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- PDB-4d5s: Structure of A49 from Vaccinia Virus Western Reserve -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d5s
タイトルStructure of A49 from Vaccinia Virus Western Reserve
要素A49R
キーワードVIRAL PROTEIN / POXVIRUS / B CELL LYMPHOMA 2 (BCL-2) FAMILY / INNATE IMMUNE MODULATOR / NUCLEAR FACTOR KAPPA B (NF-KB)
機能・相同性Orthopoxvirus A49 / Orthopoxvirus A49R protein / protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / host cell nucleus / Protein A49R
機能・相同性情報
生物種VACCINIA VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Neidel, S. / Maluquer de Motes, C. / Mansur, D.S. / Strnadova, P. / Smith, G.L. / Graham, S.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Vaccinia Virus Protein A49 is an Unexpected Member of the B-Cell Lymphoma (Bcl)-2 Protein Family
著者: Neidel, S. / Maluquer De Motes, C. / Mansur, D.S. / Strnadova, P. / Smith, G.L. / Graham, S.C.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32015年3月25日Group: Database references
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A49R
B: A49R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4822
ポリマ－39,4822
非ポリマー00
水00
1
B: A49R

B: A49R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4822
ポリマ－39,4822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
2
A: A49R

A: A49R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4822
ポリマ－39,4822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.783, 67.783, 153.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 A49R


分子量: 19741.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ウイルス) / 株: WESTERN RESERVE / プラスミド: POPINE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: P31037
Has protein modificationY
配列の詳細CARRIES C-TERMINAL KH6 PURIFICATION TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化温度: 294 K
詳細: FULL-LENGTH A49 (100 NL AT 9.5 MG/ML) WAS MIXED WITH 100 NL RESERVOIR SOLUTION AND EQUILIBRATED AT 21 C AGAINST 95 UL RESERVOIRS COMPRISING 25% (WT/VOL) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 0. ...詳細: FULL-LENGTH A49 (100 NL AT 9.5 MG/ML) WAS MIXED WITH 100 NL RESERVOIR SOLUTION AND EQUILIBRATED AT 21 C AGAINST 95 UL RESERVOIRS COMPRISING 25% (WT/VOL) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M TRIS PH 9.5. CRYOPROTECTION WAS ACHIEVED BY QUICKLY SWEEPING THE CRYSTAL THROUGH RESERVOIR SUPPLEMENTED WITH 20% (VOL/VOL) GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日 / 詳細: TOROIDAL ZERODUR MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (ASYMMETRIC LAUE 001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 7353 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 81.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D5R

4d5r


解像度: 3→153.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 59.53 / SU ML: 0.421 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.465 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27332 356 4.6 %RANDOM
Rwork0.21987 ---
obs0.22215 7350 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å20 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----4.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→153.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2292 0 0 0 2292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.371.9633146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83235100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7145284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.25426.61118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93415426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6115.7591142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6055.761141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7828.6291424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1266.1821176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 24 -
Rwork0.358 532 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.25941.9435-1.30713.69340.14263.20090.64860.13650.12070.4755-0.42490.275-0.1054-0.0881-0.22370.43350.14270.0890.1998-0.02180.052814.22422.37214.216
27.94752.86060.6184.30540.60653.31290.69740.11520.46140.9064-0.47070.48920.40620.1193-0.22660.63740.09910.15570.1666-0.02860.1008-20.982-11.73813.899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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