PDB-4d47: X-ray structure of the levansucrase from Erwinia amylovora

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d47

タイトル

X-ray structure of the levansucrase from Erwinia amylovora

要素

LEVANSUCRASE

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 68 / SUCROSE HYDROLYSIS / FIVE- BLADED BETA-PROPELLER / FIRE BLIGHT

機能・相同性

機能・相同性情報

levansucrase / levansucrase activity / carbohydrate utilization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ERWINIA AMYLOVORA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Wuerges, J. / Caputi, L. / Cianci, M. / Benini, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of Erwinia Amylovora Levansucrase Provides a Snapshot of the Products of Sucrose Hydrolysis Trapped Into the Active Site.
著者: Wuerges, J. / Caputi, L. / Cianci, M. / Boivin, S. / Meijers, R. / Benini, S.

履歴

登録	2014年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4d47_full_validation.pdf.gz	572 KB	表示
XML形式データ	4d47_validation.xml.gz	106.8 KB	表示
CIF形式データ	4d47_validation.cif.gz	139.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d47	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1w18S 4d48 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6frw-d 6rv5-d 4hbs-d 3bem-d 4bkr-d 3of4-2 2qx8-1 1agm-d 6dji-1 6dim-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LEVANSUCRASE

B: LEVANSUCRASE

C: LEVANSUCRASE

D: LEVANSUCRASE

E: LEVANSUCRASE

F: LEVANSUCRASE

G: LEVANSUCRASE

H: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

375 kDa, 8 ポリマー
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1

A: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

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3

C: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

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4

D: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

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5

E: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

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6

F: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

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7

G: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

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8

H: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	155.589, 178.736, 158.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.8548, -0.5013, 0.1339), (-0.5076, 0.7543, -0.4165), (0.1078, -0.424, -0.8992)	298.5, 113.6, 115.8
2	given	(0.835, -0.5298, 0.1486), (-0.5425, -0.7478, 0.3828), (-0.0917, -0.4002, -0.9118)	5.082, 164.1, 148.8
3	given	(-0.4388, 0.7874, -0.4328), (-0.7965, -0.1178, 0.5931), (0.416, 0.605, 0.6789)	227.5, 172.6, -89.46
4	given	(-0.8341, -0.5309, -0.15), (0.5435, -0.7441, -0.3885), (0.09467, -0.4056, 0.9092)	302.1, 9.026, 45.06
5	given	(0.4387, 0.7838, 0.4395), (0.796, -0.1119, -0.5949), (-0.4171, 0.6108, -0.673)	43.26, -52.53, 106.2
6	given	(0.8515, -0.5065, -0.1357), (0.5131, 0.7514, 0.415), (-0.1082, -0.4229, 0.8997)	17.9, -93.75, 81.26
7	given	(-1, 0.000844, -2.3E-5), (0.000844, 1, -0.001345), (2.1E-5, -0.001345, -1)	341.6, -0.1454, 79.46

#1: タンパク質

LEVANSUCRASE

分子量: 46464.641 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HYDROLYSIS PRODUCTS FRUCTOSE AND GLUCOSE ARE PRESENT AT THE ACTIVE SITE
由来: (組換発現)

ERWINIA AMYLOVORA (バクテリア) / 株: EA273 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D4IGH9, UniProt: A0A0M3KKU6*PLUS, levansucrase

#2: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

非ポリマーの詳細

FRUCTOSE (FRU): FRUCTOSE IS PART OF THE HYDROLYSIS PRODUCT OF THE SUBSTRATE SUCROSE ALPHA-D-GLUCOSE ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M POTASSIUM THIOCYANATE, 30% W/V PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.968
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月18日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→178.74 Å / Num. obs: 112787 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 30.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W18

1w18

解像度: 2.77→20.851 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.3 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: N-TERMINAL RESIDUES 1-3 AND THE C- -TERMINAL RESIDUE 415 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2978	5626	5 %
R_work	0.262	-	-
obs	0.2638	112243	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.138 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→20.851 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25976	0	192	95	26263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	26918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.958	36731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.306	9677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	3946
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4779

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.77-2.8014	0.3459	207	0.3115	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8014-2.8343	0.3635	208	0.307	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8343-2.8688	0.3642	179	0.3095	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8688-2.905	0.3654	187	0.3084	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.905-2.9431	0.3608	190	0.3038	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9431-2.9833	0.3609	171	0.3054	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9833-3.0258	0.3899	186	0.297	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0258-3.0708	0.3661	160	0.3006	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0708-3.1187	0.3316	176	0.3029	3557	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1187-3.1696	0.3261	202	0.2977	3494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1696-3.2241	0.3467	177	0.2904	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2241-3.2825	0.3264	165	0.2867	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2825-3.3454	0.2862	145	0.2826	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3454-3.4134	0.3433	195	0.2763	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4134-3.4873	0.3158	203	0.2667	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4873-3.568	0.3196	163	0.2621	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.568-3.6568	0.3158	198	0.2719	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6568-3.7551	0.2855	203	0.259	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7551-3.8649	0.2734	198	0.2485	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8649-3.9888	0.2579	195	0.2493	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9888-4.1303	0.2667	190	0.2454	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1303-4.2943	0.263	212	0.2325	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2943-4.4879	0.2654	202	0.216	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4879-4.7219	0.2428	181	0.2129	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7219-5.0139	0.2537	194	0.2164	3560	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0139-5.3948	0.2496	175	0.2246	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3948-5.9264	0.2453	201	0.2403	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9264-6.7583	0.2935	204	0.2532	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7583-8.4204	0.2561	187	0.2574	3638	X-RAY DIFFRACTION	99
8.4204-20.8516	0.3116	172	0.2708	3763	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2794	-0.0495	-0.4797	0.3451	-0.1673	0.7255	0.0085	0.0299	-0.0908	-0.0256	-0.016	0.0579	0.0595	-0.0468	-0.0039	0.1902	-0.0033	-0.0212	0.0982	-0.043	0.1798	159.5153	29.4455	21.2322
2	1.111	0.247	-0.2481	0.5553	-0.1001	1.3601	-0.0105	-0.2273	-0.0404	0.0836	0.0134	-0.0842	0.0564	0.0421	-0.002	0.2007	0.0453	-0.0431	0.2021	-0.0225	0.1897	182.1126	29.4096	58.193
3	0.8302	-0.0995	0.7008	0.9146	-0.2044	1.6245	0.1255	-0.1592	-0.1899	0.0533	0.0256	0.0817	0.1794	-0.1229	-0.1392	0.1407	-0.0386	-0.0015	0.1957	0.0236	0.2138	112.405	43.1926	22.0111
4	1.1378	-0.2202	0.8014	0.7706	0.1057	1.6616	-0.0065	0.4072	-0.2134	-0.1102	0.0505	-0.1001	0.1058	0.3597	-0.0457	0.2603	-0.0233	-0.0095	0.4379	-0.115	0.3074	229.2157	43.176	57.3755
5	1.4852	-0.0523	-0.8889	0.5898	0.4936	2.1709	-0.1135	-0.0407	-0.2676	0.0642	-0.0311	0.1522	0.3118	-0.1348	0.1245	0.2411	-0.0288	0.0347	0.2048	-0.0143	0.2644	136.0274	19.2771	71.2934
6	1.3546	0.2374	-0.4563	0.4726	-0.2102	1.7471	0.0299	-0.0718	-0.1046	-0.0171	-0.0749	-0.0714	0.1896	0.3699	0.0338	0.1744	0.0853	0.0047	0.2398	-0.0044	0.229	205.5392	19.1244	8.0908
7	1.3609	0.2177	0.7405	0.8561	-0.4172	1.2052	-0.0219	-0.1394	0.1722	0.104	-0.0223	-0.0024	-0.1321	-0.0918	0.0128	0.1722	0.0247	0.018	0.1233	-0.0679	0.2422	146.1859	70.3535	44.5897
8	1.6977	-0.2373	0.5788	0.7432	0.5117	1.2031	-0.4442	0.5202	0.5895	-0.2943	0.1492	0.1401	-0.5847	0.2885	0.2308	0.6173	-0.1779	-0.2413	0.3385	0.1494	0.4845	195.3698	70.4361	34.989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'H' AND (RESID 50 THROUGH 414 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 414 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'E' AND (RESID 50 THROUGH 414 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'C' AND (RESID 50 THROUGH 414 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 50 THROUGH 414 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'G' AND (RESID 50 THROUGH 414 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'F' AND (RESID 50 THROUGH 414 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'D' AND (RESID 50 THROUGH 414 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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