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万見
- PDB-4d4w: Solution structure of human MBD1 CXXC1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d4w
タイトルSolution structure of human MBD1 CXXC1 domain
要素METHYL-CPG-BINDING DOMAIN PROTEIN 1
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded methylated DNA binding / unmethylated CpG binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear matrix / chromosome / transcription by RNA polymerase II / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription ...double-stranded methylated DNA binding / unmethylated CpG binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear matrix / chromosome / transcription by RNA polymerase II / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-CpG-binding domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Thomson, R. / Smith, B.O.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2015
タイトル: Solution Structure of Human Mbd1 Cxxc1.
著者: Thomson, R. / Smith, B.O.
履歴
登録2014年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.page_last / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYL-CPG-BINDING DOMAIN PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6891
ポリマ－6,6891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 200NOE ENERGY
代表モデルモデル #2

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要素

#1: タンパク質 METHYL-CPG-BINDING DOMAIN PROTEIN 1 / CXXC-TYPE ZINC FINGER PROTEIN 3 / METHYL-CPG-BINDING PROTEIN MBD1 / PROTEIN CONTAINING METHYL-CPG- ...CXXC-TYPE ZINC FINGER PROTEIN 3 / METHYL-CPG-BINDING PROTEIN MBD1 / PROTEIN CONTAINING METHYL-CPG-BINDING DOMAIN 1 / MBD1_CXXC1


分子量: 6688.834 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 167-222 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: CARDIAC SKELETAL MUSCLE / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q9UIS9
配列の詳細NIH_MGC_183 HOMO SAPIENS CDNA CLONE IMAGE 30529682

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNHA
221HNHB
331HETNOE 1
441HETNOE 1 REF
551NHSQC
661T1
771T2
881TOCSY 60
991DNOESY
10101NOE 100
111112D NOE 800
12121ME NOE 800
13131NTOCSY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING DOUBLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N-LABELED MBD1 CXXC1

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試料調製

詳細内容: 95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.257.51.0 atm293.0 K
20.257.51.0 atm293.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE, JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON, WARREN精密化
TopSpin1.3構造決定
CNS1.2構造決定
CcpNmr Analysis2.4構造決定
CcpNmr Analysis2.1構造決定
CcpNmr Analysis2.2構造決定
CcpNmr Analysis1構造決定
ARIA2.3構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NOE ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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