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- PDB-4dbb: The PTB domain of Mint1 is autoinhibited by a helix in the C-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dbb
タイトルThe PTB domain of Mint1 is autoinhibited by a helix in the C-terminal linker region
要素Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / X11S/MINTS / PTB DOMAIN / CHIMERA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / gamma-aminobutyric acid secretion / glutamate secretion / synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone membrane / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / PDZ domain binding / establishment of localization in cell / locomotory behavior ...Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / gamma-aminobutyric acid secretion / glutamate secretion / synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone membrane / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / PDZ domain binding / establishment of localization in cell / locomotory behavior / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / multicellular organism growth / amyloid-beta binding / regulation of gene expression / chemical synaptic transmission / dendritic spine / in utero embryonic development / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...: / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Ho, A. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Autoinhibition of Mint1 adaptor protein regulates amyloid precursor protein binding and processing.
著者: Matos, M.F. / Xu, Y. / Dulubova, I. / Otwinowski, Z. / Richardson, J.M. / Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Ho, A.
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / entity ...diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / software / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _software.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8698
ポリマ－18,4091
非ポリマー4607
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.729, 64.729, 115.155
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-802-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1 / Adapter protein X11alpha / Neuron-specific X11 protein / Neuronal Munc18-1-interacting protein 1 / Mint-1


分子量: 18408.863 Da / 分子数: 1
断片: PTB DOMAIN, UNP residues 453-643 with deletion of residues 497-508
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Apba1, Mint1, X11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35430

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非ポリマー , 5種, 85分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CHIMERA PROTEIN IS OF PTB DOMAIN OF MINT-1(UNP RESIDUES 453-643) WITH TWO DELETIONS OF RESIDUES ...THE CHIMERA PROTEIN IS OF PTB DOMAIN OF MINT-1(UNP RESIDUES 453-643) WITH TWO DELETIONS OF RESIDUES 499-508 AND 569-585.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% isopropanol, 25% glycerol, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.15 M NaCl, 0.2 M ammonium acetate, 2 mM TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: R-AXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 19927 / Num. obs: 19927 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.9-1.9211.54670.822197.9
1.92-1.9313.54770.842199.2
1.93-1.9513.84890.886198
1.95-1.9713.54850.883199.40.958
1.97-1.9913.84890.9071980.883
1.99-2.0113.64750.92711000.793
2.01-2.0313.74820.931198.40.672
2.03-2.0513.74850.931199.80.696
2.05-2.0713.74830.935198.60.625
2.07-2.0913.74900.934199.20.537
2.09-2.1113.84830.989199.40.516
2.11-2.1413.74810.9311990.448
2.14-2.1713.64960.9411000.401
2.17-2.1913.84920.9581990.38
2.19-2.2213.94840.971199.20.345
2.22-2.2513.74870.995199.80.301
2.25-2.2813.94860.956199.40.252
2.28-2.3213.74910.96199.40.256
2.32-2.3613.84860.981199.40.234
2.36-2.3913.85000.96611000.199
2.39-2.4413.84860.972199.60.207
2.44-2.4813.94990.974199.60.192
2.48-2.5313.74950.93199.80.171
2.53-2.5813.95010.948199.80.152
2.58-2.6313.74900.951199.80.151
2.63-2.713.85090.942199.80.127
2.7-2.7613.94850.983199.80.117
2.76-2.8413.85060.97211000.089
2.84-2.9213.94920.93411000.077
2.92-3.0213.85000.98711000.063
3.02-3.1213.85080.98911000.055
3.12-3.2513.85071.03311000.051
3.25-3.413.85131.03111000.042
3.4-3.5813.75021.02211000.034
3.58-3.813.75191.01711000.027
3.8-4.0913.75160.97111000.024
4.09-4.513.55171.03911000.022
4.5-5.1613.35250.91211000.021
5.16-6.4913.15520.89811000.022
6.49-5011.95970.98199.20.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→33.016 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8487 / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 934 5.08 %RANDOM
Rwork0.1966 ---
all0.198 18378 --
obs0.198 18378 92.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.598 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 215.84 Å2 / Biso mean: 59.5601 Å2 / Biso min: 17.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1306 Å20 Å20 Å2
2--0.1306 Å2-0 Å2
3----0.2613 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→33.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1195 0 29 78 1302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4431665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.27476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.901-2.00120.2438610.1971351141251
2.0012-2.12660.25021280.19792471259993
2.1266-2.29080.23251520.1842635278799
2.2908-2.52120.21111470.188926502797100
2.5212-2.88590.22391460.19327132859100
2.8859-3.63520.22141430.18927322875100
3.6352-33.02120.2251570.20628923049100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.35763.59051.11214.55672.69942.29930.78041.5005-0.8766-0.2230.22921.54981.7304-0.937-0.76470.71060.0094-0.18920.60640.05190.56088.0326-11.61347.6782
21.43610.8194-0.13482.1184-0.42561.03880.0307-0.17110.02770.23-0.12310.01120.02790.01520.06990.3007-0.0086-0.06520.14260.02310.218717.408713.842213.8971
34.3253-1.4601-0.423.24140.47253.77790.5073-0.05320.3584-0.0205-0.2535-0.6523-0.46380.4663-0.17650.218-0.0449-0.02810.17040.03380.269519.641920.05787.5857
46.22930.06490.46163.2920.03953.44080.0694-0.3204-0.7711.2122-0.1355-0.46270.92880.3890.27040.5050.0028-0.00520.1520.06880.27522.09040.774914.915
51.93670.27130.05672.41610.72722.14960.0255-0.15610.08060.5574-0.13710.18090.4215-0.17770.07120.3333-0.03040.01470.17390.00130.171414.939310.150512.4987
63.6042-0.22331.46284.0937-0.36283.9447-0.2163-0.60610.31371.22360.2711-0.29930.2216-0.25910.19790.4428-0.0133-0.02820.2010.01910.137916.010314.342217.0193
77.3015-0.0761-3.68842.7785-0.84463.61650.17430.5935-0.73250.2369-0.39070.9620.2052-1.4740.36150.4235-0.14530.05290.604-0.07680.5323.98273.39089.0778
82.00051.09772.24177.89541.4973.09270.0036-0.939-0.03850.3210.20230.277-1.01710.2978-0.30570.6852-0.14770.07481.21140.11220.9015-5.488511.16467.2333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 455:459)A455 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 460:480)A460 - 480
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 481:516)A481 - 516
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 517:537)A517 - 537
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 538:563)A538 - 563
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 564:598)A564 - 598
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 599:620)A599 - 620
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 623:640)A623 - 640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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