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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ukd | ||||||
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タイトル | Co-complex of S. pyogenes 10782 streptopain bound with a nitrile-based specific covalent inhibitor | ||||||
要素 | Streptopainストレプトパイン | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / speb / streptopain (ストレプトパイン) / inhibitor (酵素阻害剤) / nitrile (ニトリル) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ストレプトパイン / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-induced defense-related programmed cell death / evasion of host immune response / host cell cytosol / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / host extracellular space / cysteine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes ATCC 10782 (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.589 Å | ||||||
データ登録者 | Wolan, D.W. / Woehl, J.L. / Kitamura, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: An Irreversible Inhibitor to Probe the Role ofStreptococcus pyogenesCysteine Protease SpeB in Evasion of Host Complement Defenses. 著者: Woehl, J.L. / Kitamura, S. / Dillon, N. / Han, Z. / Edgar, L.J. / Nizet, V. / Wolan, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ukd.cif.gz | 123.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ukd.ent.gz | 92.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ukd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/6ukd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/6ukd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4d8bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41551.945 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-398 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes ATCC 10782 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: speB / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0J0, ストレプトパイン | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-Q9D / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.39 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium nitrate, 33% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→46.13 Å / Num. obs: 29409 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.66 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2644 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.222 / Rrim(I) all: 0.477 / % possible all: 90 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4D8B 解像度: 1.589→46.127 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.19
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.08 Å2 / Biso mean: 15.5128 Å2 / Biso min: 6.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.589→46.127 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.59→1.65 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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