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- PDB-4dcf: Structure of MTX-II from Bothrops brazili -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dcf
タイトルStructure of MTX-II from Bothrops brazili
要素MTX-II chain A
キーワードHYDROLASE / Lys49 Phospholipase / phospholipase
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops brazili (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ullah, A. / Souza, T.A.C.B. / Betzel, C. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic portrayal of different conformational states of a Lys49 phospholipase A2 homologue: insights into structural determinants for myotoxicity and dimeric configuration.
著者: Ullah, A. / Souza, T.A. / Betzel, C. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
履歴
登録2012年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MTX-II chain A
B: MTX-II chain A
C: MTX-II chain A
D: MTX-II chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8936
ポリマ－55,5054
非ポリマー3882
水1,838102
1
A: MTX-II chain A
B: MTX-II chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1414
ポリマ－27,7522
非ポリマー3882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: MTX-II chain A
D: MTX-II chain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7522
ポリマ－27,7522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.400, 128.886, 67.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
MTX-II chain A


分子量: 13876.159 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops brazili (ヘビ) / 参照: UniProt: I6L8L6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1 M tris pH 8.2, 25% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 13286 / Num. obs: 12516 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.116
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique all: 1132 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2H8I

2h8i


解像度: 2.7→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.808 / SU B: 22.661 / SU ML: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31981 629 5 %RANDOM
Rwork0.22267 ---
obs0.2276 11881 93.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-0.16 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3837 0 26 102 3965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.995323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9265486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.07724.601163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.17615768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3451520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5311.52434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06323902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39631531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4124.51421
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 30 -
Rwork0.306 757 -
obs--82.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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