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- PDB-4dgc: TRIMCyp cyclophilin domain from Macaca mulatta: cyclosporin A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dgc
タイトルTRIMCyp cyclophilin domain from Macaca mulatta: cyclosporin A complex
要素
  • TRIMCyp
  • cyclosporin A
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / anti-viral protein / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / negative regulation of protein phosphorylation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / neutrophil chemotaxis / positive regulation of protein secretion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / platelet activation / autophagy / platelet aggregation / integrin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein folding / cellular response to oxidative stress / defense response to virus / protein ubiquitination / positive regulation of MAPK cascade / innate immune response / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / B-box zinc finger / Cyclophilin-like / Cyclophilin / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site ...Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / B-box zinc finger / Cyclophilin-like / Cyclophilin / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Tolypocladium inflatum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Caines, M.E.C. / Bichel, K. / Price, A.J. / McEwan, W.A. / James, L.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Diverse HIV viruses are targeted by a conformationally dynamic antiviral.
著者: Caines, M.E. / Bichel, K. / Price, A.J. / McEwan, W.A. / Towers, G.J. / Willett, B.J. / Freund, S.M. / James, L.C.
履歴
登録2012年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRIMCyp
B: TRIMCyp
C: TRIMCyp
D: TRIMCyp
E: TRIMCyp
F: cyclosporin A
G: cyclosporin A
H: cyclosporin A
I: cyclosporin A
J: cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,18510
ポリマ－96,18510
非ポリマー00
水4,900272
1
A: TRIMCyp
F: cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2372
ポリマ－19,2372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
2
B: TRIMCyp
G: cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2372
ポリマ－19,2372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
3
C: TRIMCyp
H: cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2372
ポリマ－19,2372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
4
D: TRIMCyp
I: cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2372
ポリマ－19,2372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
5
E: TRIMCyp
J: cyclosporin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2372
ポリマ－19,2372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.470, 108.470, 423.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPHEPHEAA2 - 672 - 67
21VALVALPHEPHEBB2 - 672 - 67
31VALVALPHEPHECC2 - 672 - 67
41VALVALPHEPHEDD2 - 672 - 67
51VALVALPHEPHEEE2 - 672 - 67
12SERSERLEULEUAA77 - 16477 - 164
22SERSERLEULEUBB77 - 16477 - 164
32SERSERLEULEUCC77 - 16477 - 164
42SERSERLEULEUDD77 - 16477 - 164
52SERSERLEULEUEE77 - 16477 - 164

-
要素

#1: タンパク質
TRIMCyp / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 18016.473 Da / 分子数: 5 / 断片: cyclophilin domain (UNP residues 304-468) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TRIMCyp / プラスミド: pOPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: B0LJC8, UniProt: P62940*PLUS, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド
cyclosporin A


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) Tolypocladium inflatum (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, Cyclosporin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) ...CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: CYCLOSPORIN A CHAIN: F, G, H, I, J COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 11 DESCRIPTION: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.05 M ammonium sulfate, 10 MM magnesium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→93.938 Å / Num. all: 41285 / Num. obs: 41285 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 58.64 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.65-2.793.20.2223.31952661050.22298.2
2.79-2.963.60.164.52104657940.1698.4
2.96-3.173.60.1175.91979854500.11798.1
3.17-3.423.70.0838.21851550510.08397
3.42-3.753.70.06410.21687646140.06495.9
3.75-4.193.70.05412.21518341290.05494.4
4.19-4.843.70.05411.51323136050.05492.5
4.84-5.933.70.0757.71106429910.07589.4
5.93-8.383.40.05410.3772522450.05483.8
8.38-78.183.80.04114.4492113010.04179.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PXSOFTデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WLW

2wlw


解像度: 2.65→93.938 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.1836 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8853 / SU B: 12.683 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.3815 / SU Rfree: 0.2488 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 2086 5.1 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
obs0.1835 41077 93.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.4 Å2 / Biso mean: 43.0877 Å2 / Biso min: 12.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.1 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→93.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6532 0 0 272 6804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9758963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872311132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0655815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36624.373279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0181525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021364
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2032 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.240.5
BMEDIUM POSITIONAL0.220.5
CMEDIUM POSITIONAL0.280.5
DMEDIUM POSITIONAL0.220.5
EMEDIUM POSITIONAL0.250.5
AMEDIUM THERMAL2.222
BMEDIUM THERMAL1.772
CMEDIUM THERMAL1.122
DMEDIUM THERMAL1.62
EMEDIUM THERMAL1.62
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 149 -
Rwork0.308 2634 -
all-2783 -
obs--95.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1238-0.08150.68412.90811.1092.62240.11280.0588-0.21530.0255-0.09160.14910.054-0.1706-0.02120.0305-0.00160.00020.1875-0.06410.040541.6458-39.126218.0266
23.201-0.0120.72532.08221.34582.90970.0459-0.03530.0944-0.01860.1204-0.1468-0.02690.1651-0.16630.06250.0125-0.04930.3001-0.09560.080222.4251-50.7583-7.4794
33.39790.14050.26863.98460.39712.57220.030.03210.43530.0004-0.02610.43-0.5548-0.3187-0.00380.3110.09510.04830.13160.00140.183238.1511-4.931131.7791
43.14410.27270.43233.97221.08672.0760.0006-0.0791-0.0550.04850.2422-0.74270.01980.6865-0.24280.11520.0604-0.06580.7046-0.2260.4027-8.8774-37.962439.8269
53.02050.2863-0.56453.88370.72282.90090.15670.06130.2988-0.410.1602-0.7422-0.27980.7328-0.31690.3162-0.23010.25940.5411-0.18840.4219-13.4907-12.407715.6746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 164

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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