PDB-4dky: Crystal structure Analysis of N terminal region containing the di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dky

タイトル

Crystal structure Analysis of N terminal region containing the dimerization domain and DNA binding domain of HU protein(Histone like protein-DNA binding) from Mycobacterium tuberculosis [H37Ra]

要素

DNA-binding protein HU homolog

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Nucleoid Associated protein / Nucleoid architecture / Histone-like / HU / HU-IHF fold / genome compaction / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

biofilm matrix assembly / : / cellular response to iron ion starvation / DNA protection / nucleoid / chromosome condensation / supercoiled DNA binding / DNA-binding transcription activator activity / ferroxidase / ferroxidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.478 Å

データ登録者

Bhowmick, T. / Ramagopal, U.A. / Ghosh, S. / Nagaraja, V. / Ramakumar, S.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Targeting Mycobacterium tuberculosis nucleoid-associated protein HU with structure-based inhibitors
著者: Bhowmick, T. / Ghosh, S. / Dixit, K. / Ganesan, V. / Ramagopal, U.A. / Dey, D. / Sarma, S.P. / Ramakumar, S. / Nagaraja, V.

履歴

登録	2012年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity_name_com ...database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_related / struct / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_related.details / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	4dky.cif.gz	92 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dky.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dky_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dky_full_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示
XML形式データ	4dky_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	4dky_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dky	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pt4C 3c4i PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pt4-d 3r2b-7 2jbp-4 3r2b-5 5mey-d 3gok-17 3zgo-2 4uuu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding protein HU homolog

B: DNA-binding protein HU homolog

ヘテロ分子

23.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-binding protein HU homolog

ヘテロ分子

A: DNA-binding protein HU homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: DNA-binding protein HU homolog

ヘテロ分子

B: DNA-binding protein HU homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.115, 37.052, 64.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.29, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	DNA-binding protein HU homolog 分子量: 11598.211 Da / 分子数: 2 断片: N-terminal Bacterial histone-like domain, UNP residues 1-100 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌) 遺伝子: hupB / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: A5U6Z7, UniProt: P9WMK7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 6.7, 2.5M sodium formate, 10mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (Cryogenically cooled)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.593
1	1	-H, -K, H+L	2	0.407

反射

解像度: 2.478→50 Å / Num. all: 8601 / Num. obs: 8546 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.478-2.542	3.6	0.575	1	99
2.542-2.59	3.7	0.636	1	99.8
2.59-2.64	3.6	0.492	1	100
2.64-2.69	3.8	0.466	1	99.8
2.69-2.75	3.8	0.406	1	100
2.75-2.82	3.8	0.373	1	100
2.82-2.89	3.9	0.236	1	100
2.89-2.96	3.8	0.283	1	100
2.96-3.05	3.8	0.186	1	100
3.05-3.15	3.9	0.186	1	100
3.15-3.26	3.8	0.136	1	100
3.26-3.39	3.9	0.14	1	100
3.39-3.55	3.8	0.102	1	100
3.55-3.73	3.8	0.081	1	100
3.73-3.97	3.7	0.074	1	100
3.97-4.27	3.7	0.058	1	100
4.27-4.7	3.7	0.049	1	100
4.7-5.38	3.5	0.047	1	100
5.38-6.78	3.8	0.047	1	100
6.78-50	3.5	0.043	1	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	31.92 Å
Translation	4 Å	31.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C4I

3c4i
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.478→31.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.309 / SU ML: 0.177 / SU R Cruickshank DPI: 0.1989 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24786	336	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18314	-	-	-
obs	0.18596	6667	80.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-24.93 Å²	0 Å²	-3.36 Å²
2-	-	-9.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	34.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.478→31.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1506	0	2	42	1550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.019	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.39	1.948	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.844	3	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.227	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.065	21.642	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.732	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.191	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.478→2.542 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	18	-
R_work	0.228	214	-
obs	-	-	38.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2215	-1.9222	1.8877	2.2639	-2.6349	3.2745	-0.1616	0.1478	0.2105	-0.0152	0.0327	-0.1576	0.1143	-0.1359	0.1289	0.2149	-0.0426	0.1638	0.1649	0.0096	0.2361	-7.7387	-31.0439	-5.3211
2	1.5792	1.1631	2.4023	4.4186	4.7041	6.0777	0.0415	-0.1945	-0.2864	0.5563	0.2129	-0.0143	0.4653	-0.0119	-0.2544	0.2605	-0.0339	0.1273	0.1732	0.0079	0.1912	-1.0637	-25.7445	8.1226
3	5.5138	-0.4037	1.6404	2.9677	-0.5169	0.5501	0.1279	-0.0958	-0.0984	0.2136	-0.1094	-0.4129	-0.0102	-0.0509	-0.0185	0.1924	0.0054	0.1528	0.2166	0.0679	0.2747	6.1285	-13.7737	4.3846
4	22.1432	-7.1903	5.4691	6.6963	-0.0379	2.0502	-0.6065	-0.291	1.1725	0.4167	0.1093	-0.037	-0.0491	-0.0957	0.4972	0.1683	0.0033	0.1288	0.1754	-0.0279	0.2612	-9.2122	4.6653	13.7469
5	0.6101	0.6336	-1.7549	1.2591	0.6581	15.4484	-0.0416	-0.0342	0.0111	-0.1653	0.0514	0.0227	-0.4196	0.2716	-0.0097	0.2099	0.0321	0.1384	0.1911	0.0113	0.1247	4.2447	-11.7673	-3.0169
6	14.6097	-17.7185	-25.7763	21.5462	31.3137	45.5259	0.0904	1.1552	-1.1206	-0.2283	-1.7494	1.2792	-0.4272	-2.1323	1.659	0.9867	-0.2501	-0.0656	0.315	0.0458	0.3354	5.9849	-18.4504	-18.6728
7	2.0499	0.9966	-0.7703	6.8212	-2.2872	0.8678	-0.0103	-0.1995	0.024	-0.1194	-0.0513	-0.2703	0.0274	0.0497	0.0616	0.1855	0.031	0.1142	0.1568	0.0271	0.157	-20.231	-6.1183	-5.618
8	2.9326	3.3924	-1.2187	8.4206	-3.2088	2.5444	0.3112	-0.3113	0.0656	0.7389	-0.2781	-0.1851	-0.386	0.0902	-0.0331	0.2441	0.0029	0.1258	0.1507	-0.0317	0.1442	-25.7971	-10.2552	7.3279
9	2.0701	-2.2977	1.6446	11.1903	-5.3304	3.1735	0.1613	0.0609	-0.1806	-0.2084	0.0031	0.3476	0.159	0.0766	-0.1644	0.1656	0.0583	0.104	0.1719	-0.0139	0.141	-33.6408	-22.9006	4.2965
10	1.8082	-0.7433	-1.2493	11.1063	0.7293	0.8693	-1.0009	-0.3548	0.1645	0.1237	1.0888	-0.3649	0.7027	0.2489	-0.0879	0.6278	0.1411	0.0338	0.3282	-0.1381	0.2945	-18.0105	-41.7328	13.4924
11	0.0417	-0.1094	-0.0838	1.1775	1.0767	0.9931	-0.0161	-0.0643	-0.0459	-0.224	-0.0646	0.0973	-0.2293	-0.1049	0.0807	0.236	0.0344	0.1445	0.2251	-0.0028	0.1702	-31.5757	-25.6393	-2.2711
12	28.2178	4.601	-0.5199	3.5348	5.6787	11.9398	-1.016	-0.1133	-0.3925	-0.8019	-0.2574	0.5777	-1.3342	-0.3825	1.2734	0.4832	0.0818	0.008	0.0168	-0.0243	0.2216	-30.9366	-19.4688	-20.6017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	55 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	74 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	91 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	18 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	41 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	55 - 72
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	73 - 91
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	92 - 104

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