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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dh2
タイトルCrystal structure of Coh-OlpC(Cthe_0452)-Doc435(Cthe_0435) complex: A novel type I Cohesin-Dockerin complex from Clostridium thermocellum ATTC 27405
要素
  • Cellulosome anchoring protein cohesin region
  • Dockerin type 1
キーワードCELL ADHESION/PROTEIN BINDING / cellulosome / cohesin / dockerin / type I cohesin-dockerin / protein-protein interaction / cell adhesion / CELL ADHESION-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase-like, N-terminal / Copper amine oxidase-like, N-terminal domain superfamily / Copper amine oxidase N-terminal domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. ...Copper amine oxidase-like, N-terminal / Copper amine oxidase-like, N-terminal domain superfamily / Copper amine oxidase N-terminal domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Dockerin type 1 / Cellulosome anchoring protein cohesin region
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Najmudin, S.H. / Bras, J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Novel Clostridium thermocellum Type I Cohesin-Dockerin Complexes Reveal a Single Binding Mode.
著者: Bras, J.L. / Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Najmudin, S. / Prates, J.A. / Ferreira, L.M. / Bolam, D.N. / Romao, M.J. / Gilbert, H.J. / Fontes, C.M.
履歴
登録2012年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosome anchoring protein cohesin region
B: Dockerin type 1
C: Cellulosome anchoring protein cohesin region
D: Dockerin type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,11817
ポリマ－57,0934
非ポリマー1,02513
水8,305461
1
A: Cellulosome anchoring protein cohesin region
B: Dockerin type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1079
ポリマ－28,5462
非ポリマー5607
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
2
C: Cellulosome anchoring protein cohesin region
D: Dockerin type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0118
ポリマ－28,5462
非ポリマー4646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.760, 90.760, 135.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cellulosome anchoring protein cohesin region


分子量: 19063.643 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 99-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0452 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner cells / 参照: UniProt: A3DCL1
#2: タンパク質 Dockerin type 1


分子量: 9482.773 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 32-112 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0435 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner cells / 参照: UniProt: A3DCJ4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.6
詳細: 2 M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.745→78.6 Å / Num. obs: 66027 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.9 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.887 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 65309
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.86-10044.70.342503
6.47-8.8652.20.724829
5.35-6.4752.10.7661045
4.66-5.3547.20.8031211
4.18-4.6642.50.8511353
3.83-4.1843.50.8351499
3.55-3.8346.70.8271618
3.32-3.55470.8041711
3.14-3.3246.10.8191814
2.98-3.1448.20.8131942
2.84-2.9849.50.8092010
2.72-2.8451.10.8112125
2.62-2.7250.90.8272196
2.52-2.6248.50.8472272
2.44-2.5249.90.8342365
2.36-2.4448.60.8622428
2.29-2.3647.20.862519
2.23-2.2947.50.8682559
2.17-2.23460.8842641
2.11-2.1745.60.8912694
2.06-2.1146.90.8932810
2.02-2.0646.40.8922829
1.97-2.0244.90.8952921
1.93-1.9747.30.9032971
1.89-1.9349.90.8973004
1.86-1.8949.40.8923108
1.82-1.8650.70.8863153
1.79-1.8251.50.8883179
1.75-1.7954.40.8624000

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
直接法6位相決定
PHENIX1.7.2_865精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CCL

2ccl


解像度: 1.75→39.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 3344 5.07 %
Rwork0.181 --
obs0.183 65956 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.56 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5604 Å20 Å2-0 Å2
2--1.5604 Å20 Å2
3----3.1207 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3623 0 49 461 4133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2965281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6171409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.745-1.770.31941250.29242570X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.79640.28421510.27082533X-RAY DIFFRACTION100
1.7964-1.82440.28611430.25652605X-RAY DIFFRACTION100
1.8244-1.85440.29061460.24772565X-RAY DIFFRACTION100
1.8544-1.88630.28531390.23832582X-RAY DIFFRACTION100
1.8863-1.92060.28561410.22372578X-RAY DIFFRACTION100
1.9206-1.95760.23551560.20582558X-RAY DIFFRACTION100
1.9576-1.99750.19471370.1842575X-RAY DIFFRACTION100
1.9975-2.0410.22341320.18142605X-RAY DIFFRACTION100
2.041-2.08840.23571350.17022575X-RAY DIFFRACTION100
2.0884-2.14070.1981460.16642605X-RAY DIFFRACTION100
2.1407-2.19850.22081340.16652594X-RAY DIFFRACTION100
2.1985-2.26320.20971260.1692609X-RAY DIFFRACTION100
2.2632-2.33630.2421390.16362606X-RAY DIFFRACTION100
2.3363-2.41980.25361300.1822582X-RAY DIFFRACTION100
2.4198-2.51660.22061390.17362627X-RAY DIFFRACTION100
2.5166-2.63110.19981250.16912612X-RAY DIFFRACTION100
2.6311-2.76980.22941480.17982607X-RAY DIFFRACTION100
2.7698-2.94330.24541610.19242593X-RAY DIFFRACTION100
2.9433-3.17050.20761390.19632635X-RAY DIFFRACTION100
3.1705-3.48930.19761470.18442648X-RAY DIFFRACTION100
3.4893-3.99380.19411470.15682642X-RAY DIFFRACTION100
3.9938-5.03020.15411450.13152685X-RAY DIFFRACTION100
5.0302-39.31010.22531130.212821X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.4374 Å / Origin y: 9.5578 Å / Origin z: -9.7545 Å
111213212223313233
T0.1059 Å2-0.051 Å2-0.0139 Å2-0.1919 Å2-0.0282 Å2--0.1677 Å2
L0.0167 °2-0.0464 °20.0078 °2-0.2502 °20.0437 °2--0.5892 °2
S0.0037 Å °0.0219 Å °0.0441 Å °0.0119 Å °0.0252 Å °-0.0649 Å °-0.0385 Å °0.089 Å °0.0229 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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