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- PDB-4ddt: Thermotoga maritima reverse gyrase, C2 FORM 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ddt
タイトルThermotoga maritima reverse gyrase, C2 FORM 2
要素Reverse gyrase
キーワードISOMERASE / TOPOISOMERASE / DNA SUPERCOILING / ARCHAEA / HELICASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


reverse gyrase activity / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topological change / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #80 / EV matrix protein fold - #20 / Reverse gyrase zinc finger / Reverse gyrase / Reverse gyrase, TOPRIM domain / Reverse gyrase, zinc finger / Zinc finger reverse gyrase N-terminal-type profile. / Zinc finger reverse gyrase C-terminal-type profile. / EV matrix protein fold / Topoisomerase I; domain 2 ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #80 / EV matrix protein fold - #20 / Reverse gyrase zinc finger / Reverse gyrase / Reverse gyrase, TOPRIM domain / Reverse gyrase, zinc finger / Zinc finger reverse gyrase N-terminal-type profile. / Zinc finger reverse gyrase C-terminal-type profile. / EV matrix protein fold / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of Thermotoga maritima reverse gyrase: inferences for the mechanism of positive DNA supercoiling.
著者: Rudolph, M.G. / Del Toro Duany, Y. / Jungblut, S.P. / Ganguly, A. / Klostermeier, D.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse gyrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6093
ポリマ－128,4791
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.945, 104.433, 96.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Reverse gyrase / Helicase / Topoisomerase


分子量: 128478.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: rgy, topR, TM_0173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O51934, DNA helicase, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M K/Na tartrate pH7.4, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.23 Å / Num. obs: 27506 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rsym value: 0.197 / Net I/σ(I): 4.55
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.59 % / Rmerge(I) obs: 0.6833 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Rsym value: 0.6833 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_842)精密化
XDS(VERSION December 6データ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GL9 WITH H1 AND H2 DOMAINS REPLACED BY 3OIY

1gl9

3oiy


解像度: 3.2→48.226 Å / SU ML: 0.95 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1383 5.03 %
Rwork0.2157 --
obs0.2186 27489 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.146 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6663 Å20 Å213.2075 Å2
2---2.0584 Å2-0 Å2
3----1.6079 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9030 0 2 0 9032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75212368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2583560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.31440.40021220.34432607X-RAY DIFFRACTION99
3.3144-3.4470.39451360.32172578X-RAY DIFFRACTION99
3.447-3.60390.33951420.28812566X-RAY DIFFRACTION99
3.6039-3.79380.32011260.25472600X-RAY DIFFRACTION99
3.7938-4.03140.27041170.2332654X-RAY DIFFRACTION100
4.0314-4.34250.26951500.20412586X-RAY DIFFRACTION100
4.3425-4.77910.27091570.17642579X-RAY DIFFRACTION100
4.7791-5.46980.2371340.18172636X-RAY DIFFRACTION100
5.4698-6.88820.29351450.20482622X-RAY DIFFRACTION100
6.8882-48.23140.19181540.1692678X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20770.368-0.08981.05460.05491.93330.1695-0.3727-0.54380.44530.0412-0.16030.50050.2940.10830.34990.03430.04720.27540.16780.1591-3.0557-14.6282-31.1362
20.1636-0.2682-0.34430.77760.22732.0218-0.3484-0.6388-0.31470.87450.25110.20480.32870.1470.04680.76610.05480.15980.67510.14160.4038-15.585314.7986-2.1007
33.78222.3699-2.10593.8613-1.66612.54660.04240.0085-0.2918-0.329-0.187-0.8885-0.20680.86370.18880.31310.00230.11740.7342-0.03890.17913.429826.8574-10.5874
40.644-0.0297-0.32991.78330.86113.3166-0.032-0.1164-0.0307-0.02510.068-0.0974-0.04510.1427-0.01170.22920.04020.07450.26790.04780.1845-8.521312.5947-34.6801
50.5663-0.3807-0.07531.53850.40690.4327-0.0143-0.05740.2391-0.1667-0.0119-0.3423-0.11080.1147-0.07510.22960.02650.22770.17910.0350.0733-7.366241.3175-47.1923
62.20540.7875-0.16570.8817-0.24921.36140.07880.55640.2703-0.43210.1274-0.1345-0.24950.1981-0.1480.50680.10010.29430.39460.00010.2182-3.183529.0351-66.8336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:273)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 274:356)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 357:433)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 434:700)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 701:1003)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 1004:1103)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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