[日本語] English
万見
- PDB-4de4: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2")-Id... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4de4
タイトルCrystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2")-Id/APH(2")-IVa in complex with HEPES
要素APH(2")-Id
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / KINASE / AMINOGLYCOSIDES / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Minasov, G. / Tan, K. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Li, H. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A small molecule discrimination map of the antibiotic resistance kinome.
著者: Shakya, T. / Stogios, P.J. / Waglechner, N. / Evdokimova, E. / Ejim, L. / Blanchard, J.E. / McArthur, A.G. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年2月8日ID: 3R80
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: APH(2")-Id
B: APH(2")-Id
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0354
ポリマ－76,5582
非ポリマー4772
水4,864270
1
A: APH(2")-Id
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5172
ポリマ－38,2791
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: APH(2")-Id
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5172
ポリマ－38,2791
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.541, 101.214, 71.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 APH(2")-Id / APH(2")-IVa


分子量: 38279.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
遺伝子: aph(2")-Id / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M NASCN, 20% PEG3350, 2 MM GTP, 2.5 MM GENTAMICIN, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 39540 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 35.71
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→28.988 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 29.55 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2722 1999 5.17 %random
Rwork0.2217 ---
obs0.2243 38669 95.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.649 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9955 Å20 Å21.7516 Å2
2---4.2162 Å20 Å2
3---1.4913 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4924 0 30 270 5224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5996860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4481956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07150.36031900.3183478X-RAY DIFFRACTION92
2.0715-2.15440.33911950.29013584X-RAY DIFFRACTION94
2.1544-2.25240.29541980.26623615X-RAY DIFFRACTION95
2.2524-2.37110.30951990.26043653X-RAY DIFFRACTION96
2.3711-2.51960.28831980.24183635X-RAY DIFFRACTION96
2.5196-2.7140.2782020.2533703X-RAY DIFFRACTION97
2.714-2.98680.30372030.24423741X-RAY DIFFRACTION98
2.9868-3.41850.28152060.22323767X-RAY DIFFRACTION99
3.4185-4.30460.25412080.19083817X-RAY DIFFRACTION99
4.3046-28.99110.23382000.19243677X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81940.34740.74134.27881.07132.9905-0.0137-0.0198-0.07650.12740.1233-0.51610.79690.7744-0.10910.44710.20440.09770.36530.04150.224912.500615.405416.0045
22.49410.1565-0.86153.31980.35662.06280.08520.21090.2569-0.1321-0.1868-0.4905-0.26460.10380.11580.19350.0305-0.05640.22080.16340.26549.45147.820523.2011
30.9358-0.12330.24374.98620.60052.05840.00840.08580.0832-0.5644-0.10230.168-0.25760.05020.00630.45570.1376-0.01340.0415-0.02010.09141.732827.8089-2.8448
40.5797-1.23830.31637.42420.07810.899-0.0961-0.129-0.02170.36450.10350.29910.1116-0.1328-0.00460.1734-0.02790.01380.2268-0.04130.1442-4.097534.222639.0345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:99
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 1:99
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 100:296
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 100:298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る