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- PDB-4d28: Crystal structure of the kinase domain of CIPK24/SOS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d28
タイトルCrystal structure of the kinase domain of CIPK24/SOS2
要素CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24
キーワードTRANSFERASE / SALT STRESS / SODIUM TRANSPORT / ION HOMEOSTASIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type vacuole membrane / response to salt stress / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity ...plant-type vacuole membrane / response to salt stress / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / signal transduction / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 24
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gonzalez-Rubio, J.M. / Chaves-Sanjuan, A. / Sanchez-Barrena, M.J. / Albert, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of the Regulatory Mechanism of the Plant Cipk Family of Protein Kinases Controlling Ion Homeostasis and Abiotic Stress
著者: Chaves-Sanjuan, A. / Sanchez-Barrena, M.J. / Gonzalez-Rubio, J.M. / Moreno, M. / Ragel, P. / Jimenez, M. / Pardo, J.M. / Martinez-Ripoll, M. / Quintero, F.J. / Albert, A.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Data collection
改定 1.32017年12月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_source / struct / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24
B: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24
C: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24
D: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,0584
ポリマ－203,0584
非ポリマー00
水00
1
A: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24
D: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5292
ポリマ－101,5292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-16.4 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
2
B: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24
C: CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5292
ポリマ－101,5292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.111, 71.353, 77.834
Angle α, β, γ (deg.)104.85, 100.32, 118.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CBL-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24 / PROTEIN SALT OVERLY SENSITIVE 2 / SNF1-RELATED KINASE 3.11 / SNRK3.11 AT5G35410


分子量: 50764.484 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PGEX4T2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 PLYSS
参照: UniProt: Q9LDI3, non-specific serine/threonine protein kinase
配列の詳細THE STRUCTURE CONTAINS SOME POINT MUTATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20 MM TRIS PH 7.0 AND 22% PEG 4K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9786
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→70.2 Å / Num. obs: 15242 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.6 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CZT

4czt


解像度: 3.3→70.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 42.659 / SU ML: 0.665 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.747 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28312 810 5 %RANDOM
Rwork0.2706 ---
obs0.2712 15242 90.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.668 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å2-1.52 Å2-2.01 Å2
2--1.24 Å2-2.3 Å2
3---3.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→70.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8821 0 0 0 8821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0199002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1261.96512160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62951091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93323.658421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.823151619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7581570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1057.0224394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04610.5185475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.767.074608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 58 -
Rwork0.353 1157 -
obs--90.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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