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万見
- PDB-4d9j: Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric ol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9j
タイトルStructure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains
要素Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein design / bionanotechnology / protein assembly / symmetry / biomaterials
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / antibiotic biosynthetic process / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / viral budding from plasma membrane / peroxidase activity / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) ...Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 1 / Non-haem bromoperoxidase BPO-A2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者Lai, Y.-T. / Cascio, D. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structure of a 16-nm cage designed by using protein oligomers.
著者: Lai, Y.T. / Cascio, D. / Yeates, T.O.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
B: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
C: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
D: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
E: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
F: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
G: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
H: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
I: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
J: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
K: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
L: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)603,17312
ポリマ－603,17312
非ポリマー00
水00
1
A: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
B: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
C: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
D: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
E: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
F: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1

A: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
B: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
C: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
D: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
E: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
F: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)603,17312
ポリマ－603,17312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
2
G: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
H: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
I: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
J: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
K: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
L: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1

G: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
H: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
I: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
J: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
K: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1
L: Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)603,17312
ポリマ－603,17312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.700, 187.410, 283.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: タンパク質
Designed 16nm tetrahedral protein cage containing Non-haem bromoperoxidase BPO-A2 and Matrix protein 1 / BPO2 / Bromide peroxidase / M1


分子量: 50264.414 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア), (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: bpoA2, BROMOPEROXIDASE A2, M, M1 Matrix / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P29715, UniProt: P03485, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.3
詳細: 1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.92→19.893 Å / Num. obs: 58471 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.097 % / Biso Wilson estimate: 99.433 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21.13
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.92-4.020.3176.29236733837188.5
4.02-4.130.2159.572962942161100
4.13-4.250.17411.692934541421100
4.25-4.380.14713.542869140081100
4.38-4.530.12915.142800838811100
4.53-4.680.11517.152734037711100
4.68-4.860.10219.18266473629199.9
4.86-5.060.09220.672580534951100
5.06-5.280.08921.132467433421100
5.28-5.540.08221.832383832391100
5.54-5.840.08221.632257530801100
5.84-6.20.07523.12115629011100
6.2-6.620.06825.111990927481100
6.62-7.160.05828.821830425721100
7.16-7.840.04733.351610123621100
7.84-8.760.0439.21486621681100
8.76-10.120.03543.391324319161100
10.12-12.390.03344.29112141644199.9
12.39-17.530.0343.1385191293199.8
17.53-19.8930.0342.51450227129.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.2 Å19.82 Å
Translation4.2 Å19.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3VDX

3vdx


解像度: 3.92→19.893 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7759 / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2936 2924 5 %RANDOM
Rwork0.2822 ---
obs0.2828 58465 99.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.45 Å2 / Biso mean: 54.1233 Å2 / Biso min: 17.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-67.6085 Å2-0 Å2-0 Å2
2--77.482 Å20 Å2
3---79.9095 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.92→19.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40596 0 0 0 40596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00341520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72656508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.54214736
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.92-3.98280.36891140.3772173228782
3.9828-4.05090.39041380.343926152753100
4.0509-4.12390.36851370.339526122749100
4.1239-4.20250.34441410.335826652806100
4.2025-4.28740.3451380.331726212759100
4.2874-4.37970.31621390.327626552794100
4.3797-4.48040.36521390.317526332772100
4.4804-4.59120.34011390.317526392778100
4.5912-4.71370.3291400.303826522792100
4.7137-4.85050.27951370.296126192756100
4.8505-5.00460.33751420.289826832825100
5.0046-5.18040.28941380.286726362774100
5.1804-5.38390.30391410.292826802821100
5.3839-5.62370.29911400.289326432783100
5.6237-5.91280.33161410.311326932834100
5.9128-6.27230.38151410.306526672808100
6.2723-6.73910.28771400.303626762816100
6.7391-7.38550.31111430.275927002843100
7.3855-8.38340.22321430.246327252868100
8.3834-10.31140.22291450.211727442889100
10.3114-19.89350.22281480.228728102958100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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