PDB-2z69: Crystal Structure of the sensor domain of the transcriptional reg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z69

タイトル

Crystal Structure of the sensor domain of the transcriptional regulator DNR from Pseudomonas aeruginosa

要素

DNR protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / beta barrel / dimerization helix

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Giardina, G. / Johnson, K.A. / Di Matteo, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: NO sensing in Pseudomonas aeruginosa: structure of the transcriptional regulator DNR.
著者: Giardina, G. / Rinaldo, S. / Johnson, K.A. / Di Matteo, A. / Brunori, M. / Cutruzzola, F.

履歴

登録	2007年7月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z69.cif.gz	97.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z69.ent.gz	76.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/2z69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/2z69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3q4o-1 4xoc-d 3q4r-1 4w9f-2 4dcf-1 1jat-d 3q4q-1 5nm9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: DNR protein

B: DNR protein

C: DNR protein

52.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNR protein

B: DNR protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNR protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.145, 105.534, 74.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-187- HOH

#1: タンパク質	DNR protein / Transcriptional regulator Dnr / DNR DISSIMILATIVE NITRATE RESPIRATION REGULATOR 分子量: 17639.158 Da / 分子数: 3 / 断片: Sensor Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: dnr / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51441
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

DNR protein / Transcriptional regulator Dnr / DNR DISSIMILATIVE NITRATE RESPIRATION REGULATOR

分子量: 17639.158 Da / 分子数: 3 / 断片: Sensor Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: dnr / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51441

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 14% (w/v) PEG 4000, 100mM Sodium Citrate (pH 5.4), 200mM Potassium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→74.12 Å / Num. all: 23925 / Num. obs: 23925 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 1490 / R_sym value: 0.444 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DNA		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.1→74.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 13.325 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26235	1300	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21489	-	-	-
obs	0.2174	23925	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.102 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	0 Å²	-0.83 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→74.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3365	0	0	103	3468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.958	4669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.91	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.644	24.076	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.796	15	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.739	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.264	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.282	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.098	2	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.666	3	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.672	5	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.706	10	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	90	-
R_work	0.237	1805	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7818	1.895	2.6223	6.1033	1.3332	8.5237	-0.4912	0.5776	-0.0587	-0.7551	0.3363	0.2027	-0.272	0.3816	0.1549	-0.0411	-0.0879	0.0208	0.0379	-0.0121	-0.1616	-2.8615	-37.3889	18.0486
2	3.3374	2.3411	1.7364	7.4657	4.8965	11.1827	-0.6688	0.5478	0.4632	-1.7719	0.5746	0.6921	-1.4409	0.3916	0.0943	0.2338	-0.2155	-0.1055	0.1081	0.118	-0.0725	-4.2716	-30.3212	13.5738
3	8.063	5.9464	-7.2833	17.1745	-4.0397	9.2344	0.2307	0.17	0.1165	-0.127	0.2128	-0.048	-0.7651	0.1342	-0.4435	-0.0276	-0.0597	0.0166	0.0421	-0.0099	-0.0469	3.9783	-23.6556	27.0887
4	11.7833	-10.156	-1.6469	37.6929	-14.5851	19.4731	0.482	1.3878	-1.1343	-3.9964	-1.298	1.2845	1.4449	-0.1672	0.816	0.5928	-0.1378	-0.2433	0.3354	0.0344	0.2217	5.5057	-5.7576	17.8185
5	5.3085	2.6611	2.9415	10.7069	-2.2283	5.7651	0.5493	-1.0149	0.0084	1.8201	-0.2536	0.0731	0.1087	-0.5558	-0.2957	0.4843	-0.1149	0.0766	0.256	0.0684	0.0972	6.774	-6.4188	44.2462
6	6.8003	1.224	-1.5437	6.9683	0.4299	7.7362	0.0599	0.4609	-0.1	-0.3131	0.3328	-0.0099	0.039	-0.2185	-0.3926	-0.1616	-0.031	0.0166	-0.1087	-0.001	-0.1164	12.427	5.205	26.2065
7	2.7246	2.7919	0.0899	7.0534	-1.9592	3.358	0.0246	0.0959	-0.4061	-0.023	0.1238	0.1351	0.4604	-0.275	-0.1484	-0.0569	-0.0273	-0.0066	-0.021	0.0053	-0.0543	9.6904	-1.0928	28.9336
8	3.9869	3.2463	-2.9572	8.7215	3.1329	9.5803	0.0733	0.7534	0.338	-0.9519	0.0397	0.2574	-0.2882	-0.2926	-0.1129	0.2529	-0.0201	0.074	0.1107	0.0651	0.1681	1.2755	-16.7471	24.693
9	14.2914	-10.1083	-1.3455	17.4577	-15.6193	26.7658	0.2654	-1.355	1.788	0.8808	-0.9134	-2.8615	-2.1676	1.4999	0.648	0.2043	-0.0826	0.0543	0.3319	0.0649	0.8418	3.5514	34.7421	16.8055
10	5.9069	-4.9479	0.064	16.821	-4.0172	4.4427	0.1375	-0.0721	-0.3891	-0.0673	0.024	0.4932	-0.0171	-0.0218	-0.1615	-0.1093	0.0485	0.0087	0.1655	0.0397	0.0336	-5.319	21.2019	19.4445
11	6.3096	-5.558	3.4898	27.2896	-10.9497	17.765	0.4295	-0.2869	0.4394	-0.5934	-0.3482	-0.2174	-0.6186	-0.3655	-0.0812	-0.0156	0.1075	0.04	0.1065	-0.055	0.0375	-7.0635	31.7082	14.5939
12	1.2675	1.6709	1.3127	2.3243	0.5816	12.2184	-0.1636	0.157	-0.0127	1.398	0.9405	1.0315	1.2029	-0.0298	-0.7769	0.5931	0.0988	0.2822	0.4199	0.1366	0.2985	2.0144	24.9535	0.1856

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 66	1 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	67 - 117	70 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	118 - 137	121 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	138 - 150	141 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 31	4 - 34
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	32 - 73	35 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	74 - 118	77 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	119 - 150	122 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	7 - 21	10 - 24
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	22 - 107	25 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	108 - 120	111 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	121 - 150	124 - 153

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関連情報:EMDBヘッダ

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