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万見
- PDB-4dib: The crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dib
タイトルThe crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bacillus anthracis str. Sterne
要素Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NIAID / structural genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Rossmann fold / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / protease binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
E: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
F: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
G: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
H: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,30615
ポリマ－302,6348
非ポリマー6727
水4,648258
1
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
E: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
F: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,7018
ポリマ－151,3174
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11620 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area45690 Å2
手法PISA
2
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
G: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
H: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6057
ポリマ－151,3174
非ポリマー2883
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11470 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area45570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.347, 102.044, 102.144
Angle α, β, γ (deg.)90.32, 73.99, 68.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase / GAPDH


分子量: 37829.246 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: gap1, BA_4827, BAS4478, GBAA_4827 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q81L07, UniProt: A0A348AAL1*PLUS, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 25.5% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40 Å / Num. all: 90350 / Num. obs: 87718 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CMC

3cmc


解像度: 2.55→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 12 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2696 3500 5 %RANDOM
Rwork0.20796 ---
obs0.213 66018 76.81 %-
all-69520 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å2-0.28 Å20.29 Å2
2---0.5 Å2-0.2 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19171 0 35 258 19464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01919467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.95426494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.613330616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70152530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.38124.586761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.994153217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.16415102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 79 -
Rwork0.255 1550 -
obs--24.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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