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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d12 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cofactor-free Urate Oxidase Anaerobically Complexed with Uric Acid | ||||||
![]() | URICASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bui, S. / Steiner, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Direct evidence for a peroxide intermediate and a reactive enzyme-substrate-dioxygen configuration in a cofactor-free oxidase. 著者: Bui, S. / von Stetten, D. / Jambrina, P.G. / Prange, T. / Colloc'h, N. / de Sanctis, D. / Royant, A. / Rosta, E. / Steiner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34288.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-URC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 20 MG/ML UOX IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0 SATURATED WITH URIC ACID 8% PEG 8000, 50 MM TRIS-HCL PH 8.0 CRYSTALS GROWN ANAEROBICALLY |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: AGILENT / 日付: 2013年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→16.53 Å / Num. obs: 76756 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.4→70.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.595 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.503 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→70.14 Å
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拘束条件 |
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