PDB-4d8e: High resolution structures of monomeric S. pyogenes SpeB reveals ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d8e

タイトル

High resolution structures of monomeric S. pyogenes SpeB reveals role of glycine-rich active site loop

要素

Streptopain

キーワード

HYDROLASE / papain fold / cysteine protease / E64 complex / secreted

機能・相同性

Streptopain (SpeB) / Cathepsin B; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Chem-E64 / NITRATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Gonzalez, G.E. / Wolan, D.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Ultrahigh and High Resolution Structures and Mutational Analysis of Monomeric Streptococcus pyogenes SpeB Reveal a Functional Role for the Glycine-rich C-terminal Loop.
著者: Gonzalez-Paez, G.E. / Wolan, D.W.

履歴

登録	2012年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d8e.cif.gz	119 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d8e.ent.gz	91.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d8e_validation.pdf.gz	680.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d8e_full_validation.pdf.gz	681.2 KB	表示
XML形式データ	4d8e_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	4d8e_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/4d8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/4d8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d8bC 4d8iC 1dki 2jtc 2uzj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ukd-d 1ywk-6 1ywk-3 4d8i-d 1ywk-2 4rkx-d 6uqd-1 1ywk-4 1x8m-2 6uqd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptopain

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.606, 50.675, 37.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-656- HOH
2	1	A-702- HOH
3	1	A-820- HOH

#1: タンパク質	Streptopain 分子量: 28681.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: ATCC 10782 / 遺伝子: HMPREF0841_0152, speB / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: E0PTS8, streptopain
#2: 化合物	ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE 分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀N₅O₅
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Magnesium Nitrate, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月11日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.497→35.541 Å / Num. all: 35934 / Num. obs: 35933 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.497-1.53	5	0.573	1.7	1	95.5
1.53-1.55	4.7	0.53	2.1	1	97.6
1.55-1.58	4.5	0.483	2.6	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.497→35.541 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 18.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1877	1773	4.99 %
R_work	0.1581	-	-
obs	0.1596	35508	98.81 %
all	-	35699	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.005 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1295 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2464 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→35.541 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1958	0	33	383	2374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	2051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.854	2780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.837	733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.133	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.497-1.5377	0.3403	106	0.3049	2370	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5377-1.583	0.2781	142	0.2444	2519	X-RAY DIFFRACTION	99
1.583-1.6341	0.2705	135	0.2181	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6341-1.6925	0.252	128	0.1955	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6925-1.7602	0.2211	130	0.1777	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7602-1.8404	0.2079	136	0.1583	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8404-1.9374	0.1951	130	0.1527	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9374-2.0587	0.1988	151	0.1461	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0587-2.2177	0.181	135	0.1425	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2177-2.4408	0.1611	146	0.1363	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4408-2.7939	0.1642	135	0.1483	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7939-3.5195	0.1767	134	0.1423	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5195-35.5509	0.1645	165	0.151	2795	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6178	0.0381	0.0521	0.5239	0.0139	0.8244	-0.0128	0.0597	-0.0483	-0.0059	0.0231	0.0216	-0.0176	-0.0084	-0.0143	0.0746	0.0026	0.0019	0.0964	-0.0148	0.0755	-20.6374	14.0504	2.9553
2	1.1916	0.8408	-0.1566	1.2562	-0.9159	1.3888	0.1293	-0.2962	-0.0131	0.237	-0.0625	0.0546	-0.1383	0.213	-0.0837	0.1286	0.0162	0.0071	0.0986	-0.0213	0.093	-6.8415	17.4492	12.9879
3	0.6641	0.1037	0.3156	0.741	-0.5673	0.7841	-0.0551	0.0865	0.1142	-0.0673	0.01	-0.0255	-0.0444	0.039	0.0509	0.1183	0.0043	-0.0024	0.1278	-0.0017	0.1366	-8.4187	26.7554	-0.9843
4	1.6465	-0.0991	0.3827	1.2322	-0.0041	1.1258	0.0123	-0.2772	0.0453	0.0033	-0.0016	0.0547	0.0396	-0.16	-0.0061	0.11	0.0098	-0.0046	0.0969	-0.0054	0.0858	-23.614	16.4868	16.1251
5	1.7801	-0.0943	-1.1477	0.1666	0.2178	1.0618	0.0132	0.0291	0.0391	0.0366	-0.0057	0.0224	-0.1057	-0.0602	-0.0342	0.1244	-0.0019	-0.0049	0.1023	0.0024	0.0974	-17.9802	19.7175	10.3624
6	0.6031	-0.1607	0.1418	0.9345	0.2207	0.493	0.0022	0.0124	-0.0347	-0.0232	0.0333	-0.0903	0.0453	-0.0004	-0.0339	0.0859	-0.0012	-0.004	0.1056	0.0008	0.1105	-6.1306	8.0316	3.5094
7	1.1325	-0.2575	-0.3556	1.458	0.0534	0.7797	-0.0291	0.0432	-0.2075	-0.0277	0.0826	0.0443	0.1737	-0.0405	-0.0531	0.0838	-0.0094	-0.0192	0.0782	-0.0063	0.1275	-11.8618	-4.3477	2.5707
8	0.9625	0.2742	-0.0275	0.6628	0.3547	1.3099	-0.0224	0.1584	-0.0786	-0.1688	-0.0098	0.0273	0.0341	-0.1176	0.002	0.048	-0.003	-0.0002	0.0378	-0.0119	0.0578	-22.1057	-1.2636	-2.7407
9	1.585	0.0465	1.0057	0.9024	0.3104	2.9459	0.026	0.1196	-0.004	-0.0549	0.0527	-0.0634	-0.0078	0.1225	-0.038	0.0659	-0.0022	-0.0022	0.039	0.0007	0.0698	-10.6545	1.1818	0.659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 146:204)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 205:217)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 218:237)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 238:254)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 255:272)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 273:311)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 312:337)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 338:382)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 383:399)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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