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- PDB-4do3: Structure of FAAH with a non-steroidal anti-inflammatory drug -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4do3
タイトルStructure of FAAH with a non-steroidal anti-inflammatory drug
要素Fatty-acid amide hydrolase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMIDASE / HYDROLASE / ANANDAMIDE / NSAID / DRUG / COX / INHIBITOR / INFLAMMATION / PAIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane / positive regulation of vasoconstriction / fatty acid metabolic process / phospholipid binding / presynapse / postsynapse / Golgi membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Amidase, conserved site / Amidases signature. / Amidase signature (AS) enzymes / Amidase signature (AS) domain / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-(6-chloro-9H-carbazol-2-yl)propanoic acid / CYCLOHEXANE AMINOCARBOXYLIC ACID / Fatty-acid amide hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Garau, G.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: A Binding Site for Nonsteroidal Anti-inflammatory Drugs in Fatty Acid Amide Hydrolase.
著者: Bertolacci, L. / Romeo, E. / Veronesi, M. / Magotti, P. / Albani, C. / Dionisi, M. / Lambruschini, C. / Scarpelli, R. / Cavalli, A. / De Vivo, M. / Piomelli, D. / Garau, G.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty-acid amide hydrolase 1
B: Fatty-acid amide hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6147
ポリマ－125,7452
非ポリマー8695
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area37090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.470, 104.370, 147.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 602
2114B1 - 602

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要素

#1: タンパク質 Fatty-acid amide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1


分子量: 62872.398 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, Faah1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97612, fatty acid amide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-OHO / CYCLOHEXANE AMINOCARBOXYLIC ACID / シクロヘキシルカルバミド酸


分子量: 143.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO2
#4: 化合物 ChemComp-0LA / (2S)-2-(6-chloro-9H-carbazol-2-yl)propanoic acid / (S)-carprofen


分子量: 273.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12ClNO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG400, 100 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 100 MM MGCL2, 100 MM NACL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 287K, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.008 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.5 Å / Num. all: 76448 / Num. obs: 76403 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMPACKAGEデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LJ7

3lj7


解像度: 2.25→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.133 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19872 3838 5 %RANDOM
Rwork0.16439 ---
all0.16616 76448 --
obs0.16616 72435 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.831 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8369 0 57 533 8959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0228645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0341.99911735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.19451093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24123.86342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.112151482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7931556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.21317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.171.55436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13828758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.83133209
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1514.52973
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4216 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.260.5
MEDIUM THERMAL1.912
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 270 -
Rwork0.213 5293 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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