PDB-4d65: Structure of porin Omp-Pst2 from P. stuartii; the asymmetric unit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d65

タイトル

Structure of porin Omp-Pst2 from P. stuartii; the asymmetric unit contains a dimer of trimers.

要素

PORIN 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / STERIC-ZIPPER / BACTERIAL JUNCTION / DIMER OF TRIMERS

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

PROVIDENCIA STUARTII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nasrallah, C. / Colletier, J.P.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Porin self-association enables cell-to-cell contact inProvidencia stuartiifloating communities.
著者: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / Winterhalter, M. / Colletier, J.P.

履歴

登録	2014年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d65.cif.gz	938.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d65.ent.gz	797.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d64C 5n9hC 5n9iC 5nxnC 5nxrC 5nxuC 4bd5 PDB 未公開エントリS 4d5x PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l2a-d 5l24-d 7b51-d 3v8g-1 6fhn-d 5wtk-d 21897 5m15-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (2)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PORIN 2

B: PORIN 2

C: PORIN 2

D: PORIN 2

E: PORIN 2

F: PORIN 2

ヘテロ分子

269 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PORIN 2

B: PORIN 2

C: PORIN 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PORIN 2

E: PORIN 2

F: PORIN 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.260, 135.510, 151.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	PORIN 2 分子量: 37941.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PROVIDENCIA STUARTII (バクテリア) プラスミド: PG_OMP-PST2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DELTA-OMP8 / 参照: UniProt: E3U905

-
非ポリマー , 5種, 3294分子

#2: 化合物	... ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸分子量: 244.370 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 8% PEG 6000, 0.1 M TRIS PH 8, 1 M LICL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 279377 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.01 % / B_iso Wilson estimate: 35.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.43
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.57 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 73.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MODELLER-MODEL OF OMP-PST2 BASED ON PDB ENTRY 4BD5

4bd5
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.2→45.718 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	12465	5 %
R_work	0.1668	-	-
obs	0.1683	249294	93.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODELLING

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.718 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16074	0	2567	3115	21756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	19154
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4	25395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.404	7751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.162	2477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3507	312	0.3393	5929	X-RAY DIFFRACTION	71
2.225-2.2512	0.3845	345	0.3365	6549	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2512-2.2787	0.3336	370	0.3211	7041	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2787-2.3075	0.306	394	0.3101	7477	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3075-2.3379	0.3273	419	0.2908	7954	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3379-2.3699	0.2894	419	0.2743	7961	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3699-2.4037	0.296	422	0.2645	8028	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4037-2.4396	0.2929	421	0.2605	7999	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4396-2.4777	0.2915	424	0.2565	8044	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4777-2.5184	0.3082	421	0.245	8012	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5184-2.5618	0.2513	426	0.2191	8096	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5618-2.6084	0.2469	426	0.2094	8089	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6084-2.6585	0.2381	427	0.2024	8103	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6585-2.7128	0.2134	427	0.1863	8115	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7128-2.7718	0.214	427	0.1743	8106	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7718-2.8362	0.2275	427	0.1691	8123	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8362-2.9071	0.1936	432	0.1584	8226	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9071-2.9857	0.2003	430	0.1506	8173	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9857-3.0736	0.2061	430	0.1438	8168	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0736-3.1727	0.1675	430	0.1366	8164	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1727-3.2861	0.1634	427	0.1291	8115	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2861-3.4176	0.1478	427	0.1239	8116	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4176-3.5731	0.1554	428	0.1242	8126	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5731-3.7614	0.1573	424	0.1228	8064	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7614-3.997	0.1716	428	0.1295	8113	X-RAY DIFFRACTION	96
3.997-4.3054	0.1479	416	0.1323	7933	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3054-4.7382	0.1456	420	0.1285	7966	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7382-5.4229	0.1704	419	0.1455	7969	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4229-6.8286	0.1975	418	0.1622	7947	X-RAY DIFFRACTION	93
6.8286-45.7278	0.1899	429	0.1827	8123	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1855	-0.0877	0.1918	0.7323	0.0604	0.9817	0.0022	0.0292	0.0573	-0.0368	-0.0177	0.1919	-0.1086	-0.0987	0.0104	0.197	0.0539	-0.0221	0.2018	0.006	0.2285	14.5106	30.2279	14.3864
2	1.0747	-0.0258	-0.0895	0.7046	-0.0237	1.1167	0.0047	-0.0002	0.0932	-0.0461	-0.0295	-0.2049	-0.1447	0.1265	0.029	0.1956	-0.054	0.0277	0.2083	0.0437	0.2551	52.8934	32.5616	13.0881
3	0.8508	0.0856	0.2081	0.7727	0.0012	1.1632	-0.0486	-0.1226	0.1055	0.3174	-0.0065	0.0195	-0.1598	-0.0163	0.018	0.3541	0.0144	0.0037	0.2343	-0.0437	0.1686	34.8692	31.9784	46.9125
4	1.1044	0.0192	-0.1276	0.649	-0.0506	0.9791	0.0219	0.031	-0.0935	-0.0494	-0.0182	-0.1988	0.1042	0.1021	-0.0073	0.1866	0.0522	0.0266	0.187	-0.0159	0.2311	57.1113	-23.687	15.0607
5	0.9882	-0.0675	0.1994	0.7575	0.0623	1.0547	0.0432	-0.0357	-0.1156	-0.058	-0.0168	0.1938	0.144	-0.1284	-0.0175	0.1929	-0.0551	-0.0255	0.2016	-0.0135	0.2612	18.8472	-26.0807	13.9375
6	0.9031	0.0976	0.0319	0.6885	0.0434	1.1882	0.0129	-0.1762	-0.1065	0.2587	-0.0225	-0.0043	0.1359	-0.0201	-0.0126	0.3147	-0.0232	-0.0148	0.2334	0.0637	0.1719	36.7508	-24.4993	47.6246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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