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- PDB-4dkj: CpG specific methyltransferase in complex with target DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dkj
タイトルCpG specific methyltransferase in complex with target DNA
要素
  • Cytosine-specific methyltransferase
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*(C37)P*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*CP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / CG-SPECIFICITY / DNA INTERCALATION / CPG SEQUENCE / CYTOSINE C5-METHYLATION / C5-METHYLCYTOSINE (5-メチルシトシン) / NUCLEOTIDE FLIPPING / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / C-5 cytosine-specific DNA methylases / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity (DNAメチルトランスフェラーゼ) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / DNA (cytosine-5-)-methylation / intracellular / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system
類似検索 - 分子機能
DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex ...DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Cytosine-specific methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma penetrans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: CpG underrepresentation and the bacterial CpG-specific DNA methyltransferase M.MpeI.
著者: Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32013年1月16日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosine-specific methyltransferase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*(C37)P*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*CP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3805
ポリマ－55,9043
非ポリマー4772
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.950, 83.950, 173.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-785-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAIN A, AND DNA STRANDS B AND C. THE TRIMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE MONOMERIC METHYLTRANSFERASE WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosine-specific methyltransferase


分子量: 47310.082 Da / 分子数: 1 / 変異: S295P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma penetrans (バクテリア)
株: HF-2 / 遺伝子: MYPE4940 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q8EVR5, DNAメチルトランスフェラーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*(C37)P*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')


分子量: 4267.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*CP*AP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 4325.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 269分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THESE ARE NATURAL STRAIN VARIATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 3350, 150 mM NaCl, 50 mM sodium. For cryoprotection glycerol was added to 25% v/v, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日 / 詳細: BENT MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 34324 / Num. obs: 34324 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4957 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CHAINSAWモデル構築
REFMAC精密化
ARP/wARPモデル構築
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CHAINSAW位相決定
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2C7P

2c7p


解像度: 2.15→38.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: (1) THE CRYSTAL WAS GROWN IN THE PRESENCE OF A SAMPLE THAT WAS LABELLED AS S-ADENOSYL-METHIONINE (SAM), BUT APPEARS TO HAVE BEEN DEGRADED TO S-ADENOSYL-HOMOCYSTEINE (SAH) EITHER PRIOR TO OR ...詳細: (1) THE CRYSTAL WAS GROWN IN THE PRESENCE OF A SAMPLE THAT WAS LABELLED AS S-ADENOSYL-METHIONINE (SAM), BUT APPEARS TO HAVE BEEN DEGRADED TO S-ADENOSYL-HOMOCYSTEINE (SAH) EITHER PRIOR TO OR DURING CRYSTALLIZATION. PROGRAM CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO SUGAR PUCKER CONSTRAINTS HAVE BEEN APPLIED. (2) THE MODELLED S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (SAH) IS UNCERTAIN. ITS BINDING SITE MIGHT BE OCCUPIED IN PART BY S-ADENOSYLMETHIONINE (SAM) OR THE SAM DEGRADATION PRODUCT 5 -METHYLTHIOADENOSINE (MTA) (FROM SCISSION OF SAM TO MTA AND HOMOSERINE LACTONE). THE DISTANCE BETWEEN CYS135 S AND C6 OF THE SUBSTRATE CYTOSINE BASE IS INTERMEDIATE BETWEEN A NON-COVALENT AND A COVALENT BOND. A DISTANCE BELOW THE VAN DER WAALS LIMIT SUGGESTS THAT SLIGHT DEVIATIONS FROM THE PLANARITY OF THE DNA BASE SHOULD OCCUR. AS THE RESOLUTION OF THE X-RAY DATA IS INSUFFICIENT TO DETECT SUCH DEVIATIONS, THEY WERE NOT MODELLED. (3) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21631 1729 5 %RANDOM
Rwork0.17632 ---
all0.17832 34274 --
obs0.17832 34274 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 570 32 267 4068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2532.1316064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.96637256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.165471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.25425.301183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.06315767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2091517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.22985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1080.21868
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0790.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.380.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0840.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 138 -
Rwork0.203 2348 -
obs-2486 99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32850.71390.08991.83040.2161.4460.1138-0.20950.15970.0245-0.09820.065-0.17030.1231-0.0156-0.0916-0.06680.0118-0.0382-0.023-0.085725.87530.82349.244
20.97240.6691-0.19992.20690.04680.7196-0.0188-0.0366-0.0063-0.1209-0.05620.12950.0652-0.07670.0749-0.0695-0.0421-0.0339-0.01850.0294-0.02612.6019.25640.543
31.3002-0.07890.43931.9057-0.02692.10450.1105-0.0305-0.0781-0.01290.0146-0.24260.13460.3025-0.1251-0.05030.01550.00140.00550.0614-0.022729.065.7643.562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 259
2X-RAY DIFFRACTION1A376 - 393
3X-RAY DIFFRACTION2A260 - 375
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 14
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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