PDB-4dn9: CRYSTAL STRUCTURE OF putative Antibiotic biosynthesis monooxygena...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dn9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative Antibiotic biosynthesis monooxygenase from Chloroflexus aurantiacus J-10-fl

要素

Antibiotic biosynthesis monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative Antibiotic biosynthesis monooxygenase from Chloroflexus aurantiacus J-10-fl
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dn9.cif.gz	93.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dn9.ent.gz	70.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dn9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dn9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lbu-d 2rf6-d 2b8m-1 5uwz-d 2gs5-d 4rc7-2 6r0m-2 4rc6-2 3tvl-2 5dqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-013101

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

B: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

B: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

A: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

B: Antibiotic biosynthesis monooxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.511, 60.511, 135.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-321- HOH

詳細

dimer

#1: タンパク質	Antibiotic biosynthesis monooxygenase 分子量: 13157.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア) 株: J-10-fl / 遺伝子: Caur_2443 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A9WHE0
#2: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 0.1M MES:NaOH, pH 6.5, 10% dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 19.76 / 数: 233778 / R_merge(I) obs: 0.127 / Χ²: 1.21 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30159 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.56	50	99.9	1	0.056	2.273	7.5
4.42	5.56	100	1	0.054	2.116	7.6
3.86	4.42	100	1	0.067	2.5	7.7
3.51	3.86	100	1	0.075	2.079	7.8
3.25	3.51	100	1	0.08	1.527	7.9
3.06	3.25	100	1	0.106	1.215	7.9
2.91	3.06	100	1	0.132	1.14	7.9
2.78	2.91	100	1	0.158	1.006	7.8
2.68	2.78	100	1	0.225	0.959	7.9
2.58	2.68	100	1	0.249	0.93	7.9
2.5	2.58	100	1	0.279	0.915	7.8
2.43	2.5	100	1	0.347	0.905	7.8
2.37	2.43	100	1	0.388	0.873	7.8
2.31	2.37	100	1	0.434	0.874	7.8
2.26	2.31	100	1	0.466	0.86	7.8
2.21	2.26	100	1	0.538	0.812	7.8
2.16	2.21	100	1	0.6	0.819	7.8
2.12	2.16	100	1	0.695	0.782	7.7
2.09	2.12	100	1	0.793	0.792	7.6
2.05	2.09	100	1	0.883	0.769	7.2

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 30159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Χ²: 1.206 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.09	7.2	0.883	1567	0.769	1	100
2.09-2.12	7.6	0.793	1448	0.792	1	100
2.12-2.16	7.7	0.695	1521	0.782	1	100
2.16-2.21	7.8	0.6	1475	0.819	1	100
2.21-2.26	7.8	0.538	1553	0.812	1	100
2.26-2.31	7.8	0.466	1475	0.86	1	100
2.31-2.37	7.8	0.434	1508	0.874	1	100
2.37-2.43	7.8	0.388	1514	0.873	1	100
2.43-2.5	7.8	0.347	1517	0.905	1	100
2.5-2.58	7.8	0.279	1491	0.915	1	100
2.58-2.68	7.9	0.249	1490	0.93	1	100
2.68-2.78	7.9	0.225	1525	0.959	1	100
2.78-2.91	7.8	0.158	1509	1.006	1	100
2.91-3.06	7.9	0.132	1473	1.14	1	100
3.06-3.25	7.9	0.106	1527	1.215	1	100
3.25-3.51	7.9	0.08	1511	1.527	1	100
3.51-3.86	7.8	0.075	1493	2.079	1	100
3.86-4.42	7.7	0.067	1523	2.5	1	100
4.42-5.56	7.6	0.054	1510	2.116	1	100
5.56-50	7.5	0.056	1529	2.273	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.1993 / WR_factor R_work: 0.1452 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8678 / SU B: 7.779 / SU ML: 0.095 / SU R Cruickshank DPI: 0.3342 / SU R_free: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2256	835	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1588	-	-	-
obs	0.162	16479	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.16 Å² / B_iso mean: 27.45 Å² / B_iso min: 14.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1434	0	22	102	1558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.998	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.335	5	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.5	24.615	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.622	15	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.068	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.022	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.348	3	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	32.107	5	46
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	16.407	5	1521

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.102 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	58	-
R_work	0.172	973	-
all	-	1031	-
obs	-	-	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5593	-0.1659	0.1894	0.7519	-0.0524	1.274	-0.0179	0.0421	0.0688	-0.0574	-0.0147	-0.0343	-0.0964	0.051	0.0325	0.0129	-0.0038	-0.0012	0.0055	0.0106	0.0302	47.8626	39.0221	29.2188
2	0.716	-0.3893	0.1849	0.7963	-0.221	2.1796	-0.0016	-0.0096	0.0926	0.0192	-0.0281	-0.026	-0.141	0.0693	0.0296	0.0241	-0.0047	-0.0034	0.0045	0.0014	0.0421	37.0358	46.4987	14.7868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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