PDB-4d60: Structure of a dimeric Plasmodium falciparum profilin mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d60

タイトル

Structure of a dimeric Plasmodium falciparum profilin mutant

要素

PROFILIN

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ACTIN BINDING / DOMAIN SWAPPING

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / sequestering of actin monomers / actin monomer binding / phospholipid binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / actin cytoskeleton organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Bhargav, S.P. / Vahokoski, J. / Kallio, J.P. / Torda, A. / Kursula, P. / Kursula, I.

引用

ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2015
タイトル: Two Independently Folding Units of Plasmodium Profilin Suggest Evolution Via Gene Fusion.
著者: Bhargav, S.P. / Vahokoski, J. / Kallio, J.P. / Torda, A.E. / Kursula, P. / Kursula, I.

履歴

登録	2014年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Data collection / Database references
改定 1.2	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d60.cif.gz	497.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d60.ent.gz	414.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d60_validation.pdf.gz	567.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d60_full_validation.pdf.gz	607.8 KB	表示
XML形式データ	4d60_validation.xml.gz	87.9 KB	表示
CIF形式データ	4d60_validation.cif.gz	116.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d60	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jkfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nmb-1 6we9-d 3khb-d 6faf-d 1jjt-d 1j9w-d 6evr-d 4kbf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PROFILIN

B: PROFILIN

C: PROFILIN

D: PROFILIN

E: PROFILIN

F: PROFILIN

G: PROFILIN

H: PROFILIN

I: PROFILIN

J: PROFILIN

K: PROFILIN

L: PROFILIN

M: PROFILIN

N: PROFILIN

O: PROFILIN

P: PROFILIN

ヘテロ分子

301 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: PROFILIN

K: PROFILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PROFILIN

D: PROFILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

J: PROFILIN

L: PROFILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

O: PROFILIN

P: PROFILIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

B: PROFILIN

N: PROFILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: PROFILIN

H: PROFILIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: PROFILIN

M: PROFILIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

A: PROFILIN

I: PROFILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.070, 246.460, 256.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PROFILIN 分子量: 18755.686 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P86294, UniProt: Q8I2J4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.25 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M 2-(N- MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID (PH 6)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 154448 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 107.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JKF

2jkf

解像度: 3.3→19.991 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2632	3985	4.9 %
R_work	0.2399	-	-
obs	0.241	80619	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20227	0	40	0	20267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	20659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.129	27999
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.639	7369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	3023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3401	0.4431	139	0.3951	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3401-3.3821	0.4029	128	0.3785	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3821-3.4264	0.4228	146	0.3714	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4264-3.4731	0.3786	128	0.3487	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4731-3.5225	0.3925	136	0.3381	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5225-3.5748	0.3261	133	0.3151	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5748-3.6303	0.3619	130	0.3033	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6303-3.6895	0.2751	120	0.2829	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6895-3.7527	0.3434	139	0.2783	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7527-3.8204	0.3547	140	0.2761	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8204-3.8934	0.31	160	0.2798	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8934-3.9723	0.2959	133	0.2805	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9723-4.0579	0.286	151	0.2687	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0579-4.1515	0.2866	155	0.2536	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1515-4.2544	0.2511	137	0.2362	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2544-4.3682	0.2952	141	0.2236	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3682-4.4954	0.2516	168	0.2322	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4954-4.6387	0.2528	164	0.2137	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6387-4.8023	0.222	131	0.2021	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8023-4.9917	0.2291	147	0.2097	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9917-5.2151	0.2877	138	0.2352	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2151-5.4846	0.2639	160	0.24	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4846-5.8203	0.2373	154	0.2411	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8203-6.2569	0.2499	136	0.2437	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2569-6.8633	0.2507	143	0.242	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8633-7.8042	0.2594	157	0.2225	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8042-9.6451	0.1776	131	0.1766	2847	X-RAY DIFFRACTION	99
9.6451-19.9914	0.1968	140	0.1957	2897	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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