PDB-4d3g: Structure of PstA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d3g

タイトル

Structure of PstA

要素

PSTA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GRAM-POSITIVE / C-DI-AMP / PSTA

機能・相同性

機能・相同性情報

Cyclic-di-AMP receptor / Cyclic-di-AMP receptor / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Campeotto, I. / Freemont, P. / Grundling, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Complex Structure and Biochemical Characterization of the Staphylococcus Aureus Cyclic Di-AMP Binding Protein Psta, the Founding Member of a New Signal Transduction Protein Family
著者: Campeotto, I. / Zhang, Y. / Mladenov, M.G. / Freemont, P.S. / Grundling, A.

履歴

登録	2014年10月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d3g.cif.gz	45.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d3g.ent.gz	31.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d3hC 3m05S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wk3-1 6n4a-1 4q9c-1 2ahn-d 3t9z-1 6oju-6 3dfe-1 6mmo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PSTA

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PSTA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.753, 56.753, 66.165
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	PSTA 分子量: 13886.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99WC0, UniProt: Q2G229*PLUS
配列の詳細	19 AA EXPRESSION TAG ATTACHED AT THE N-TERMINAL, ONLY 1 ( HIS0) IS VISIBLE IN THE STRUCTURE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 200 MM NA MALONATE PH=4.6 AND 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.8233
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8233 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.12 Å / Num. obs: 2672 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 7.9 / 冗長度: 38.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 27.2
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 38.7 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M05

3m05

解像度: 3→49.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 52.048 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.714 / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. DISORDERED REGIONS BETWEEN T33 AND N41 AND BETWEEN R67 AND V93 WERE NOT MODELLED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29267	134	5 %	RANDOM
R_work	0.24575	-	-	-
obs	0.24849	2536	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.885 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.47 Å²	-1.23 Å²	0 Å²
2-	-	-2.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	605	0	0	0	605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.073	1.928	823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.707	3	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.863	5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.527	25.806	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.49	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.604	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.682	5.228	309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.674	5.227	308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.363	7.818	381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.602	5.626	301
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	9	-
R_work	0.335	174	-
obs	-	-	97.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.3512	3.8788	-1.6225	6.9049	-8.4085	11.2977	0.1912	0.3552	0.3912	0.605	0.1182	0.2979	-0.7443	-0.0829	-0.3094	0.327	-0.0485	-0.1978	0.1371	-0.033	0.2672	1.7586	24.4735	28.371
2	14.5265	4.1677	-5.9407	5.7396	1.5281	4.7498	-0.6053	0.4287	-0.5061	-0.7828	0.1632	0.2029	-0.1234	-0.0665	0.4421	0.4435	0.0997	-0.0184	0.4319	-0.0442	0.2056	2.3504	15.0801	17.2475
3	1.5885	-5.0453	2.9431	17.2793	-10.9457	7.5745	0.2171	0.0898	-0.4707	-0.851	0.1807	1.1703	0.5806	-0.2715	-0.3978	0.3394	-0.1161	-0.1486	0.459	-0.0312	0.3067	-3.8721	21.4045	21.3108
4	15.2421	7.4254	-15.912	8.7316	-6.1992	34.6769	-0.8393	1.528	0.3263	-0.9353	0.9146	0.0064	0.0708	-0.4558	-0.0753	0.2513	-0.0566	-0.1689	0.2946	-0.0272	0.281	3.379	26.5206	18.5745
5	12.8359	-2.38	-3.3231	4.8715	2.1506	7.63	-0.2839	-0.2174	-0.3912	0.1797	0.0662	0.1892	0.6521	0.1884	0.2177	0.2598	-0.0287	-0.0632	0.0426	-0.0438	0.2366	3.6401	15.7149	29.1063
6	9.9798	-1.0732	-4.4661	3.0685	1.6934	2.8692	-0.1543	0.5576	0.2774	0.1737	0.2435	0.0223	0.4684	0.0685	-0.0892	0.347	0.1241	-0.0143	0.2569	0.0688	0.0269	0.4101	24.9357	28.8443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	31 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	48 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	67 - 109

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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