PDB-4d8i: High resolution structures of monomeric S. pyogenes SpeB reveals ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d8i

タイトル

High resolution structures of monomeric S. pyogenes SpeB reveals role of glycine-rich active site loop

要素

ACE-AEIK-CHO ALDEHYDE (BOUND FORM)
Streptopain

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / papain fold / cysteine protease / secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

Streptopain (SpeB) / Cathepsin B; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ACE-AEIK-CHO ALDEHYDE (BOUND FORM) / NITRATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.377 Å

データ登録者

Gonzalez, G.E. / Wolan, D.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Ultrahigh and High Resolution Structures and Mutational Analysis of Monomeric Streptococcus pyogenes SpeB Reveal a Functional Role for the Glycine-rich C-terminal Loop.
著者: Gonzalez-Paez, G.E. / Wolan, D.W.

履歴

登録	2012年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.3	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.4	2013年2月27日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.5	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d8i.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d8i.ent.gz	91.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d8i_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d8i_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	4d8i_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	4d8i_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/4d8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/4d8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d8bC 4d8eC 1dki 2jtc 2uzj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rkx-d 4d8e-d 6uqd-2 6zqt-2 5tc6-d 6gi0-1 5tc7-d 4eug-d 3dct-d 3b92-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptopain

B: ACE-AEIK-CHO ALDEHYDE (BOUND FORM)

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.907, 50.137, 37.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-615- HOH
2	1	A-668- HOH
3	1	A-800- HOH

#1: タンパク質	Streptopain 分子量: 28681.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: ATCC 10782 / 遺伝子: HMPREF0841_0152, speB / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Plasmid / 参照: UniProt: E0PTS8, streptopain
#2: タンパク質・ペプチド	ACE-AEIK-CHO ALDEHYDE (BOUND FORM) タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 471.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: ACE-AEIK-CHO ALDEHYDE (BOUND FORM)
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THE STARTING MOLECULE OF THIS INHIBITOR IS ALDEHYDE ACE-AEIK-CHO
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15 M Sodium Nitrate, 26% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.71941 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.71941 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.377→35.618 Å / Num. all: 45796 / Num. obs: 45738 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 17.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.377-1.39	4.5	0.729	2	1	100
1.39-1.42	4.4	0.669	2.3	1	100
1.42-1.45	4.4	0.605	2.1	1	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.377→35.618 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	2270	5.05 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1651	44934	98.24 %
all	-	45004	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.134 Å² / k_sol: 0.38 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4963 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6294 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.1258 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.377→35.618 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1992	0	4	377	2373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2078
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.633	2818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.461	750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.109	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.377-1.4069	0.3025	111	0.2774	2405	X-RAY DIFFRACTION	90
1.4069-1.4397	0.3165	133	0.2731	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4397-1.4757	0.2659	134	0.2629	2426	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4757-1.5156	0.2758	152	0.2328	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5156-1.5602	0.2827	144	0.2097	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5602-1.6105	0.2095	154	0.1933	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6105-1.6681	0.2248	141	0.1854	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6681-1.7349	0.2247	148	0.1688	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7349-1.8138	0.179	144	0.1605	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8138-1.9095	0.1829	144	0.1524	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9095-2.0291	0.185	143	0.143	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0291-2.1857	0.161	147	0.1422	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1857-2.4056	0.165	161	0.1462	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4056-2.7536	0.176	139	0.1498	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7536-3.4688	0.1521	128	0.1399	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4688-35.6297	0.1687	147	0.1418	2864	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3396	0.0563	-0.0527	0.378	0.1553	0.3248	-0.0201	0.0296	0.0025	-0.0339	0.0102	-0.0198	0.0031	0.0197	0.0069	0.0696	0.0039	-0.0012	0.0774	0.0058	0.0407	20.6764	-13.8433	2.9657
2	0.7265	0.2879	0.0416	0.5499	0.2523	0.3169	0.0129	0.0175	-0.0827	0.0144	-0.0253	-0.0113	0.0684	-0.077	0.0027	0.0725	0.0059	-0.003	0.0675	0.0078	0.0796	7.7564	-22.7594	4.6013
3	1.282	0.108	-0.0919	1.2695	-0.0062	1.0629	-0.0191	-0.2062	-0.0113	0.0185	-0.0092	-0.0687	-0.0043	0.0654	0.0294	0.0837	0.016	-0.0002	0.0814	0.0035	0.0507	23.5783	-16.4432	16.0876
4	2.1146	-0.2701	1.1049	0.1436	-0.2697	0.802	-0.0055	-0.026	-0.0353	0.0801	-0.0054	-0.0175	0.0653	0.0441	0.0026	0.0715	0.0062	0.0021	0.0687	0.0021	0.0516	18.0359	-19.6645	10.2837
5	0.3199	-0.1638	-0.0516	0.5664	-0.0718	0.1843	0.0007	-0.0125	0.0009	-0.0028	0.048	0.0768	-0.018	0.0091	-0.0447	0.0624	0.0016	0.0109	0.0688	0.0037	0.066	6.023	-7.8598	3.6417
6	0.5849	-0.0723	0.2683	0.8191	0.0507	0.3634	-0.0144	-0.0086	0.136	0.0138	0.0301	-0.034	-0.0529	-0.0007	-0.0121	0.0742	0.0003	0.0133	0.0699	-0.0029	0.0696	11.8734	4.3269	2.5546
7	0.6165	-0.3349	0.1435	0.9371	0.2645	1.2575	-0.0321	0.0437	0.1297	-0.0764	0.0113	-0.132	-0.1155	0.0523	0.0115	0.0759	-0.0075	0.0029	0.0771	0.009	0.0734	19.9484	3.6836	0.9926
8	0.6309	0.1535	-0.1762	0.2483	-0.1834	1.4667	-0.0205	0.1051	-0.0467	-0.1534	0.0046	-0.0114	0.0782	0.1216	0.0176	0.0435	-0.0048	0.005	0.052	0.0079	0.0638	23.8711	-0.677	-5.7178
9	1.1813	-0.0104	-0.6628	0.7148	-0.0133	1.9122	-0.0238	0.061	0.0133	0.0207	0.0539	-0.0179	0.0055	-0.1444	-0.0344	0.0516	-0.0001	0.0025	0.0397	-0.0004	0.0421	10.5058	-1.0966	1.3606
10	5.6282	1.5222	-0.0247	2.3678	-2.2401	2.5502	-0.1081	0.4522	-0.304	-0.4555	0.0904	0.081	0.2006	-0.0897	0.0256	0.1457	-0.0138	-0.0355	0.1237	-0.0212	0.0943	10.4954	-12.0478	-7.6975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 146:204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 205:237)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 238:254)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 255:272)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 273:311)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 312:337)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 338:356)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 357:382)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 383:399)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 2:4)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)