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万見
- PDB-4den: Structural insightsinto potent, specific anti-HIV property of act... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4den
タイトルStructural insightsinto potent, specific anti-HIV property of actinohivin; Crystal structure of actinohivin in complex with alpha(1-2) mannobiose moiety of high-mannose type glycan of gp120
要素Actinohivin
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / anti-HIV lectin / molecular recognition / high-mannose type glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2alpha-alpha-mannobiose / : / Actinohivin
類似検索 - 構成要素
生物種Actinomycete (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Tsunoda, M. / Jiang, J. / Zhang, F. / Takahashi, A. / Naomi, O. / Zhang, X. / Sekiguchi, T. / Tanaka, H. ...Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Tsunoda, M. / Jiang, J. / Zhang, F. / Takahashi, A. / Naomi, O. / Zhang, X. / Sekiguchi, T. / Tanaka, H. / Omura, S. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the specific anti-HIV property of actinohivin: structure of its complex with the alpha(1–2)mannobiose moiety of gp120
著者: Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Tsunoda, M. / Jiang, J. / Zhang, F. / Takahashi, A. / Ohbayashi, N. / Zhang, X. / Tanaka, H. / Omura, S. / Takenaka, A.
履歴
登録2012年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actinohivin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6777
ポリマ－12,5321
非ポリマー1,1446
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.217, 56.217, 56.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

K

21A-205-

K

31A-307-

HOH

41A-315-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Actinohivin


分子量: 12532.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Actinomycete (バクテリア) / 株: K97-0003 / 参照: UniProt: Q9KWN0
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2alpha-alpha-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20% w/v PEG 1000, 0.2M NaCl, 0.1M Na/K phosphate buffer pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.75 Å / Num. obs: 8067 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 402 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A07

3a07


解像度: 1.6→39.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.914 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE CRYSTAL HABIT SHOWS THE SPACE GROUP TO BE P213 APPARENTLY AT THE HIGHEST CONFIDENCE. IN THE CRYSTAL STRUCTURE, HOWEVER, AUTHORS HAVE FOUND THAT THREE ACTINOHIVIN MOLECULES (IN COMPLEX ...詳細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
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20167 370 4.6 %RANDOM
Rwork0.14473 ---
obs0.14721 7647 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.958 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数875 0 72 69 1016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1972.0031332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7285111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19924.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24615121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.212156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1761.5547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8092870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9223423
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7794.5462
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 25 -
Rwork0.197 554 -
obs-554 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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