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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cw3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cofactor-free urate oxidase in complex with the 5-peroxo derivative of 9-metyl uric acid (X-ray dose, 665 kGy) | ||||||
要素 | URICASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ASPERGILLUS FLAVUS (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.34 Å | ||||||
データ登録者 | Bui, S. / Steiner, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2014 タイトル: Direct evidence for a peroxide intermediate and a reactive enzyme-substrate-dioxygen configuration in a cofactor-free oxidase. 著者: Bui, S. / von Stetten, D. / Jambrina, P.G. / Prange, T. / Colloc'h, N. / de Sanctis, D. / Royant, A. / Rosta, E. / Steiner, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cw3.cif.gz | 165 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cw3.ent.gz | 139.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cw3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4cw3_validation.pdf.gz | 481.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4cw3_full_validation.pdf.gz | 485.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4cw3_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4cw3_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/4cw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/4cw3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34199.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FLAVUS (カビ) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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-非ポリマー , 5種, 621分子
#2: 化合物 | ChemComp-XDS / ( |
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#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-OXY / |
#5: 化合物 | ChemComp-MUA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: LIKE PDB CODE 4CW2, pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 88740 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 7.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.34→70.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.353 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.952 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→70.33 Å
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拘束条件 |
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