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- PDB-4d7z: E. coli L-aspartate-alpha-decarboxylase mutant N72Q to a resoluti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7z
タイトルE. coli L-aspartate-alpha-decarboxylase mutant N72Q to a resolution of 1.9 Angstroms
要素
  • ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE ALPHA CHAIN
  • ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE BETA CHAIN
キーワードLYASE / PROTEIN DERIVED COFACTOR / PANTOTHENATE SYNTHESIS / PYRUVOYL COFACTOR / BETA-ALANINE
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Aspartate 1-decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bravo, J.P.K. / Monteiro, D.C.F. / Webb, M.E. / Pearson, A.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of the E. Coli L-Aspartate-Alpha-Decarboxylase Mutant N72Q to a Resolution of 1.9 Angstroms
著者: Bravo, J.P.K. / Monteiro, D.C.F. / Webb, M.E. / Pearson, A.R.
履歴
登録2014年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE BETA CHAIN
B: ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3385
ポリマ－15,1162
非ポリマー2223
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-16.1 kcal/mol
Surface area7400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.350, 71.350, 112.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2008-

HOH

21B-2010-

HOH

31B-2052-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE BETA CHAIN


分子量: 4770.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PRCETA-ADC(N72Q) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DELTA PAND, DELTA PANZ, DE3 / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase
#2: タンパク質 ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE ALPHA CHAIN


分子量: 10345.524 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 25-119 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUE 25 IS A COVALENTLY LINKED PYRUVOYL COFACTOR, DERIVED FROM POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION OF THE ZYMOGEN.
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PRCETA-ADC(N72Q) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DELTA PAND, DELTA PANZ, DE3 / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN A CORRESPONDS TO RESIDUES 1-24 OF THE PAND (ZYMOGEN) SEQUENCE. FORMED AFTER BACKBONE CLEAVAGE ...CHAIN A CORRESPONDS TO RESIDUES 1-24 OF THE PAND (ZYMOGEN) SEQUENCE. FORMED AFTER BACKBONE CLEAVAGE AS PART OF ENZYME MATURATION. THIS SEQUENCE INCLUDES THE N-TERMINAL PURIFICATION TAG (17 RESIDUES) CHAIN B CORRESPONDS TO RESIDUES 25-119 OF THE PAND ( ZYMOGEN) SEQUENCE. FORMED AFTER BACKBONE CLEAVAGE AS PART OF ENZYME MATURATION. RESIDUE 25 IS A POSTTRANSLATIONALLY FORMED PYRUVOYL COFACTOR. ALSO CONTAINS MUTATION N72Q.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: ADC.PANZ COMPLEX WAS PREPARED IN A 10: 11 RATIO AT A FINAL CONCENTRATION OF 5.7 MG/ML WITH A 2-FOLD MOLAR EXCESS (RELATIVE TO PANZ) OF ACETYLCOA IN 0.05 M TRIS-HCL PH 7.69, 0.1 M NACL, 0.1 MM ...詳細: ADC.PANZ COMPLEX WAS PREPARED IN A 10: 11 RATIO AT A FINAL CONCENTRATION OF 5.7 MG/ML WITH A 2-FOLD MOLAR EXCESS (RELATIVE TO PANZ) OF ACETYLCOA IN 0.05 M TRIS-HCL PH 7.69, 0.1 M NACL, 0.1 MM DTT. THIS WAS MIXED IN A 1:1 RATIO WITH RESERVOIR SOLUTION (0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M BIS- TRIS PROPANE PH 6.8, 20 % W/V PEG 3350) AND CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAOUR DIFFUSION (4 UL DROPLET OVER A 1 ML RESERVOIR).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月2日 / 詳細: VARIMAX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→23.26 Å / Num. obs: 11805 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AW8

1aw8


解像度: 1.9→60.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.122 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY SIDE CHAIN OF RESIDUE Y22 IS NOT MODELLED BEYOND C-BETA DUE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY SIDE CHAIN OF RESIDUE Y22 IS NOT MODELLED BEYOND C-BETA DUE TO LACK OF CLEAR DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24418 552 4.7 %RANDOM
Rwork0.18622 ---
obs0.18894 11235 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.788 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数942 0 13 122 1077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.019981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7371.9351319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8263.0022169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6365124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.23223.33345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5115163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.197159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0392.194495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0292.181492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9683.25615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2442.574486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 50 -
Rwork0.285 798 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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