PDB-4dn2: CRYSTAL STRUCTURE OF putative Nitroreductase from Geobacter metal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dn2

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative Nitroreductase from Geobacter metallireducens GS-15

要素

Nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative Nitroreductase from Geobacter metallireducens GS-15
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dn2.cif.gz	173.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dn2.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zm4-d 5ux4-2 3oqf-2 3e87-2 3tmc-2 3tll-d 5yic-d 1b80-2 1x9y-4 1w6i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-013409

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nitroreductase

B: Nitroreductase

ヘテロ分子

47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.884, 64.161, 61.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

dimer

#1: タンパク質	Nitroreductase 分子量: 23223.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (バクテリア) 株: GS-15 / 遺伝子: ABB33053.1, Gmet_2835 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q39RS1
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Na2HPO4:citric acid, pH 4.2, 20% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.3 % / Av σ(I) over netI: 22.04 / 数: 235062 / R_merge(I) obs: 0.049 / Χ²: 1.27 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 104230 / % possible obs: 95.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.07	50	95.9	1	0.03	2.25	2.4
3.23	4.07	99.3	1	0.031	2.08	2.3
2.82	3.23	99.3	1	0.045	2.3	2.3
2.56	2.82	99.4	1	0.05	2.023	2.3
2.38	2.56	99.8	1	0.054	1.62	2.3
2.24	2.38	99.7	1	0.065	1.49	2.3
2.13	2.24	99.9	1	0.075	1.347	2.3
2.04	2.13	99.8	1	0.097	1.226	2.3
1.96	2.04	99.9	1	0.119	1.132	2.3
1.89	1.96	99.8	1	0.16	1.007	2.3
1.83	1.89	99.9	1	0.205	0.957	2.3
1.78	1.83	99.9	1	0.278	0.86	2.3
1.73	1.78	99.9	1	0.351	0.865	2.3
1.69	1.73	99.8	1	0.454	0.85	2.3
1.65	1.69	99.9	1	0.514	0.797	2.3
1.62	1.65	99.7	1	0.672	0.759	2.2
1.58	1.62	97.4	1	0.775	0.781	2.1
1.55	1.58	90.8	1	0.851	0.745	2
1.53	1.55	78.3	1	0.869	0.761	1.9
1.5	1.53	55.6	1	0.938	0.729	1.7

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 104230 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Χ²: 1.272 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.53	1.7	0.938	2988	0.729	1	55.6
1.53-1.55	1.9	0.869	4283	0.761	1	78.3
1.55-1.58	2	0.851	4919	0.745	1	90.8
1.58-1.62	2.1	0.775	5396	0.781	1	97.4
1.62-1.65	2.2	0.672	5390	0.759	1	99.7
1.65-1.69	2.3	0.514	5449	0.797	1	99.9
1.69-1.73	2.3	0.454	5428	0.85	1	99.8
1.73-1.78	2.3	0.351	5425	0.865	1	99.9
1.78-1.83	2.3	0.278	5397	0.86	1	99.9
1.83-1.89	2.3	0.205	5464	0.957	1	99.9
1.89-1.96	2.3	0.16	5433	1.007	1	99.8
1.96-2.04	2.3	0.119	5500	1.132	1	99.9
2.04-2.13	2.3	0.097	5436	1.226	1	99.8
2.13-2.24	2.3	0.075	5397	1.347	1	99.9
2.24-2.38	2.3	0.065	5439	1.49	1	99.7
2.38-2.56	2.3	0.054	5448	1.62	1	99.8
2.56-2.82	2.3	0.05	5404	2.023	1	99.4
2.82-3.23	2.3	0.045	5419	2.3	1	99.3
3.23-4.07	2.3	0.031	5388	2.08	1	99.3
4.07-50	2.4	0.03	5227	2.25	1	95.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / WR_factor R_free: 0.1923 / WR_factor R_work: 0.153 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8578 / SU B: 3.728 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0897 / SU R_free: 0.0751 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1939	2732	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1521	-	-	-
obs	0.1542	53864	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.09 Å² / B_iso mean: 27.8939 Å² / B_iso min: 14.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0.24 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2971	0	62	186	3219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.214	2.013	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.33	5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.812	23.869	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.492	15	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.341	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.723	3	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	20.693	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.336	5	3148

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	163	-
R_work	0.324	2843	-
all	-	3006	-
obs	-	-	75.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3701	0.0509	-0.0572	0.353	-0.0315	0.8005	0.0068	0.0239	-0.0071	-0.0025	-0.0281	-0.0019	0.0664	0.0445	0.0213	0.011	0.0049	-0.0095	0.0133	0.0007	0.0249	25.2141	16.0625	65.6825
2	0.315	-0.0125	-0.0007	0.2246	-0.0502	1.024	0.0123	-0.0491	0.0121	0.0528	-0.0215	0.0146	0.0422	0.0084	0.0091	0.0212	-0.0068	-0.0062	0.0124	-0.0047	0.0248	20.7633	17.4266	83.8657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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