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万見
- PDB-4d94: Crystal Structure of TEP1r -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d94
タイトルCrystal Structure of TEP1r
要素Thioester-containing protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Plasmodium refractory allele / full-length protein / thioester / macroglobulin domains / component of innate immune response by the opsinization and melanization of pathogens
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to symbiont / positive regulation of melanin biosynthetic process / endopeptidase inhibitor activity / immune system process / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / TEP1, second CUB domain / Jelly Rolls - #1540 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site ...: / TEP1, second CUB domain / Jelly Rolls - #1540 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Glycosyltransferase - #20 / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Single Sheet / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioester-containing protein 1 allele R1
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Le, B.V. / Williams, M. / Logarajah, S. / Baxter, R.H.G.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Molecular Basis for Genetic Resistance of Anopheles gambiae to Plasmodium: Structural Analysis of TEP1 Susceptible and Resistant Alleles.
著者: Le, B.V. / Williams, M. / Logarajah, S. / Baxter, R.H.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioester-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,9679
ポリマ－150,5771
非ポリマー1,3918
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Thioester-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Thioester-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,93418
ポリマ－301,1532
非ポリマー2,78116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7360 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area116200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.515, 150.515, 226.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thioester-containing protein 1


分子量: 150576.516 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-1338 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expression in Bac to Bac System by Invitrogen
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
株: L3-5 / 遺伝子: tep1 / プラスミド: pFastBacI / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C9XI66

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 136分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 %
結晶化温度: 294 K / pH: 6.5
詳細: 2 M NaH2/K2H PO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole pH 8.0, 50 mM NaK tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.92
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日 / 詳細: SI (111)
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.88 Å / Num. obs: 71959 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.898 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
MLPHARE位相決定
REFMAC5.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→45.866 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 3631 5.05 %
Rwork0.2193 --
obs0.2206 71850 99.76 %
all-68403 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.17 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7934 Å20 Å2-0 Å2
2--1.7934 Å2-0 Å2
3----3.5868 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10207 0 87 133 10427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01814313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0543957
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6981-2.73360.43141250.37692550X-RAY DIFFRACTION98
2.7336-2.7710.37121280.34772601X-RAY DIFFRACTION100
2.771-2.81060.37791470.31962547X-RAY DIFFRACTION100
2.8106-2.85260.33381500.30322596X-RAY DIFFRACTION100
2.8526-2.89710.30961280.27732619X-RAY DIFFRACTION100
2.8971-2.94460.30691290.28142582X-RAY DIFFRACTION100
2.9446-2.99540.33071190.27392609X-RAY DIFFRACTION100
2.9954-3.04980.30781490.27182596X-RAY DIFFRACTION100
3.0498-3.10850.29451190.26742592X-RAY DIFFRACTION100
3.1085-3.17190.27071440.26912608X-RAY DIFFRACTION100
3.1719-3.24090.28441470.25512600X-RAY DIFFRACTION100
3.2409-3.31620.28031250.26522610X-RAY DIFFRACTION100
3.3162-3.39910.28941550.25042591X-RAY DIFFRACTION100
3.3991-3.4910.25991270.24442625X-RAY DIFFRACTION100
3.491-3.59370.23961410.23122588X-RAY DIFFRACTION100
3.5937-3.70960.28141720.21692576X-RAY DIFFRACTION100
3.7096-3.84220.22511480.21772612X-RAY DIFFRACTION100
3.8422-3.99590.21991380.20562610X-RAY DIFFRACTION100
3.9959-4.17770.24071530.18632629X-RAY DIFFRACTION100
4.1777-4.39780.18471390.17372606X-RAY DIFFRACTION100
4.3978-4.6730.17261220.14582674X-RAY DIFFRACTION100
4.673-5.03340.15751430.15532656X-RAY DIFFRACTION100
5.0334-5.53920.2271210.17822692X-RAY DIFFRACTION100
5.5392-6.33890.21431520.22012687X-RAY DIFFRACTION100
6.3389-7.97960.2781460.20812720X-RAY DIFFRACTION100
7.9796-45.87220.21751640.22172843X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0803-0.4551-0.98360.8097-0.00591.2506-0.01810.3711-0.2674-0.10010.06360.10950.1447-0.3295-0.04950.4788-0.16240.03630.56380.01890.395467.501373.9575143.2112
20.2503-0.1462-0.27641.48641.00241.33470.0452-0.11940.03720.13150.0387-0.15940.17170.1571-0.03030.08230.0033-0.02670.172-0.04570.1362113.27374.433120.065
33.66330.92350.5832.13970.28172.52060.11290.32360.51440.0540.28770.669-0.0944-0.1674-0.36230.490.0070.20790.48170.24170.622166.0045104.66161.7267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 22:221 OR RESID 422:685 ) )A22 - 221
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 22:221 OR RESID 422:685 ) )A422 - 685
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 222:326 OR RESID 686:1338 ) )A222 - 326
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 222:326 OR RESID 686:1338 ) )A686 - 1338
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 327:421 )A327 - 421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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