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- PDB-4d8p: Structural and functional studies of the trans-encoded HLA-DQ2.3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d8p
タイトルStructural and functional studies of the trans-encoded HLA-DQ2.3 (DQA1*03:01/DQB1*02:01) molecule
要素
  • HLA-DQA1 protein
  • Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / class II MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain / Gamma-gliadin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Kim, C.-Y. / Hotta, K. / Mathews, I.I. / Chen, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional studies of trans-encoded HLA-DQ2.3 (DQA1*03:01/DQB1*02:01) protein molecule
著者: Tollefsen, S. / Hotta, K. / Chen, X. / Simonsen, B. / Swaminathan, K. / Mathews, I.I. / Sollid, L.M. / Kim, C.-Y.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-DQA1 protein
B: Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
C: HLA-DQA1 protein
D: Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0246
ポリマ－103,8404
非ポリマー1842
水1086
1
A: HLA-DQA1 protein
B: Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1044
ポリマ－51,9202
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
2
C: HLA-DQA1 protein
D: Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9202
ポリマ－51,9202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.890, 114.920, 138.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HLA-DQA1 protein / MHC class II antigen


分子量: 23854.559 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / プラスミド: pRmHa3 / Cell (発現宿主): SCHNEIDER 2(S2)
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: L8E864
#2: タンパク質 Peptide from Gamma-gliadin,HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain / MHC class II antigen


分子量: 28065.299 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q26E, Q23E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of peptide from Gamma-gliadin (residues 68-81 in Uniprot Q94G94), linker, MHC class II antigen (residues 33-230 in uniprot Q5Y7D3)
由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: pRmHa3 / 遺伝子: HLA-DQB1 / Cell (発現宿主): SCHNEIDER 2(S2)
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q94G94, UniProt: Q5Y7D3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Li2So4, 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 8% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→29.31 Å / Num. all: 21713 / Num. obs: 21713 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 3.05→3.13 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1629 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1JK8 and 1S9V

1jk8

1s9v


解像度: 3.05→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 55.62 / SU ML: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.479 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28321 1086 5 %RANDOM
Rwork0.21045 ---
obs0.21398 20626 100 %-
all-21713 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.86 Å20 Å2-9.39 Å2
2---1.81 Å20 Å2
3----7.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6102 0 12 6 6120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.9448573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3635745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63623.812320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.73315990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7521546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.53777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0326178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.04732509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8644.52395
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 81 -
Rwork0.382 1530 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75770.7196-0.31241.1959-1.62043.6345-0.2598-0.1698-0.10140.1723-0.06750.2385-0.7809-0.06570.32730.17170.02310.0230.1864-0.05970.272112.453910.744952.4295
2-0.12951.10571.12151.6354-0.02992.52650.10950.0467-0.0038-0.22520.08060.03480.50660.3329-0.19010.13170.08860.05460.21890.06710.184919.7702-2.17644.6958
30.1081-1.10931.35842.461-1.79633.75780.022-0.3458-0.098-0.3609-0.00980.2914-0.1213-0.6568-0.01220.0576-0.0177-0.00620.3024-0.11970.2272-9.4289-3.2524.132
40.55890.55150.00061.083-0.97712.25190.03350.0342-0.059-0.0442-0.1148-0.04510.03910.12460.08130.142-0.01350.01020.1586-0.01390.15946.9284-5.593721.0325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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