PDB-4de4: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2")-Id...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4de4

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2")-Id/APH(2")-IVa in complex with HEPES

要素

APH(2")-Id

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / KINASE / AMINOGLYCOSIDES / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Minasov, G. / Tan, K. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Li, H. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A small molecule discrimination map of the antibiotic resistance kinome.
著者: Shakya, T. / Stogios, P.J. / Waglechner, N. / Evdokimova, E. / Ejim, L. / Blanchard, J.E. / McArthur, A.G. / Savchenko, A. / Wright, G.D.

履歴

登録	2012年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2012年2月8日	ID: 3R80
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4de4.cif.gz	261.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4de4.ent.gz	220.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4de4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4de4_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4de4_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	4de4_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	4de4_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4de4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4de4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dbxC 4dfbC 4dfuC 3r82 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dt9-1 4dta-1 6cd7-1 5c4l-1 3sg9-2 3sg8-2 3n4t-d 5qqm-d 4dta-2 5c4k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91189 TargetTrack: IDP91189

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2")-Id

B: APH(2")-Id

ヘテロ分子

77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2")-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2")-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.541, 101.214, 71.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2")-Id / APH(2")-IVa 分子量: 38279.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2")-Id / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M NASCN, 20% PEG3350, 2 MM GTP, 2.5 MM GENTAMICIN, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 39540 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 35.71
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / R_sym value: 0.388 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.autosol)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→28.988 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 29.55 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2722	1999	5.17 %	random
R_work	0.2217	-	-	-
obs	0.2243	38669	95.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.649 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.9955 Å²	0 Å²	1.7516 Å²
2-	-	-4.2162 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4913 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4924	0	30	270	5224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5088
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.599	6860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.448	1956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0715	0.3603	190	0.318	3478	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0715-2.1544	0.3391	195	0.2901	3584	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1544-2.2524	0.2954	198	0.2662	3615	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2524-2.3711	0.3095	199	0.2604	3653	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3711-2.5196	0.2883	198	0.2418	3635	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5196-2.714	0.278	202	0.253	3703	X-RAY DIFFRACTION	97
2.714-2.9868	0.3037	203	0.2442	3741	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9868-3.4185	0.2815	206	0.2232	3767	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4185-4.3046	0.2541	208	0.1908	3817	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3046-28.9911	0.2338	200	0.1924	3677	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8194	0.3474	0.7413	4.2788	1.0713	2.9905	-0.0137	-0.0198	-0.0765	0.1274	0.1233	-0.5161	0.7969	0.7744	-0.1091	0.4471	0.2044	0.0977	0.3653	0.0415	0.2249	12.5006	15.4054	16.0045
2	2.4941	0.1565	-0.8615	3.3198	0.3566	2.0628	0.0852	0.2109	0.2569	-0.1321	-0.1868	-0.4905	-0.2646	0.1038	0.1158	0.1935	0.0305	-0.0564	0.2208	0.1634	0.2654	9.451	47.8205	23.2011
3	0.9358	-0.1233	0.2437	4.9862	0.6005	2.0584	0.0084	0.0858	0.0832	-0.5644	-0.1023	0.168	-0.2576	0.0502	0.0063	0.4557	0.1376	-0.0134	0.0415	-0.0201	0.0914	1.7328	27.8089	-2.8448
4	0.5797	-1.2383	0.3163	7.4242	0.0781	0.899	-0.0961	-0.129	-0.0217	0.3645	0.1035	0.2991	0.1116	-0.1328	-0.0046	0.1734	-0.0279	0.0138	0.2268	-0.0413	0.1442	-4.0975	34.2226	39.0345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resid 1:99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 100:296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 100:298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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