325 OR RESID 356:426)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 326:355)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 57:120 OR RESID 549:560)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 121:210 OR RESID 427:548)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 211:325 OR RESID 356:426)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 336:355)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESID 57:120 OR RESID 549:565)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESID 121:210 OR RESID 427:548)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 211:325 OR RESID 356:426)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 326:355)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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