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- PDB-4d18: Crystal structure of the COP9 signalosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d18
タイトルCrystal structure of the COP9 signalosome
要素(COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT ...) x 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / PCI COMPLEX / CSN / SGN / MPN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex ...COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / COP9 signalosome / protein neddylation / regulation of JNK cascade / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metal-dependent deubiquitinase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / inner cell mass cell proliferation / skeletal muscle cell differentiation / response to light stimulus / JNK cascade / translation initiation factor activity / post-translational protein modification / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / neuron differentiation / metallopeptidase activity / transcription corepressor activity / cell junction / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein phosphorylation / translation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : ...COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 2 / COP9 signalosome complex subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7a / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Bunker, R.D. / Lingaraju, G.M. / Thoma, N.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Human Cop9 Signalosome
著者: Lingaraju, G.M. / Bunker, R.D. / Cavadini, S. / Hess, D. / Hassiepen, U. / Renatus, M. / Fischer, E.S. / Thoma, N.H.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月20日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
B: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
C: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
D: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
E: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
F: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
G: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
H: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
I: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
J: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
K: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
L: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
M: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
N: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
O: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
P: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,73718
ポリマ－645,60616
非ポリマー1312
水00
1
A: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
B: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
C: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
D: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
E: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
F: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
G: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
H: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,8689
ポリマ－322,8038
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38300 Å2
ΔGint-245.9 kcal/mol
Surface area120310 Å2
手法PISA
2
I: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
J: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
K: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
L: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
M: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
N: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
O: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
P: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,8689
ポリマ－322,8038
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38280 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area120400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.680, 147.680, 317.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT ... , 8種, 16分子 AIBJCKDLEMFNGOHP

#1: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1 / SGN1 / SIGNALOSOME SUBUNIT 1 / G PROTEIN PATHWAY SUPPRESSOR 1 / GPS-1 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME ...SGN1 / SIGNALOSOME SUBUNIT 1 / G PROTEIN PATHWAY SUPPRESSOR 1 / GPS-1 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 1 / PROTEIN MFH


分子量: 54222.805 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 52-527 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13098
#2: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2 / SGN2 / SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / ALIEN HOMOLOG / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / THYROID ...SGN2 / SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / ALIEN HOMOLOG / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 15 / TR-INTERACTING PROTEIN 15 / TRIP-15


分子量: 51992.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61201
#3: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3 / SGN3 / SIGNALOSOME SUBUNIT 3 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 3


分子量: 48252.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UNS2
#4: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4 / SGN4 / SIGNALOSOME SUBUNIT 4 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 4


分子量: 46651.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BT78
#5: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5 / SGN5 / SIGNALOSOME SUBUNIT 5 / JUN ACTIVATION DOMAIN-BINDING PROTEIN 1


分子量: 36928.902 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 12-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#6: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6 / SGN6 / SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / MOV34 HOMOLOG / VPR- ...SGN6 / SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / MOV34 HOMOLOG / VPR-INTERACTING PROTEIN / HVIP


分子量: 36531.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7L5N1
#7: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A / SGN7A / SIGNALOSOME SUBUNIT 7A / DERMAL PAPILLA-DERIVED PROTEIN 10 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 7A


分子量: 24649.197 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UBW8
#8: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8 / SGN8 / SIGNALOSOME SUBUNIT 8 / COP9 HOMOLOG / HCOP9 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 8


分子量: 23573.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q99627

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: CRYSTAL GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4. CRYSTAL ...詳細: CRYSTAL GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4. CRYSTAL DEHYDRATED OVERNIGHT WITH 20% PEG 6000 IN WELL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月18日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.08→53 Å / Num. obs: 61692 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 151.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 4.08→4.09 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XDSAIMLESSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 4.08→52.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9308 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.802
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 3085 5 %RANDOM
Rwork0.2362 ---
obs0.237 61643 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 213.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.9146 Å20 Å20 Å2
2--7.9146 Å20 Å2
3----15.8292 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.538 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.08→52.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41420 0 2 0 41422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00842168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8956968HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15162SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1196HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5962HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it42168HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5530SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3515HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact48660SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.08→4.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 236 5.22 %
Rwork0.218 4286 -
all0.2177 4522 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7586-0.62821.82391.0785-0.06362.6255-0.09170.09550.854-0.0714-0.31430.6978-1.1147-0.24630.4060.12820.2375-0.0201-0.3653-0.16270.60730.040695.738725.5261
20.9407-0.34780.3399-0.2497-0.72522.05940.14440.29940.2760.15580.51090.2079-0.1081-1.134-0.6553-0.05410.1690.1230.45070.38570.4381-32.111869.380917.5784
32.04710.615-1.10731.099-0.12972.75410.5324-0.74730.38180.3637-0.47710.0322-0.85770.7617-0.05530.1494-0.47770.0684-0.0009-0.3115-0.150953.839580.789748.533
42.82691.1839-0.92772.6702-1.30521.7959-0.26440.6788-0.206-0.41760.83250.42160.4697-0.9857-0.56810.0716-0.1701-0.40230.26020.0888-0.3139-19.138815.973531.2494
54.18871.2572-1.03962.28370.13912.11550.4942-0.64340.32750.5654-0.17640.18320.01510.1476-0.31780.0578-0.21-0.0636-0.0314-0.0379-0.38766.116849.107766.8048
62.02670.3177-0.66951.9169-0.21291.59170.0936-0.4223-0.10660.1784-0.02420.03450.49770.3608-0.06950.12610.0215-0.2678-0.160.0079-0.436712.63229.481955.5491
70.59021.15520.62232.78650.68988.18210.04340.0862-0.3217-0.1002-0.5032-0.3570.90750.60510.4598-0.2130.4685-0.14-0.1985-0.35310.016431.736320.270136.7642
81.5744-0.2541-0.84271.087-0.67522.45640.4168-0.3337-0.3721-0.252-0.4505-0.35480.20351.10070.0337-0.2074-0.0145-0.00390.3102-0.3229-0.200759.158163.135727.9093
91.92640.4891-0.93591.32410.04672.7193-0.1867-0.1068-0.05020.2611-0.01520.42781.1072-0.45250.2020.3615-0.08260.1973-0.2452-0.0594-0.33312.3214-3.6549-13.5495
101.8693-0.1523-0.1343-0.1564-0.11660.53480.0337-0.26960.0447-0.23970.1047-0.0396-0.1019-0.4756-0.1384-0.16090.2117-0.06130.27730.0837-0.1618-19.119522.6696-5.3596
112.8644-0.5267-0.54711.55370.55062.43130.10930.409-0.0015-0.1692-0.1417-0.29020.04620.14080.0325-0.14360.23870.0225-0.2197-0.1547-0.219866.759311.8682-35.0468
126.1535-6.65760.383412.43590.50862.87110.4586-0.2520.3984-0.9264-0.59441.4869-0.3984-1.48690.13590.35820.32950.25840.2043-0.17380.1093-5.652476.5157-16.2522
132.4143-0.84790.85562.29950.90754.00660.30780.7157-0.2097-0.9136-0.21040.3611-0.7873-0.8133-0.09740.09060.6257-0.1024-0.00790.2479-0.607919.214244.33-52.8296
142.7054-1.8539-1.01752.78060.73881.88430.55250.73780.3605-0.6923-0.3361-0.0722-1.0982-0.2749-0.21640.410.45890.1918-0.3880.2757-0.489225.976463.483-40.6865
151.2346-0.6434-0.55971.74390.96053.26760.2333-0.07931.0389-0.0575-0.1931-0.1318-0.78190.4565-0.04020.2412-0.02810.3946-0.4284-0.12310.244745.297871.7024-21.2656
161.9685-0.32650.09711.3761-0.76032.13190.2056-0.11860.87170.1937-0.2577-0.5508-0.67740.69720.0521-0.148-0.08640.14930.0986-0.2543-0.05771.50829.7705-14.3028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN M
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN N
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN O
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN P

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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