PDB-4dnd: Crystal structure of syntaxin 10 from Homo sapiens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dnd

タイトル

Crystal structure of syntaxin 10 from Homo sapiens

要素

Syntaxin-10

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle transport /

小胞融合 / vesicle docking /

SNARE complex /

SNAP receptor activity /

retrograde transport, endosome to Golgi /

syntaxin binding /

細胞内膜系 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of syntaxin 10 from Homo sapiens
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dnd.cif.gz	55.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dnd.ent.gz	42.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qvm-d 6hk5-5 6cum-1 1w09-d 1rb6-d 3gin-2 3idu-2 1w0a-d 3fq4-2 3gin-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012365

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Syntaxin-10

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	22.186, 58.733, 36.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Syntaxin-10 / / Syn10 分子量: 15318.346 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic Topological domain residues 1-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Bronx / 遺伝子: AAC05087.1, STX10, SYN10 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: O60499
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Syntaxin-10 /

/ Syn10

分子量: 15318.346 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic Topological domain residues 1-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 株: Bronx / 遺伝子: AAC05087.1, STX10, SYN10 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: O60499

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 21.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG400, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.8 % / Av σ(I) over netI: 31.76 / 数: 95400 / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 1.46 / D res high: 1.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33753 / % possible obs: 94.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.8	50	70.2	1	0.038	3.344	2.6
3.02	3.8	84.8	1	0.035	2.998	2.6
2.63	3.02	97.4	1	0.036	2.754	2.8
2.39	2.63	98.9	1	0.039	2.643	2.8
2.22	2.39	99	1	0.04	2.185	2.9
2.09	2.22	98.8	1	0.039	1.746	2.9
1.99	2.09	98.1	1	0.045	1.62	2.9
1.9	1.99	98.1	1	0.049	1.303	2.9
1.83	1.9	98	1	0.066	1.225	2.9
1.76	1.83	98	1	0.077	1.105	2.9
1.71	1.76	97.6	1	0.091	1.054	2.9
1.66	1.71	96.7	1	0.11	1.051	2.9
1.62	1.66	96.5	1	0.113	0.955	2.9
1.58	1.62	97.5	1	0.142	0.938	2.9
1.54	1.58	96.6	1	0.183	0.902	2.9
1.51	1.54	95.9	1	0.198	0.856	2.9
1.48	1.51	96.3	1	0.25	0.911	2.9
1.45	1.48	95.1	1	0.334	0.83	2.8
1.42	1.45	92.3	1	0.378	0.79	2.7
1.4	1.42	75.6	1	0.511	0.797	2.5

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 18149 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 1.46 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.42	2.5	0.511	1302	0.797	1	75.6
1.42-1.45	2.7	0.378	1675	0.79	1	92.3
1.45-1.48	2.8	0.334	1758	0.83	1	95.1
1.48-1.51	2.9	0.25	1707	0.911	1	96.3
1.51-1.54	2.9	0.198	1687	0.856	1	95.9
1.54-1.58	2.9	0.183	1784	0.902	1	96.6
1.58-1.62	2.9	0.142	1694	0.938	1	97.5
1.62-1.66	2.9	0.113	1735	0.955	1	96.5
1.66-1.71	2.9	0.11	1795	1.051	1	96.7
1.71-1.76	2.9	0.091	1692	1.054	1	97.6
1.76-1.83	2.9	0.077	1797	1.105	1	98
1.83-1.9	2.9	0.066	1733	1.225	1	98
1.9-1.99	2.9	0.049	1770	1.303	1	98.1
1.99-2.09	2.9	0.045	1767	1.62	1	98.1
2.09-2.22	2.9	0.039	1785	1.746	1	98.8
2.22-2.39	2.9	0.04	1761	2.185	1	99
2.39-2.63	2.8	0.039	1766	2.643	1	98.9
2.63-3.02	2.8	0.036	1756	2.754	1	97.4
3.02-3.8	2.6	0.035	1517	2.998	1	84.8
3.8-50	2.6	0.038	1272	3.344	1	70.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→17.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.2122 / WR_factor R_work: 0.1692 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8781 / SU B: 2.4 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0799 / SU R_free: 0.0706 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1996	879	5.1 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.1638	17283	95.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.31 Å² / B_iso mean: 22.7954 Å² / B_iso min: 10.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→17.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	782	0	0	120	902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.199	1.97	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.721	5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.727	24.444	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.528	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.567	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	612
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.987	3	805
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	18.6	5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.694	5	873

LS精密化シェル

解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	76	-
R_work	0.229	1108	-
all	-	1184	-
obs	-	-	91.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.1801 Å / Origin y: -0.641 Å / Origin z: 11.2748 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0158 Å²	0.0004 Å²	0.0027 Å²	-	0.0007 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.0153 Å²
L	0.6851 °²	-0.2986 °²	-0.5812 °²	-	0.7334 °²	0.6664 °²	-	-	1.1041 °²
S	-0.0089 Å °	0.0032 Å °	0.0038 Å °	-0.0116 Å °	0.0091 Å °	-0.001 Å °	0.0275 Å °	-0.0043 Å °	-0.0003 Å °

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