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- PDB-4d19: Crystal structure of cofactor-free urate oxidase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d19
タイトルCrystal structure of cofactor-free urate oxidase in complex with its 5-peroxoisourate intermediate (X-ray dose, 1.75 MGy)
要素URICASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(HYDRO)PEROXOISOURATE / OXYGEN MOLECULE / URIC ACID / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FLAVUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Bui, S. / Steiner, R.A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2014
タイトル: Direct evidence for a peroxide intermediate and a reactive enzyme-substrate-dioxygen configuration in a cofactor-free oxidase.
著者: Bui, S. / von Stetten, D. / Jambrina, P.G. / Prange, T. / Colloc'h, N. / de Sanctis, D. / Royant, A. / Rosta, E. / Steiner, R.A.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URICASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8075
ポリマ－34,2891
非ポリマー5184
水10,647591
1
A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,22920
ポリマ－137,1554
非ポリマー2,07416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area27360 Å2
ΔGint-117.7 kcal/mol
Surface area43430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.940, 95.130, 104.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2148-

HOH

21A-2297-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 URICASE / URATE OXIDASE / URATE OXIDASE


分子量: 34288.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FLAVUS (カビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase

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非ポリマー , 5種, 595分子

#2: 化合物 ChemComp-IUP / 5-(HYDRO)PEROXOISOURATE


分子量: 200.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O5
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 化合物 ChemComp-URC / URIC ACID / 7,9-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6,8(3H)-TRIONE / 尿酸


分子量: 168.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 20MG/ML UOX IN 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 SATURATED WITH 9-METHYL URIC ACID UNDER ANAEROBIC CONDITIONS RESERVOIR: 8% PEG 8000, 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 CRYSTALLIZATION WAS CARRIED OUT ...詳細: 20MG/ML UOX IN 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 SATURATED WITH 9-METHYL URIC ACID UNDER ANAEROBIC CONDITIONS RESERVOIR: 8% PEG 8000, 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 CRYSTALLIZATION WAS CARRIED OUT ANAEROBICALLY. CRYSTALS WERE INCUBATED WITH A RESERVOIR SOLUTION ENRICHED BY 10 MM H2O2 AND 20% GLYCEROL TO GENERATE THE PEROXIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→52.06 Å / Num. obs: 86674 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.35→52.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.312 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12973 4345 5 %RANDOM
Rwork0.10634 ---
obs0.10752 82329 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→52.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 36 591 2987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9473769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74735989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0911.0261299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0911.0261300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4181.5511648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5181.2461438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.52335317
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.5815141
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.55655715
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 337 -
Rwork0.19 5930 -
obs--98.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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