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万見
- PDB-4diq: Crystal Structure of human NO66 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4diq
タイトルCrystal Structure of human NO66
要素Lysine-specific demethylase NO66
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / histone demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / protein demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation ...protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / protein demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation / negative regulation of osteoblast differentiation / regulation of DNA repair / iron ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal oxygenase 1, C-terminal winged helix domain / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin ...: / Ribosomal oxygenase 1, C-terminal winged helix domain / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / Ribosomal oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Vollmar, M. / Krojer, T. / Ng, S. / Pilka, E. / Bray, J. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, E. ...Vollmar, M. / Krojer, T. / Ng, S. / Pilka, E. / Bray, J. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, E. / Bountra, C. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of human NO66
著者: Vollmar, M. / Krojer, T. / Stan, N.G. / Pilka, E. / Phillips, C. / Burgess-Brown, N. / Bray, J. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. ...著者: Vollmar, M. / Krojer, T. / Stan, N.G. / Pilka, E. / Phillips, C. / Burgess-Brown, N. / Bray, J. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Oppermann, U.
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase NO66
B: Lysine-specific demethylase NO66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8937
ポリマ－111,3462
非ポリマー5485
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area38670 Å2
手法PISA
2
A: Lysine-specific demethylase NO66
B: Lysine-specific demethylase NO66
ヘテロ分子

A: Lysine-specific demethylase NO66
B: Lysine-specific demethylase NO66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,78714
ポリマ－222,6914
非ポリマー1,09510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area20280 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area72770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.674, 149.550, 105.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase NO66 / Nucleolar protein 66 / hsNO66


分子量: 55672.785 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 161-641 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NO66, C14orf169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H6W3, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-PD2 / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / 2,4-ピリジンジカルボン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M (NH4)2SO4, 0.05M BIS-TRIS pH 6.5, 30% pentaerythritol ethoxylate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 49295 / Num. obs: 49295 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4801 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
notapplicableデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 15.08 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23045 1986 4 %RANDOM
Rwork0.18497 ---
all0.18702 47243 --
obs0.18702 47243 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å20 Å2
2---2.49 Å20 Å2
3---3.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7228 0 31 120 7379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.9710197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.157312302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.14422.778360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.052151167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8671572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 77 -
Rwork0.315 3208 -
obs--97.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7155-0.23890.27920.4151-0.44870.668-0.10930.0548-0.03810.14660.0383-0.0941-0.12010.05530.0710.2609-0.032-0.10460.1716-0.05340.1278-27.1936-53.4014-5.8933
20.0463-0.04740.05660.16680.07310.28030.0198-0.02410.00480.00950.05170.0048-0.024-0.0038-0.07140.20480.00950.01980.1955-0.01260.208-47.3152-47.1981-33.0685
31.76163.01490.43745.52531.67182.47280.2562-0.38450.07380.3589-0.50580.18920.01440.29280.24960.37530.0180.1610.21070.10120.1405-59.9695-73.55726.6525
40.37890.62010.21081.10090.31570.3730.0518-0.00920.02670.01050.11410.1238-0.0937-0.1236-0.1660.17450.02940.04060.2560.14660.2006-64.1969-63.2356-8.0664
50.4650.2092-0.2350.78640.34230.4157-0.0731-0.0554-0.0157-0.1516-0.02450.1926-0.04080.03790.09760.10690.0161-0.06390.16160.00370.3062-62.2662-65.3541-65.3305
60.034-0.06780.14870.2495-0.4071.3797-0.01110.0234-0.03170.07360.09720.0122-0.25-0.06-0.0860.22960.0232-0.00070.2143-0.04190.1586-48.8181-43.7571-30.0164
70.9098-0.531-0.49020.4664-0.0120.87260.0556-0.05760.0399-0.1046-0.03040.02270.15630.1149-0.02530.2086-0.04130.03260.2143-0.05480.2027-29.166-59.9417-71.7381
81.1771.1693-0.28211.268-0.12820.3884-0.0045-0.0502-0.191-0.0336-0.0021-0.1636-0.10540.01140.00660.1607-0.02560.00560.1809-0.01940.2443-27.418-50.7951-63.3269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A181 - 360
2X-RAY DIFFRACTION2A361 - 465
3X-RAY DIFFRACTION3A466 - 489
4X-RAY DIFFRACTION4A490 - 591
5X-RAY DIFFRACTION5B181 - 374
6X-RAY DIFFRACTION6B375 - 451
7X-RAY DIFFRACTION7B452 - 492
8X-RAY DIFFRACTION8B493 - 589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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