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万見
- PDB-4dg5: Crystal structure of staphylococcal Phosphoglycerate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dg5
タイトルCrystal structure of staphylococcal Phosphoglycerate kinase
要素Phosphoglycerate kinase
キーワードTRANSFERASE / Bi-lobal protein / ATP Synthesis / phosphorylation / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoglycerate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roychowdhury, A. / Mukherjee, S. / Dutta, D. / Das, A.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure based functional analysis of Staphylococcal Phosphoglycerate kinase
著者: Roychowdhury, A. / Mukherjee, S. / Dutta, D. / Das, A.K.
履歴
登録2012年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglycerate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4991
ポリマ－43,4991
非ポリマー00
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.137, 74.748, 58.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate kinase


分子量: 43499.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: pgk, SAR0829 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q6GIL7, phosphoglycerate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.15M Calcium chloride dihydrate, 0.1M HEPES-Na, 20% (w/v)Polyethylene glycol 2000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月8日 / 詳細: Varimax mirror
放射モノクロメーター: Varimax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→58.373 Å / Num. all: 16871 / Num. obs: 16871 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.423.60.2750.2353.2855524010.1430.2750.2355.295.9
2.42-2.573.70.2530.2163.4844323030.130.2530.2165.996.6
2.57-2.753.70.1950.1684.4806721590.10.1950.1687.497.3
2.75-2.973.80.1490.1285.7771420420.0760.1490.1289.597.8
2.97-3.253.80.1070.0927.9717918870.0540.1070.09212.697.8
3.25-3.643.80.0860.0749.6653117130.0440.0860.07416.298.9
3.64-4.23.80.0730.06311.4578215220.0370.0730.0632098.7
4.2-5.143.80.0670.05812.1489812920.0340.0670.05821.699.1
5.14-7.273.80.0780.06710.2381810110.040.0780.06717.499.7
7.27-19.4583.70.0540.04613.519765410.0280.0540.04624.994.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å19.46 Å
Translation4 Å19.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PHP

1php


解像度: 2.3→58.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.015 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2636 850 5 %RANDOM
Rwork0.1724 ---
obs0.1769 16852 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 15.703 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å2-0.42 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→58.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2985 0 0 260 3245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9774117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.145400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.58826.504123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.14115562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.866156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7591.51957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41623150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51531090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1794.5964
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 52 -
Rwork0.169 1149 -
all-1201 -
obs--94.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.9813 Å / Origin y: 8.927 Å / Origin z: -23.8766 Å
111213212223313233
T0.0141 Å20.0049 Å20.0159 Å2-0.0039 Å20.0086 Å2--0.0273 Å2
L0.6187 °20.184 °20.4823 °2-0.3317 °20.2049 °2--0.8203 °2
S0.0009 Å °-0.0326 Å °-0.0435 Å °0.0359 Å °0.0096 Å °0.0247 Å °-0.0096 Å °-0.0258 Å °-0.0106 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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