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万見
- PDB-4dey: Crystal structure of the Voltage Dependent Calcium Channel beta-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dey
タイトルCrystal structure of the Voltage Dependent Calcium Channel beta-2 Subunit in Complex With The CaV1.2 I-II Linker.
要素
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MAGUK / Voltage Dependent Calcium Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of membrane repolarization during action potential / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / high voltage-gated calcium channel activity / photoreceptor ribbon synapse / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of membrane repolarization during action potential / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / high voltage-gated calcium channel activity / photoreceptor ribbon synapse / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of calcium ion transport / calcium ion import / calcium ion transport into cytosol / voltage-gated calcium channel complex / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated calcium channel activity / visual perception / T-tubule / sarcolemma / postsynaptic density membrane / calcium ion transmembrane transport / actin filament binding / presynapse / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / perikaryon / chemical synaptic transmission / calmodulin binding / postsynaptic density / dendrite / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Voltage-dependent channel domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Almagor, L. / Hirsch, J.A.
引用ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2012
タイトル: The role of a voltage-dependent Ca2+ channel intracellular linker: a structure-function analysis.
著者: Almagor, L. / Chomsky-Hecht, O. / Ben-Mocha, A. / Hendin-Barak, D. / Dascal, N. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2012年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,94419
ポリマ－50,5852
非ポリマー1,35817
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.257, 70.512, 134.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Smooth muscle calcium ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Smooth muscle calcium channel blocker receptor / CACB-receptor / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.2


分子量: 12304.416 Da / 分子数: 1 / 断片: Intracellular I-II linker / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CACNA1C, CACH2, CACN2, CACNL1A1, CCHL1A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15381
#2: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / CAB2 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 2


分子量: 38280.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CACNB2, CACNLB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54288
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS FROM UNP P54288, ISOFORM 2A. RESIDUES 138-141 IN THE COORDINATES ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS FROM UNP P54288, ISOFORM 2A. RESIDUES 138-141 IN THE COORDINATES WERE INTRODUCED INTO THE PROTEIN. THEY REPLACE RESIDUES 138-202 FROM THE NATIVE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4950.67
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2921蒸気拡散法7.51.1-1.25 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris Soaked with KI before freezing , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
2922蒸気拡散法7.51.1-1.25 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris Soaked with KI before freezing, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
2923蒸気拡散法7.51.1-1.25 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris Soaked with NaBr before freezing, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
31003
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1411.24
回転陽極RIGAKU21.542
シンクロトロンESRF BM1430.918
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年4月1日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2006年3月25日
MARMOSAIC 225 mm CCD3CCD2006年4月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Copper AnodeSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.241
21.5421
30.9181
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 37774 / % possible obs: 91 %
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.380.2673.71,2,388.2
2.7-2.80.3343.31,2,399.2
1.95-2.020.3381.21,2,336.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
SHARP位相決定
REFMAC精密化
CNS精密化
DNAデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.398 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 1813 4.99 %Random
Rwork0.199 ---
obs0.2006 36351 96.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.146 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.5495 Å2-0 Å2
3----0.6305 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 17 158 2587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.061922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.00270.36551080.35921727X-RAY DIFFRACTION64
2.0027-2.06170.34341220.26792485X-RAY DIFFRACTION91
2.0617-2.12820.28731200.22612685X-RAY DIFFRACTION99
2.1282-2.20420.26091280.20342733X-RAY DIFFRACTION100
2.2042-2.29250.2241340.18792715X-RAY DIFFRACTION100
2.2925-2.39670.22061370.18922723X-RAY DIFFRACTION100
2.3967-2.5230.2281370.20162758X-RAY DIFFRACTION100
2.523-2.6810.24041500.21112722X-RAY DIFFRACTION100
2.681-2.88790.26031450.21212728X-RAY DIFFRACTION100
2.8879-3.17820.25121400.2192766X-RAY DIFFRACTION100
3.1782-3.63730.24011460.18992778X-RAY DIFFRACTION100
3.6373-4.57980.19071650.17232804X-RAY DIFFRACTION100
4.5798-29.40130.21821810.19972914X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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