PDB-4dk3: Structure of Editosome protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dk3

タイトル

Structure of Editosome protein

要素

RNA-editing complex protein MP81
single domain antibody VHH

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / KREPA1 / VHH / Single domain antibody / PROTEIN BINDING / RNA BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA nucleotide insertion / RNA nucleotide deletion / mitochondrial RNA modification / alpha-catenin binding / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Park, Y.-J. / Hol, W.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The structure of the C-terminal domain of the largest editosome interaction protein and its role in promoting RNA binding by RNA-editing ligase L2.
著者: Park, Y.J. / Budiarto, T. / Wu, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Hol, W.G.

履歴

登録	2012年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月22日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月18日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dk3.cif.gz	176.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dk3.ent.gz	141.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dk6C 4dkaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dk6-2 4dk6-1 4dka-1 6ogj-d 3kxr-d 3ulj-d 4mz3-d 6rpl-d 4dka-2 2g80-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: single domain antibody VHH

B: single domain antibody VHH

C: RNA-editing complex protein MP81

D: RNA-editing complex protein MP81

52.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: single domain antibody VHH

C: RNA-editing complex protein MP81

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: single domain antibody VHH

D: RNA-editing complex protein MP81

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.790, 105.310, 94.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: 抗体	single domain antibody VHH 分子量: 14769.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質	RNA-editing complex protein MP81 分子量: 11439.330 Da / 分子数: 2 / Mutation: deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q95W15
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.05 M ammonium sulfate, 0.05M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG 2000 MME, 5% v/v jeffamine M600, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: M0 mirror: toroidal SiC

放射

モノクロメーター: 6m spherical grating monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→94.03 Å / Num. obs: 12360 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.8	5.2	0.484	1	93.7
2.8-2.85	5.8	0.483	1	97.5
2.85-2.9	6.6	0.468	1	99.3
2.9-2.96	7	0.411	1	100
2.96-3.03	7.3	0.328	1	100
3.03-3.1	7.3	0.259	1	100
3.1-3.17	7.4	0.25	1	100
3.17-3.26	7.3	0.214	1	100
3.26-3.36	7.3	0.169	1	100
3.36-3.46	7.3	0.15	1	100
3.46-3.59	7.4	0.13	1	100
3.59-3.73	7.3	0.113	1	100
3.73-3.9	7.4	0.105	1	100
3.9-4.11	7.2	0.089	1	100
4.11-4.36	7.2	0.082	1	100
4.36-4.7	7.2	0.083	1	100
4.7-5.17	7.1	0.083	1	100
5.17-5.92	7	0.082	1	100
5.92-7.46	6.8	0.066	1	100
7.46-50	6.4	0.056	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 42.65 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.76 Å	45.94 Å
Translation	2.76 Å	45.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.76→94.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 38.423 / SU ML: 0.334 / SU R Cruickshank DPI: 0.7969 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.805 / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2674	601	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22428	-	-	-
obs	0.2264	11720	98.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.269 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→94.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3238	0	0	0	3238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.917	1.943	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.94	5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.799	23.243	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.732	15	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.777	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.76→2.833 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.498	35	-
R_work	0.337	652	-
obs	-	-	78.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3973	0.1005	-1.4172	3.9658	-1.5281	6.138	-0.0232	-0.0775	0.4535	0.1656	0.1096	0.1674	-0.3202	-0.2404	-0.0864	0.1202	0.0452	0.0041	0.0263	-0.0097	0.0518	-12.9616	10.7283	-42.8275
2	5.1255	0.5461	-4.2688	3.2355	-2.0462	7.8866	-0.0317	0.09	0.4385	0.0673	0.2461	0.2785	-0.2068	-0.4256	-0.2144	0.2033	0.1285	0.0014	0.099	0.0159	0.0777	-14.6047	13.9187	-43.7487
3	7.6127	1.0915	0.0376	4.4174	-1.2345	7.3819	0.1592	-0.122	-0.3724	-0.2102	0.0232	-0.4854	0.1452	0.3414	-0.1824	0.135	-0.0087	0.0373	0.3254	-0.0979	0.2455	-12.6611	15.8237	1.8137
4	6.8603	3.382	-2.9077	4.6282	-3.2598	9.1826	0.2096	-0.0384	0.1594	-0.5141	0.4122	-0.1373	0.0463	0.2545	-0.6219	0.1848	-0.0136	0.0284	0.4524	-0.0364	0.3123	-15.4422	18.9287	0.4907
5	13.2088	1.5808	-4.0507	6.2523	-2.6914	8.6349	-0.0687	0.1265	0.1679	0.0954	0.2553	0.7928	-0.506	-1.0602	-0.1866	0.2628	0.2531	0.2065	0.3021	0.2137	0.3906	-33.4979	10.0576	-28.3106
6	7.0793	-5.5719	1.4761	12.0032	1.279	4.2919	0.1283	0.2062	-0.5199	-0.3595	0.1084	0.6991	-0.0864	-0.0967	-0.2367	0.3486	0.1483	0.2955	0.5537	0.2976	0.4526	-33.5645	4.571	-26.6515
7	5.4242	-2.0658	2.4022	6.5559	-2.9526	6.5393	0.1928	0.0838	-0.0225	0.4061	0.6248	0.7708	-0.2291	-1.0003	-0.8176	0.1621	0.0868	0.1682	0.574	0.4103	0.6185	-34.9051	-9.4722	-11.5887
8	4.4189	1.1391	-4.0232	8.255	-3.5064	7.8172	0.343	-0.2188	0.3625	0.4414	0.4839	0.7511	-0.8466	-0.5879	-0.8269	0.3399	0.2401	0.0789	0.6228	0.3542	0.463	-33.2556	-3.0086	-14.5488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	79 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	82 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	627 - 716
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	717 - 761
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	627 - 719
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	720 - 762

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関連情報:EMDBヘッダ

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