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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d9z | ||||||
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タイトル | Lysozyme at 318K | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, P. / Ashish | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of heat induced spherulites of lysozyme reveals new insight on amyloid initiation 著者: Sharma, P. / Verma, N. / Singh, P.K. / Korpole, S. / Ashish | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % |
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結晶化 | 温度: 318 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: 50mM sodium acetate, 1-1.5M NaCl, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 318K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月10日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.709→50 Å / Num. all: 13859 / Num. obs: 13859 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 32.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Mean I/σ(I) obs: 20.9 / Num. unique all: 667 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BGI 解像度: 1.709→21.363 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 17.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.04 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.709→21.363 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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