+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4do2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Rop protein mutant D30P/A31G at resolution 1.4 resolution. | ||||||
![]() | Regulatory protein rop | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / protein structure / protein folding / Rop protein / bacterial protein / mutation / 4-alpha-helical bundle / loop / ColE1 plasmid copy number | ||||||
機能・相同性 | Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amprazi, M. / Kapetaniou, E.G. / Kokkinidis, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural plasticity of 4-alpha-helical bundles exemplified by the puzzle-like molecular assembly of the Rop protein. 著者: Amprazi, M. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Kapetaniou, E.G. / Fellas, G. / Kyriazidis, I. / Perez, J. / Kokkinidis, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a variant of the ColE1 Rop protein. 著者: Ambrazi, M. / Fellas, G. / Kapetaniou, E.G. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Kokkinidis, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ropS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8163.035 Da / 分子数: 2 / 変異: D30P, A31G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.54 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 45%(v/v) methanol, 50 mM HEPES pH 6.4 and 100 mM Li2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.817 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→55.7 Å / Num. all: 22394 / Num. obs: 22394 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 97.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ROP 解像度: 1.401→55.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 0.964 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.36 Å2 / Biso mean: 17.6643 Å2 / Biso min: 7.15 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.401→55.64 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.401→1.438 Å / Total num. of bins used: 20
|