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万見
- PDB-4d91: Thermolysin In Complex With DMSO And Acetate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d91
タイトルThermolysin In Complex With DMSO And Acetate
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / protease / metalloprotease / hydrolysis of peptide bonds / phosphoramidon
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Biela, A. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Thermolysin Inhibition
著者: Biela, A. / Nasief, N. / Heine, A. / Hangauer, D. / Klebe, G.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8019
ポリマ－34,3601
非ポリマー4418
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.425, 93.425, 129.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-767-

HOH

21A-777-

HOH

31A-830-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: mature form (UNP residues 233-548) / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

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非ポリマー , 5種, 376分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.9 M cesium chloride, 50% DMSO, 50 mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日 / 詳細: Collimating Mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 49334 / Num. obs: 49334 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 30.6 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 82.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 27.5 % / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique all: 1247 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.34 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1844 1292 4.9 %RANDOM
Rwork0.1498 ---
all0.1515 51241 --
obs0.1515 48848 97.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.182 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2031 Å2-0 Å20 Å2
2---1.2031 Å2-0 Å2
3---2.4063 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 17 368 2808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9793511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.526859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.93890.26591370.2543258593
1.9389-1.9810.27661280.2139265394
1.981-2.02710.24081250.1773269395
2.0271-2.07780.24061480.1561266296
2.0778-2.1340.17841160.141270796
2.134-2.19670.21841340.1389269497
2.1967-2.26760.20461640.1375272098
2.2676-2.34870.19441600.1264271698
2.3487-2.44270.16751230.1316278198
2.4427-2.55380.20811390.138274398
2.5538-2.68840.21651430.1441277999
2.6884-2.85680.1761350.1471277699
2.8568-3.07720.1841490.1515278299
3.0772-3.38660.16531410.15562791100
3.3866-3.87610.13861460.14252793100
3.8761-4.88130.16741390.12772795100
4.8813-34.34550.16921660.17542785100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67420.21720.49980.87310.11230.3730.09810.062-0.0363-0.1957-0.13570.09070.05290.12130.00940.14680.01070.00390.187-0.0190.1172-26.288428.4108-11.9931
20.6139-0.07190.21160.5370.18760.15680.03950.0364-0.0101-0.1016-0.0808-0.0124-0.0334-0.02310.00280.0885-0.00210.00180.12420.00410.0805-23.398933.0107-2.032
30.0343-0.0053-0.02960.03430.04580.16360.0367-0.08070.0970.0228-0.05490.0375-0.0802-0.1143-0.00910.1009-0.01790.02320.17090.00770.1326-10.036632.486313.3262
40.04330.09720.06030.3401-0.03270.3080.11010.16210.1548-0.0847-0.1211-0.1837-0.01540.16550.07820.10.01490.04550.18170.05820.1617-3.833632.3324-3.9025
50.0123-0.079-0.02160.51520.15470.40710.0622-0.01990.15290.05190.0172-0.1947-0.0260.2276-0.02830.114-0.0270.0260.24840.02460.27397.389638.06267.3826
60.32690.11360.12530.37960.01880.4040.0816-0.05180.0918-0.031-0.0452-0.117-0.02940.1262-0.01910.09490.00210.02290.14180.02540.17011.922228.64398.5464
70.27890.1164-0.02150.2542-0.23710.25470.0761-0.0448-0.06020.08290.07860.06310.0647-0.0414-0.03690.1231-0.0233-0.00570.16650.04220.1161-7.706723.31420.406
80.20130.11390.15661.0480.17140.39410.0601-0.2697-0.21280.1332-0.0164-0.28650.08010.11130.00050.12390.0074-0.01240.21870.05860.21444.197220.475515.3218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:19
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 20:142
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 143:169
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 170:209
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 210:219
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 220:272
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 273:277
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 278:316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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