PDB-4d7e: An unprecedented NADPH domain conformation in Lysine Monooxygenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d7e

タイトル

An unprecedented NADPH domain conformation in Lysine Monooxygenase NbtG from Nocardia farcinica

要素

L-LYS MONOOXYGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LYSINE HYDROXYLASE / FLAVIN-DEPENDENT MONOOXYGENASES / N-HYDROXYLATING MONOOXYGENASES / SIDEROPHORE / C4A-HYDROPEROXYFLAVIN

機能・相同性

L-lysine N6-monooxygenase (NADPH) / L-lysine 6-monooxygenase (NADPH) activity / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / biosynthetic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-lysine N6-monooxygenase MbtG

機能・相同性情報

生物種

NOCARDIA FARCINICA IFM 10152 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Binda, C. / Robinson, R. / Keul, N. / Rodriguez, P. / Robinson, H.H. / Mattevi, A. / Sobrado, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: An Unprecedented Nadph Domain Conformation in Lysine Monooxygenase Nbtg Provides Insights Into Uncoupling of Oxygen Consumption from Substrate Hydroxylation.
著者: Binda, C. / Robinson, R.M. / Martin Del Campo, J.S. / Keul, N.D. / Rodriguez, P.J. / Robinson, H.H. / Mattevi, A. / Sobrado, P.

履歴

登録	2014年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d7e.cif.gz	589.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d7e.ent.gz	490.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2yjn-d 4gbu-1 4qai-1 6p0x-d 4k8h-1 4rpg-2 4rpk-2 4k8e-1 4k7y-1 3ahi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-LYS MONOOXYGENASE

B: L-LYS MONOOXYGENASE

C: L-LYS MONOOXYGENASE

D: L-LYS MONOOXYGENASE

ヘテロ分子

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: L-LYS MONOOXYGENASE

D: L-LYS MONOOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: L-LYS MONOOXYGENASE

C: L-LYS MONOOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.640, 121.920, 91.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-LYS MONOOXYGENASE 分子量: 46595.727 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NOCARDIA FARCINICA IFM 10152 (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q5Z1T5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	K184A MUTANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 10% W/V PEG6000, 5% V/V 2, 4-METHYLPENTANDIOL (MPD), 0.1 M HEPES/NAOH PH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.075
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→80 Å / Num. obs: 68260 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→91.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 25.517 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28148	2819	4.1 %	RANDOM
R_work	0.2076	-	-	-
obs	0.21064	65407	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	-0.72 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→91.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11264	0	212	238	11714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	11736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.7	1.968	15961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.882	3	25440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.972	5	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.081	22.998	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.423	15	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.766	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	13150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.805	3.869	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.806	3.869	5836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.387	5.785	7256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.002	4.178	5899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	214	-
R_work	0.337	4791	-
obs	-	-	98.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0641	-0.6191	0.3912	1.6427	-0.6989	1.2851	-0.0926	-0.2095	0.0273	0.267	0.0843	-0.1264	-0.2392	-0.0848	0.0084	0.402	-0.0075	0.1652	0.2196	0.0039	0.1089	66.2147	59.777	95.898
2	0.9525	-0.3125	1.0876	3.8679	0.2011	3.7599	0.2858	-0.0541	-0.0972	-0.1819	-0.0723	-0.1185	0.4333	-0.3013	-0.2135	0.3402	0.0161	0.0979	0.2166	0.0595	0.087	73.0037	35.2077	83.4367
3	2.3372	-0.2066	-1.0697	0.9936	0.2908	1.6003	0.0196	0.3897	-0.1426	-0.0399	-0.0108	-0.0069	0.1138	-0.3404	-0.0088	0.291	-0.046	0.1711	0.3643	-0.0101	0.134	60.3487	32.2505	43.9452
4	3.1885	0.7739	0.254	4.4303	1.217	2.1019	0.1564	0.1149	0.4633	-0.0444	0.0397	-0.1433	-0.3817	0.2807	-0.196	0.2563	-0.0603	0.1851	0.2568	-0.0062	0.188	75.8275	53.1803	55.938
5	0.9957	-0.166	0.8854	1.6453	-1.0315	2.4249	-0.1982	-0.0342	0.1173	0.1629	0.04	0.0905	-0.5077	-0.299	0.1582	0.4357	0.1356	0.1332	0.2354	0.0054	0.1244	47.5972	81.5716	66.0994
6	1.7471	-0.2952	0.2801	5.8103	0.9157	2.5838	0.1603	0.1781	-0.0045	-0.1701	0.051	0.1444	0.1195	-0.4233	-0.2113	0.1117	0.0672	0.0607	0.3368	0.1183	0.0932	31.4164	61.931	51.9278
7	3.0892	0.8529	-1.695	0.978	-0.3438	1.7167	0.178	-0.4452	-0.1285	0.2127	-0.1462	0.1606	0.0434	-0.2202	-0.0317	0.3445	-0.1124	0.2251	0.7157	0.2003	0.2731	31.5754	24.8154	72.6319
8	7.7496	7.2098	1.71	13.8104	-0.071	0.7992	0.5684	0.0723	-0.0573	0.2825	-0.5252	0.5409	0.2266	0.1059	-0.0432	0.2912	0.1277	0.2472	0.5377	-0.0607	0.4269	22.9124	47.6036	75.6347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	248 - 277
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	337 - 500
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	179 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	279 - 336
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	249 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	337 - 500
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	179 - 238
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	280 - 336
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 178
12	X-RAY DIFFRACTION	5	C	249 - 272
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	337 - 500
14	X-RAY DIFFRACTION	6	C	179 - 238
15	X-RAY DIFFRACTION	6	C	286 - 336
16	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	7	D	249 - 277
18	X-RAY DIFFRACTION	7	D	338 - 500
19	X-RAY DIFFRACTION	8	D	179 - 228
20	X-RAY DIFFRACTION	8	D	286 - 336

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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