PDB-4dm9: The Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal hydrolase L1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dm9

タイトル

The Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal hydrolase L1 (UCHL1) bound to a tripeptide fluoromethyl ketone Z-VAE(OMe)-FMK

要素

Tripeptide fluoromethyl ketone inhibitor Z-VAE(OMe)-FMK
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

キーワード

HYDROLASE / LIGASE/INHIBITOR / Ubiquitin Hydrolase / Ligase / LIGASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

axon target recognition / male germ cell proliferation / alpha-2A adrenergic receptor binding / muscle cell development / neuron projection terminus / adult walking behavior / neuromuscular process / eating behavior / axonal transport of mitochondrion / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Davies, C.W. / Chaney, J. / Korbel, G. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Ploegh, H. / Das, C.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: The co-crystal structure of ubiquitin carboxy-terminal hydrolase L1 (UCHL1) with a tripeptide fluoromethyl ketone (Z-VAE(OMe)-FMK).
著者: Davies, C.W. / Chaney, J. / Korbel, G. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Ploegh, H. / Das, C.

履歴

登録	2012年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4dm9.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dm9_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dm9_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	4dm9_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	4dm9_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dm9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2etlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jkj-1 3irt-1 3irt-2 2etl-2 4jkj-2 3hcf-1 2qvp-1 2etl-1 2a22-1 3hcb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

X: Tripeptide fluoromethyl ketone inhibitor Z-VAE(OMe)-FMK

Y: Tripeptide fluoromethyl ketone inhibitor Z-VAE(OMe)-FMK

51.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

X: Tripeptide fluoromethyl ketone inhibitor Z-VAE(OMe)-FMK

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

Y: Tripeptide fluoromethyl ketone inhibitor Z-VAE(OMe)-FMK

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.011, 110.011, 78.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-308- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 / UCH-L1 / Neuron cytoplasmic protein 9.5 / PGP 9.5 / PGP9.5 / Ubiquitin thioesterase L1 分子量: 25266.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCHL1 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: P09936, ubiquitinyl hydrolase 1, 合成酵素
#2: タンパク質・ペプチド	Tripeptide fluoromethyl ketone inhibitor Z-VAE(OMe)-FMK タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 499.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成参照: Tripeptide fluoromethyl ketone inhibitor Z-VAE(OMe)-FMK
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月6日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 20719 / Num. obs: 20326 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 12.9 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 48.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.43	7.8	2.1	0.499	1	89.6
2.43-2.53	8.9	3.8	0.355	1	92.8
2.53-2.65	11.3	5.2	0.419	1	99.6
2.65-2.79	13.9	8.2	0.368	1	100
2.79-2.96	14.7	13.7	0.247	1	100
2.96-3.19	14.7	26.4	0.13	1	100
3.19-3.51	14.6	39.2	0.078	1	100
3.51-4.02	14.5	55.6	0.045	1	100
4.02-5.06	14.4	93.3	0.03	1	100
5.06-50	13.4	90.2	0.022	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ETL

2etl

解像度: 2.35→34.873 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	1037	5.12 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.1995	20267	97.89 %
all	-	20703	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.657 Å² / k_sol: 0.357 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.915 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.915 Å²	0 Å²
3-	-	-	-17.8301 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→34.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3547	0	0	42	3589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	4856
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.536	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3503-2.4742	0.3832	134	0.3369	2437	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4742-2.6291	0.3371	138	0.2801	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6291-2.8321	0.3077	165	0.2586	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8321-3.1169	0.3503	162	0.2403	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1169-3.5675	0.2458	168	0.2139	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5675-4.4932	0.1803	132	0.1517	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4932-34.8766	0.2368	138	0.1788	2978	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5907	-0.4424	0.8571	5.6719	1.213	3.8446	-0.1107	-0.0529	-0.0454	0.0049	0.2731	0.2469	-0.156	-0.4633	-0.1397	0.2131	0.0259	0.0212	0.3525	0.0842	0.242	36.1751	16.6399	14.5648
2	6.5915	3.0473	-6.6302	1.588	-3.5284	9.0049	-0.8111	-0.5419	-0.8537	-0.0751	0.4172	-0.2754	0.8797	0.6685	0.3267	0.528	0.1397	0.0035	0.518	0.0267	0.4218	47.4842	11.0402	23.1044
3	9.0015	-1.4749	5.4123	8.0962	-2.0489	7.4248	0.042	0.5642	-0.2451	-0.7443	0.1874	0.417	0.1659	-0.2229	-0.2159	0.3822	0.0236	0.0059	0.4472	0.0383	0.2619	33.0017	13.3556	3.4491
4	3.5202	-5.2664	-2.7472	8.1477	4.95	4.8391	-0.1862	0.2716	0.0443	-0.1999	0.5389	-0.2362	0.0577	-0.1825	-0.2875	0.435	-0.1347	0.028	0.5138	0.0346	0.5501	37.9014	3.8756	9.5624
5	8.573	-0.9465	2.9828	6.4432	2.4268	7.843	0.1544	0.2524	0.482	-0.452	0.201	-0.986	-0.857	0.6289	-0.3269	0.4388	0.0288	0.1567	0.4528	0.0054	0.4536	54.8744	22.0824	44.8497
6	6.2654	1.4365	-0.4841	8.2477	-0.2635	4.1422	0.2031	-0.5834	-0.4085	1.0916	-0.1353	0.3504	-0.0759	-1.3217	-0.0368	0.4745	-0.0556	0.0121	0.7314	-0.0587	0.3201	44.4992	15.6694	61.6965
7	5.0121	-0.2953	-0.7897	4.8274	2.9375	4.9971	0.1364	0.2842	0.528	-0.5247	-0.1766	0.4168	-1.245	-1.0133	0.0176	0.6049	0.2618	-0.0808	0.6702	-0.0306	0.4736	38.5733	26.7631	47.3766
8	5.1641	3.9454	-4.6078	3.0443	-3.4781	4.1343	-0.0984	0.1664	-0.8112	-0.6641	-0.5297	-0.0365	0.3441	0.2036	0.5282	0.6567	0.2428	0.1002	0.5312	-0.0172	0.4898	46.7575	10.6179	40.4082
9	8.1196	-4.536	-0.6193	3.5896	2.4615	8.0553	-0.0316	-0.1922	0.7677	0.6923	-0.1819	0.0167	-0.7578	-0.5968	0.119	0.5241	0.0657	-0.0564	0.4365	-0.0175	0.3941	45.1064	25.5604	58.7128
10	3.8676	2.3223	1.6934	2.959	-0.7324	7.4628	0.3846	-0.9621	0.3042	1.672	0.2097	-0.205	0.1403	-0.0337	-0.4778	0.5265	0.03	-0.0594	0.6773	-0.1117	0.6273	55.2659	24.7432	62.7919
11	9.5371	-5.7101	3.9145	4.1077	-1.0637	9.0101	0.002	-0.5052	-0.0865	0.5219	0.3936	-0.5478	-0.6031	0.3883	-0.3503	0.3839	-0.0803	-0.0738	0.5043	-0.03	0.4467	56.6024	17.7255	53.7477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:136)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 137:159)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 160:207)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 208:223)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 1:45)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 46:69)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 70:136)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 137:159)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 160:189)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 190:207)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 208:223)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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