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- PDB-3a07: Crystal Structure of Actinohivin; Potent anti-HIV Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a07
タイトルCrystal Structure of Actinohivin; Potent anti-HIV Protein
要素Actinohivin
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / carbohydrate-binding module family 13 / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種actinomycete (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Tsunoda, M. / Suzuki, K. / Sagara, T. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Mechanism by which the lectin actinohivin blocks HIV infection of target cells
著者: Tanaka, H. / Chiba, H. / Inokoshi, J. / Kuno, A. / Sugai, T. / Takahashi, A. / Ito, Y. / Tsunoda, M. / Suzuki, K. / Takenaka, A. / Sekiguchi, T. / Umeyama, H. / Hirabayashi, J. / Omura, S.
履歴
登録2009年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actinohivin
B: Actinohivin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0708
ポリマ－25,9322
非ポリマー1386
水5,711317
1
A: Actinohivin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0354
ポリマ－12,9661
非ポリマー693
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Actinohivin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0354
ポリマ－12,9661
非ポリマー693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.346, 51.633, 175.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Actinohivin


分子量: 12965.951 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-160 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) actinomycete (バクテリア) / 株: K97-0003 / 参照: UniProt: Q9KWN0
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 % / Mosaicity: 0.273 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2-ethoxyehanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.07117 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 67499 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.806 / Net I/σ(I): 33.565
反射 シェル解像度: 1.19→1.23 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 5777 / Χ2: 0.376 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.19→27.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 0.952 / SU ML: 0.02 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 3404 5.1 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.15 67142 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.28 Å2 / Biso mean: 9.553 Å2 / Biso min: 3.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→27.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 6 317 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0211871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2231.9142555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8985232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.00924.423104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.81315251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.0211540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1921.51144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87621817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6013727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7134.5738
LS精密化 シェル解像度: 1.189→1.22 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 181 -
Rwork0.2 3955 -
all-4136 -
obs--81.74 %
精密化 TLS

T12: -0.0033 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91090.1367-0.26681.0244-0.02470.9661-0.05050.0494-0.0304-0.050.01430.01520.0184-0.00680.03630.00750.00240.0117-0.00450.00415.139726.096555.5505
20.65850.09350.0230.58640.08980.5240.004-0.0137-0.01820.0294-0.01590.009-0.0081-0.00670.01190.01350.0040.0039-0.00080.0022-0.849916.934176.6405
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2B43 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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